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租界〈R〉の門前にて —— 統計言語「R」との極私的格闘記録


●統計学への道 —— 出家修行と在家修練



 生物統計学への前口上:歩み始める前の心構えとして
 統計学へのお誘い本リスト 統計のアートの世界へようこそ 
 Inleiding tot de R-statistiek 統計あれこれ備忘メモ書庫

◇書籍案内

  • 三中信宏『統計思考の世界:曼荼羅で読み解くデータ解析の基礎[仮題]』2018年上半期刊行予定,技術評論社,東京 → 目次案
  • 三中信宏『みなか先生といっしょに 統計学の王国を歩いてみよう:情報の海と推論の山を越える翼をアナタに!』2015年6月5日第1刷刊行|2017年3月15日第2刷刊行,羊土社,東京,191 pp., 本体価格2,300円, ISBN:978-4-7581-2058-6 → 目次版元ページコンパニオンサイト

農環研ウェブ高座 〈農業環境のための統計学〉

本連載記事は,独立行政法人農業環境技術研究所が発行するウェブマガジン『農業と環境』に2012年8月から2013年8月まで連載されました.

  第1回 前口上:統計学の世界を鳥瞰するためにNo. 148 | 2012年8月1日発行]
  第2回 統計学のロジックとフィーリングNo. 149 | 2012年9月1日発行]
  第3回 直感的な素朴統計学からはじまる道No. 150 | 2012年10月1日発行]
  第4回 統計学的推論としてのアブダクションNo. 151 | 2012年11月1日発行]
  第5回 データを観る・見る・診るNo. 153 | 2013年1月1日発行]
  第6回 情報可視化と統計グラフィクスNo. 154 | 2013年2月1日発行]
  第7回 データのふるまいを数値化する:平均と分散No. 155 | 2013年3月1日発行]
  第8回 記述統計学と推測統計学:世界観のちがいNo. 156 | 2013年4月1日発行]
  第9回 統計モデルとは何か:既知から未知へNo. 157 | 2013年5月7日発行]
  第10回 確率変数と確率分布:確率分布曼荼羅をたどるNo. 158 | 2013年6月1日発行]
  第11回 正規分布帝国とその臣下たちNo. 159 | 2013年7月1日発行]
  第12回 パラメトリック統計学の世界を眺めるNo. 160 | 2013年8月1日発行]

※連載終了.本連載は技術評論社から出版予定の下記書籍に含まれる予定です:三中信宏『統計思考の世界:曼荼羅で読み解くデータ解析の基礎[仮題]』(2018年前半刊行予定)

統計高座中継(YouTube)

以下に公開する統計高座の YouTube 動画ファイルは,2011年2月8日(火)〜10日(木)の三日間にわたって,九州大学大学院比較社会文化研究科(伊都キャンパス)で私が行なった集中講義〈データ解析概論〉の全録画です(→九大・比社文サイト).集中講義のシラバスにしたがって動画ファイルは下記の通り分割され YouTube 上に公開されています.[謝辞]集中講義当日の撮影と動画編集をしていただいた楠見淳子(九大・比文)さんに深く感謝いたします.(23 April 2011)

  • 2月8日(火) ——
    1. 統計学概論−統計学的な「ものの見方」 → 123
    2. R/Rcmdrのインストールとパッケージ動作確認
      1. インストール Win編 → 1
      2. インストール Mac編 → 1
    3. データ解析は視覚化に始まり視覚化に終わる → 123
    4. 確率変数・確率分布とパラメトリック統計理論 → 123
  • 2月9日(水) ——
    1. はじめに「ばらつき」ありき−偏差・平方和・分散 → 12
    2. 実験計画法と分散分析;多重比較;線形モデル
      1. Rでのデータ読み込み → 1
      2. 完全無作為化法 → 123
      3. 多重比較 → 12
      4. 乱塊法 → 1234
      5. 乱塊法応用編 → 123
  • 2月10日(木) ——
    1. モデル選択論;一般化線形モデルへの拡張
      1. モデル選択論 → 123456
      2. 線形モデルを鍛える → 12
      3. 一般線形モデル → 123
    2. 共分散と相関係数;多変量パラメトリック分布 → 123
    3. リサンプリング計算統計学と多変量解析 → 123
    4. ベイズ統計学とベイジアンMCMC/質疑応答 → 123

◇〈R〉への参道

0. 門前まで
  1. Rインストレーションガイド[2016年9月12日バージョン] → R-InstallationGuide.zip(自己解凍ファイル)※R / RStudio / R Commander のインストールガイド.Windows PC を念頭に書かれているが,他のOSでも参考になるだろう.
  2. R最新版のインストール方法 → Cf: RjpWiki「Rのインストール
  3. Windows環境で「R」を導入するための絶対確実な方法(2014年11月12日)
  4. CRANに詣でる
  5. Rを知る[参考になるサイトや資料]→ Cf: RjpWiki「リンク集
  6. Rを学ぶ[教科書・参考書リスト]→ Cf: RjpWiki「参考書リスト
1. 確率分布とグラフィクス
  1. 正規分布のグラフィクスRPubs
  2. 正規分布の棄却域を図示RPubs
  3. カイ二乗分布のグラフィクスRPubs
  4. t分布のグラフィクスRPubs
  5. F分布のグラフィクスRPubs
  6. 二次元正規分布
2. 分散分析の理論と事例集
  1. 実験計画と分散分析——総論
  2. 【Box1】1要因完全無作為化法→データファイル:Box1_R.tabBox1_R.data
  3. 【Box2】1要因乱塊法→データファイル:Box2_R.tabBox2_R.data
  4. 【Box3】2要因乱塊法→データファイル:Box3_R.tabBox3_R.data
  5. 【Box4】2要因分割区法(Split-plot)→データファイル:Box4_R.tabBox4_R.data
  6. 【Box5】2要因細分区法(Strip-plot)→データファイル:Box5_R.tabBox5_R.data
  7. ネスト分散分析
3. クラスター分析と樹形図ユーティリティ
  1. クラスター分析の光と闇
  2. 距離指数の原理
  3. クラスタリング・アルゴリズム
  4. hclust〉→データ
  5. agnes〉→データ
  6. PAUP*〉による系統解析→データ最節約分岐図厳密合意樹
4. 計算機統計学 —— ブーツストラップ,ジャックナイフ,平滑化
   →久保拓弥さんによる「を用いたブーツストラップ法の講義資料
5. 多変量解析概論
6. R の形態測定学パッケージ〈shapes〉:「いろは」の「い」

◇大統計大曼荼羅

  JPEG(小)(676KB)
  JPEG(大)(1.4MB)
  3Dバージョン(1.9MB)※徳永幸彦画伯の作品


●講義用のブログやサイト


  • 形態測定学(応用編)の講義用ページ(2007年10月〜2010年3月,通年:東京農業大学)
  • 形態測定学(基礎編)の講義用ページ(2006年2月〜2007年10月,通年:東京農業大学)
  • 生物統計学の講義用ページ(2005年4月〜2006年2月,通年:東京農業大学)

首都大学東京大学院理工学研究科「生命科学特論」:2017年9月15日(金)〜16日(土)/22日(金)〜23日(土)
配布資料[pdf]
  1. 統計学概論
  2. 統計の落とし穴と蜘蛛の糸
  3. 実験計画法
  4. 〈R〉でラクラク分散分析
  5. 多変量解析概論
  6. 一般化線形モデル
  7. 〈R〉で「ブーツ」
  8. 統計学ブックガイド

タイムテーブル
  • 9月15日(金)
    • 10:30〜12:00 統計学概論/R・Rcmdr・RStudioの起動確認
    • 13:15〜14:45 データの視覚化/箱ひげ図
    • 15:00〜16:30 データとモデル/パラメトリック統計学の世界観
  • 9月16日(土)
    • 10:30〜12:00 分散概念の導出/記述統計学と推測統計学のちがい
    • 13:15〜14:45 確率分布曼荼羅/正規分布の諸性質
    • 15:00〜16:30 実験計画法(1):完全無作為化法の解説と演習/分散分析と多重比較
  • 9月22日(金)
    • 10:30〜12:00 実験計画法(2):乱塊法(一要因)の解説・演習
    • 13:15〜14:45 実験計画法(3):乱塊法(二要因)の解説・演習
    • 15:00〜16:30 モデル選択論の解説と演習
  • 9月23日(土)
    • 10:30〜12:00 一般化線形モデルの解説と演習(ロジスティック回帰とポアソン回帰)
    • 13:15〜14:45 多変量解析(クラスター分析と主成分分析)
    • 15:00〜16:30 ベイズ統計学とMCMC

上記のタイムテーブルはおおよその予定で,講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.講義スライドならびに実習で用いるRスクリプトなどは別途ファイルで配布しますので,2GB以上のUSBメモリーを持参してください.また,必要に応じてその場で無線LANからダウンロードするので,首都大学東京の学内LANあるいは各自Wi-Fi接続できるようにパソコンの設定を確認してください.

【R事前インストールのお願い】今回の集中講義で使用するRならびにパッケージである R Commander(Rcmdr)さらに RStudio については事前にインストールをお願いいたします.インストールの手順と起動の確認は「R-InstallationGuide.zip」を参照してください.

【Mac OSX あるいは Linux ユーザーへの注意】Mac OS X 版あるいは Linux 版の R / Rcmdr / RStudio を使用される場合は,上記と同じくR関連ファイルを前もってインストールした上で,各自の責任で作動確認をお願いいたします.なお,Mac OS X については,事前に〈X11〉をアップルのサイトからインストールしておいてください(→ Apple「X11 および OS X について」).X11 がないと R Commander が使用できなくなりますのでこの事前準備は必須です.


横浜国立大学大学院環境情報学府「統計学&データ解析道場」配布資料:2017年9月27日(水)〜29日(金)
1)統計学概論
2)実験計画法
3)〈R〉でラクラク分散分析
4)〈R〉による統計解析
5)多変量解析概論
6)一般化線形モデル
7)〈R〉で「ブーツ」
8)統計学ブックガイド

タイムテーブル(場所:情報基盤センター・パソコン実習室A)
  • 9月27日(水)
    • 09:30〜10:45 統計学概論/R・Rcmdr・RStudioのインストールと動作確認
    • 10:45〜12:00 データの視覚化/箱ひげ図
    • 13:30〜15:00 分散概念の導出/統計モデル概論
    • 15:30〜16:30 確率変数と確率分布/確率分布曼荼羅/正規分布の諸性質
  • 9月28日(木)
    • 09:30〜12:00 実験計画法(1):完全無作為化法の分散分析と多重比較
    • 13:30〜15:00 実験計画法(2):乱塊法の分散分析と多重比較
    • 15:30〜16:30 モデル選択論の解説
  • 9月29日(金)
    • 09:30〜10:45 モデル選択論の演習
    • 10:45〜12:00 一般化線形モデルへの拡張
    • 13:30〜15:00 ベイズ統計学への入門
    • 15:30〜16:30 ベイジアンMCMCの解説とデモ
※上記のタイムテーブルはおおよその予定で,講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.講義スライドならびに実習で用いるRスクリプトなどは別途ファイルで配布しますので,2GB以上のUSBメモリーを持参してください.


 →古いハンドアウト類は〈三中信宏・統計学講義のハンドアウト倉庫〉に格納しました.

Last Modified: 30 September 2017 by MINAKA Nobuhiro