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三中信宏・統計学講義のハンドアウト倉庫



連載〈統計の落とし穴と蜘蛛の糸〉

羊土社から発行されている雑誌『実験医学』2014年2月号から隔月連載された〈統計の落とし穴と蜘蛛の糸〉記事のオンライン版です.

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  第1回 データ解析の第一歩は計算ではない(2014年2月号, pp. 442-447)
  第2回 データの位置とばらつきを可視化しよう(2014年4月号, pp. 935-940)
  第3回 データのふるまいをモデル化する(2014年6月号, pp. 1427-1433)
  第4回 パラメトリック統計学への登り道〔1〕:ばらつきを数値化する(2014年8月号, pp. 2160-2163)
  第5回 パラメトリック統計学への登り道〔2〕:自由度とは何か(2014年9月号, pp. 2314-2318)
  第6回 確率変数と確率分布をもって山門をくぐる(2014年10月号, pp. 2642-2645)
  第7回 正規分布という王様が誕生する(2014年11月号, pp. 2990-2994)
  第8回 ピアソンが築いたパラメトリック統計学の土台(2014年12月号掲載, pp. 3123-3126)
  第9回 秘宝:確率分布曼荼羅の発見!(2015年1月号掲載, pp. 110-113)
  第10回 実験計画はお早めに:完全無作為化法(2015年2月号掲載, pp. 510-513)
  第11回 正規分布を踏まえたパラメトリック統計学の降臨(2015年3月号掲載, pp. 628-632)
  第12回(最終回) 統計データ解析の地上世界と天空世界:連載の総括として(2015年4月号掲載, pp. 978-982)

※連載終了.本連載は単行本として出版されました:三中信宏『みなか先生といっしょに 統計学の王国を歩いてみよう:情報の海と推論の山を越える翼をアナタに!』(2015年6月5日刊行,羊土社,東京,191 pp., 本体価格2,300円, ISBN:978-4-7581-2058-6 → 目次版元ページコンパニオンサイト).本書の刊行にともない,上記オンライン版は2015年5月7日をもって公開終了となりました.[2015年5月20日] 



2016年度・東京大学大学院理学系研究科「生物統計学」講義と実習(Aセメスター)
◯2016年9月29日(木)統計曼荼羅
  • 講義全体のガイダンスとシラバスの説明,成績評価について
  • 統計曼荼羅
  • 統計学概論(統計的なものの考え方・素朴統計学・データ可視化)
  • 統計計算環境Rのインストールと作動確認
◯2016年10月6日(木)【休講】ブエノス・アイレスでの国際会議(Hennig XXXV)参加のため
◯2016年10月13日(木)統計学ブックガイド
  • 観察データと統計モデルとの関係
  • パラメトリック統計学への道のり(位置パラメーターと分散パラメーター)
  • 統計学ブックガイド(どんな統計本を手にしてはいけないか)
  • 記述統計学と推測統計学のちがい
  • 偏差・平方和・分散の導出と自由度の概念
  • 分散パラメーターと分散推定値(不偏性のシミュレーション)
◯2016年10月20日(木)参考:確率分布曼荼羅(ウェブ版)
  • 正規分布を中心とする確率分布について
  • 正規分布の諸性質(線形変換での正規性保存・関連確率分布の導出・中心極限定理)
  • 分散推定値の不偏性 \( E[S^2]=\sigma^2 \) の証明
◯2016年10月28日(木)【休講】第202回農林交流センターワークショップ〈分子系統樹推定法:理論と応用〉(つくば)主宰のため
◯2016年11月8日(火)【休講】農業・食品産業技術総合研究機構主宰数理統計研修(つくば)出講のため
◯2016年11月10日(木)実験計画法(1)
  • 実験計画法の“家訓”(反復実施・無作為化・局所管理)
  • 実験処理区のレイアウトと線形統計モデルの構築
  • 完全無作為化法のもとでのデータ解析の手順
  • 偏差・平方和・平均平方(分散)・ \( F \) 値
  • 正規分布が降臨する
  • 実験計画法での仮説検定の考え方について
◯2016年11月17日(木)実験計画法(2)
  • 分散分析から多重比較へ
  • 偏差の分割と線形統計モデルの直感的理解
  • 乱塊法のもとでの線形統計モデルとデータ処理の手順
◯2016年11月24日(木)実験計画法(3)
  • 複数の要因を含む実験計画と要因間の交互作用について
  • 二要因乱塊法とその応用
  • 線形統計モデルを再考する
◯2016年12月1日(木)モデル選択論
  • モデル選択論:尤度とAIC
  • Rを用いたモデル選択の実習:多項式回帰を中心に
◯2016年12月8日(木)一般化線形モデル
  • 一般化線形統計モデル(GLM)
  • Rを用いたGLMの実習:ロジスティック回帰とポアソン回帰
◯2016年12月15日(木)変量間の共変動
  • 二つの変量間の共分散と相関係数
  • Rを用いた2変量正規分布の実習
◯2016年12月22日(木)多変量解析
  • 多変量解析:情報の視覚化とインフォグラフィクス
  • Rを用いた多変量解析の実習:クラスター分析と主成分分析
◯2017年1月5日(木)リサンプリング統計手法
  • 計算機統計学とリサンプリング手法
  • ブーツストラップ,ジャックナイフ,モンテ・カルロ
  • Rを用いたリサンプリング法の実習 → primates.nex
◯2017年1月19日(木)【補講:4限】ベイズ統計学(1)
  • ベイズ統計学の考え方とベイズ的推論について
  • Bayesian Coin Tosser による事前確率と事後確率の関係の実習
◯2017年1月19日(木)【補講:5限】ベイズ統計学(2)
  • ベイズ統計モデリングとベイジアンMCMC
  • MC Robot を用いたMCMCの説明
  • Rを用いたベイジアンMCMCの実習
◯2017年1月26日(木)【補講:4限】生物系統学への応用
  • 系統推定の原理
  • 系統推定のための統計学的手法:最尤法とベイズ法
  • Rパッケージapeを用いた分子系統推定の実習
○レポート
  • レポート課題:日本語 | English(2017年1月19日出題)※2017年2月 2日 9日(木)提出締切※ new

  1. 講義時間は毎週木曜第4限(14:55〜16:40),教室は本郷キャンパス理学部2号館148教室です.
  2. 講義に使用するハンドアウトがある場合はすべて本サイトで pdf ファイルとして公開しますので,必要に応じて閲覧あるいはダウンロードして下さい.紙としては配布しません.
  3. 必要に応じて講義室からインターネットを利用することがあるので,東京大学の学内無線LANあるいは各自Wi-Fi接続できるように設定を確認してください.
  4. 【R事前インストールのお願い】今回の講義で使用するRならびにパッケージ R Commander,さらに RStudio については事前にインストールをお願いいたします.インストールの手順と起動の確認については「R-InstallationGuide.zip」を参照してください.
  5. 【Mac OSX あるいは Linux ユーザーへの注意】Mac OS X 版あるいは Linux 版の R / Rcmdr / RStudio を使用される場合は,上記と同じくR関連ファイルを前もってインストールした上で,各自の責任で作動確認をお願いいたします.なお,Mac OS X については,事前に〈X11〉をアップルのサイトからインストールしておいてください(→ Apple「X11 および OS X について」).X11 がないと R Commander が使用できなくなりますのでこれは必須です.
  6. 本講義に関する質問回答と情報提供にはツイッターのハッシュタグ #TodaiStat を用います.なお,質問とその回答については毎回まとめて〈Inleiding tot de R-statistiek〉でも公開します.
  7. 参照:東京大学授業カタログ —— 三中信宏「生物統計学


熊本県農業研究センター所内研修会(統計研修)配布資料:2017年2月6日(月)〜7日(火)
1)統計学概論
2)実験計画法
3)〈R〉でラクラク分散分析
4)〈R〉による統計解析
5)一般化線形モデル
6) 統計の落とし穴と蜘蛛の糸
7)統計学ブックガイド

タイムテーブル(場所:熊本県農業研究センター)
  • 2月6日(月)
    • 09:00〜10:30 統計学概論
    • 10:45〜12:00 R・R commander・RStudio の作動確認
    • 13:00〜14:30 確率分布とパラメトリック統計学/正規分布の諸性質
    • 14:45〜16:30 実験計画法(1):完全無作為化法の原理と演習
  • 2月7日(火)
    • 09:00〜10:30 実験計画法(2):乱塊法と分割区法
    • 10:30〜12:00 実験計画法(3):多要因実験
    • 13:00〜14:30 線形統計モデルとモデル選択論
    • 14:45〜17:00 質疑討論と個別コンサルティング

※上記のタイムテーブルはおおよその予定で,講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.講義スライドならびに実習で用いるRスクリプトは別途ファイルで配布しますので,1GB以上のUSBメモリーを持参してください.なお,本研修に参加される受講者は Windows 版の「R」本体ならびにパッケージ「Rコマンダー(Rcmdr)」および「Rスタジオ(RStudio)」のインストールを事前にすませてから参加してください.インストール手順の詳細についてはこちらをごらんください:「R-InstallationGuide.zip」(自己解凍zip圧縮ファイル).なお,「Windows環境で「R」を導入するための絶対確実な方法」もごらんください.



大分県農林水産研究指導センター主催「数理統計研修(基礎編)」テキスト:2016年12月5日(月)〜7日(水)
1)統計学概論
2)実験計画法
3)〈R〉でラクラク分散分析
4)〈R〉による統計解析
5)多変量解析概論
6)一般化線形モデル
7)統計学ブックガイド
8) 統計の落とし穴と蜘蛛の糸

タイムテーブル(会場:大分県庁OAプラザ,大分市)
  • 12月5日(月)
    • 09:30〜10:30 統計学概論(統計学的思考と科学的推論)
    • 10:45〜12:00 R/Rcmdr/RStudioのインストールと動作確認
    • 13:00〜14:30 データのばらつき:偏差・平方和・分散
    • 14:45〜16:30 確率分布とパラメトリック統計学
  • 12月6日(火)
    • 09:30〜10:30 実験計画法(1):完全無作為化法
    • 10:45〜12:00 実験計画法演習(1)
    • 13:00〜14:30 実験計画法(2):乱塊法とその応用
    • 14:45〜16:30 実験計画法演習(2)
  • 12月7日(水)
    • 09:30〜10:30 統計モデルとは何か
    • 10:45〜12:00 統計モデル演習
    • 13:00〜16:30 質疑討論

※上記のタイムテーブルはおおよその予定で,講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.講義スライドならびに実習で用いるRスクリプトは別途ファイルで配布しますので,1GB以上のUSBメモリーを持参してください.なお,本研修に参加される受講者は Windows 版の「R」本体ならびにパッケージ「Rコマンダー(Rcmdr)」および「Rスタジオ(RStudio)」のインストールを事前にすませてから参加してください.インストール手順の詳細についてはこちらをごらんください:「R-InstallationGuide.zip」(自己解凍zip圧縮ファイル).なお,「Windows環境で「R」を導入するための絶対確実な方法」もごらんください.



宮崎県総合農業試験場主催・数理統計研修(基礎編)配布資料:2016年11月28日(月)〜11月29日(火)
1)統計学概論
2)実験計画法
3)〈R〉でラクラク分散分析
4)〈R〉による統計解析
5) 統計の落とし穴と蜘蛛の糸

タイムテーブル(会場:宮崎県総合農業試験場・研修棟)
  • 11月28日(月)
    • 09:30〜10:30 統計学概論
    • 10:45〜12:00 R/Rcmdr/RStudioのインストールと動作確認
    • 13:00〜14:30 データの視覚化/パラメトリック統計学の世界観
    • 14:45〜16:00 確率変数と確率分布/正規分布の性質
  • 11月29日(火)
    • 09:30〜10:30 実験計画法(1):完全無作為化法と多重比較
    • 10:45〜12:00 実験計画法(2):乱塊法
    • 13:00〜14:30 実験計画法(3):分割区法と細分区法
    • 14:45〜15:30 質疑・討論

※上記のタイムテーブルはおおよその予定で,講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.講義スライドならびに実習で用いるRスクリプトは別途ファイルで配布しますので,1GB以上のUSBメモリーを持参してください.なお,本研修に参加される受講者は Windows 版の「R」本体ならびにパッケージ「Rコマンダー(Rcmdr)」および「Rスタジオ(RStudio)」のインストールを事前にすませてから参加してください.インストール手順の詳細についてはこちらをごらんください:「R-InstallationGuide.zip」(自己解凍zip圧縮ファイル).なお,「Windows環境で「R」を導入するための絶対確実な方法」もごらんください.



宮崎県総合農業試験場主催・数理統計研修(応用編)配布資料:2016年12月19日(月)〜20日(火)
1)多変量解析概論
2)一般化線形モデル
3)統計学ブックガイド

タイムテーブル(場所:宮崎県総合農業試験場・研修棟)
  • 12月19日(月)
    • 09:30〜11:00 実験計画法演習
    • 11:15〜12:00 統計モデル入門
    • 13:00〜14:30 線形統計モデルとモデル選択論
    • 14:45〜16:00 モデル選択演習
  • 12月20日(火)
    • 09:30〜10:30 一般化線形統計モデルの理論と実習
    • 10:45〜12:00 変量間の共分散と相関係数
    • 13:00〜14:15 多変量解析法とその実習
    • 14:30〜15:30 質疑と個別コンサルティング


沖縄実地研究指導実施計画〈統計処理を用いた研究計画・分析指導〉:2016年10月31日(月)〜11月2日(水)
配布資料[pdf]
  1. 統計学概論
  2. 統計の落とし穴と蜘蛛の糸
  3. 実験計画法
  4. 〈R〉でラクラク分散分析
  5. 一般化線形モデル
  6. 統計学ブックガイド

タイムテーブル(会場:沖縄県農業研究センター@糸満市)
  • 10月31日(月)
    • 10:30〜12:00 統計学概論とR/Rcmdr/RStudioの動作確認
    • 13:00〜14:30 データのばらつき:偏差・平方和・分散
    • 14:45〜16:30 確率分布とパラメトリック統計学
  • 11月1日(火)
    • 10:30〜12:00 実験計画法(1):完全無作為化法の原理
    • 13:00〜14:30 実験計画法(2):完全無作為化法の演習
    • 14:45〜16:30 実験計画法(3):多重比較について
  • 11月2日(水)
    • 10:30〜12:00 実験計画法(4):乱塊法の原理と演習
    • 13:00〜14:30 線形統計モデルとその利用
    • 14:45〜16:30 質疑討論と個別コンサルティング

上記のタイムテーブルはおおよその予定で,講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.講義スライドならびに実習で用いるRスクリプトなどは別途ファイルで配布しますので,2GB以上のUSBメモリーを持参してください.

【R事前インストールのお願い】今回の集中講義で使用するRならびにパッケージである R Commander(Rcmdr)さらに RStudio については事前にインストールをお願いいたします.インストールの手順と起動の確認は「R-InstallationGuide.zip」を参照してください.

【Mac OSX あるいは Linux ユーザーへの注意】Mac OS X 版あるいは Linux 版の R / Rcmdr / RStudio を使用される場合は,上記と同じくR関連ファイルを前もってインストールした上で,各自の責任で作動確認をお願いいたします.なお,Mac OS X については,事前に〈X11〉をアップルのサイトからインストールしておいてください(→ Apple「X11 および OS X について」).X11 がないと R Commander が使用できなくなりますのでこの事前準備は必須です.


首都大学東京大学院理工学研究科「生命科学特論」:2016年9月16日(金)〜17日(土)/23日(金)〜24日(土)
配布資料[pdf]
  1. 統計学概論
  2. 統計の落とし穴と蜘蛛の糸
  3. 実験計画法
  4. 〈R〉でラクラク分散分析
  5. 多変量解析概論
  6. 一般化線形モデル
  7. 〈R〉で「ブーツ」:計算機統計学への密やかなお誘い
  8. 統計学ブックガイド

タイムテーブル
  • 9月16日(金)
    • 10:30〜12:00 統計学概論/R・Rcmdr・RStudioの起動確認
    • 13:30〜14:45 データの視覚化/箱ひげ図
    • 15:00〜16:30 データとモデル/パラメトリック統計学の世界観
  • 9月17日(土)
    • 10:30〜12:00 分散概念の導出/記述統計学と推測統計学のちがい
    • 13:30〜14:45 確率分布曼荼羅/正規分布の諸性質
    • 15:00〜16:30 実験計画法(1):完全無作為化法の解説と演習
  • 9月23日(金)
    • 10:30〜12:00 多重比較の解説・演習
    • 13:30〜14:45 実験計画法(2):乱塊法(一要因&二要因)の解説・演習
    • 15:00〜16:30 モデル選択論の解説
  • 9月24日(土)
    • 10:30〜12:00 モデル選択論の演習
    • 13:30〜14:45 一般化線形モデルの解説と演習(ロジスティック回帰とポアソン回帰)
    • 15:00〜16:30 ベイズ統計学とMCMC

上記のタイムテーブルはおおよその予定で,講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.講義スライドならびに実習で用いるRスクリプトなどは別途ファイルで配布しますので,2GB以上のUSBメモリーを持参してください.また,必要に応じてその場で無線LANからダウンロードするので,首都大学東京の学内LANあるいは各自Wi-Fi接続できるようにパソコンの設定を確認してください.

【R事前インストールのお願い】今回の集中講義で使用するRならびにパッケージである R Commander(Rcmdr)さらに RStudio については事前にインストールをお願いいたします.インストールの手順と起動の確認は「R-InstallationGuide.zip」を参照してください.

【Mac OSX あるいは Linux ユーザーへの注意】Mac OS X 版あるいは Linux 版の R / Rcmdr / RStudio を使用される場合は,上記と同じくR関連ファイルを前もってインストールした上で,各自の責任で作動確認をお願いいたします.なお,Mac OS X については,事前に〈X11〉をアップルのサイトからインストールしておいてください(→ Apple「X11 および OS X について」).X11 がないと R Commander が使用できなくなりますのでこの事前準備は必須です.


帯広畜産大学統計セミナー配布資料:2016年2月29日(月)〜3月1日(火)
1) 統計学概論
2) Rによる統計解析
3) 実験計画法
4) Rによる分散分析
5) 一般化線形モデル
6) 統計学お薦め本リスト
7) 解説資料(zip圧縮)

タイムテーブル(場所:帯広畜産大学講義棟1階・5番講義室)
  • 2月29日(月)
    • 09:00〜11:00 統計学概論/R作動確認/データ視覚化
    • 11:00〜12:00 パラメトリック統計学の世界観/統計モデルとは何か
    • 13:00〜14:30 確率変数と確率分布/正規分布の諸性質
    • 14:30〜16:00 実験計画法(1):完全無作為化法と多重比較
  • 3月1日(火)
    • 09:00〜11:00 実験計画法(2):乱塊法と多要因実験
    • 11:00〜12:00 線形統計モデル:パラメーター推定とモデル選択
    • 13:00〜14:00 一般化線形モデルへの拡張
    • 14:00〜16:00 ベイズ統計学とベイジアンMCMC

講義スライドならびに実習で用いるRスクリプトは別途ファイルで配布しますので,1GB以上のUSBメモリーを持参してください.本講義の受講者は(できれば)Windows 版の「R」本体ならびにパッケージ「Rコマンダー(Rcmdr)」および「Rスタジオ(RStudio)」のインストールを事前にすませてから参加してください.インストール手順の詳細についてはこちらをごらんください:「R-InstallationGuide.zip」(自己解凍zip圧縮ファイル).なお,ワタクシの記事「Windows環境で「R」を導入するための絶対確実な方法」もごらんください.Mac OS X 版あるいは Linux 版の R / Rcmdr / RStudio を使用される場合は,前もってインストールした上で,各自の責任で作動確認をお願いいたします.


京都大学霊長類研究所統計講義配布資料:2016年2月22日(月)〜23日(火)
1) 統計学概論
2) 実験計画法
3) Rによる分散分析
4) 一般化線形モデル
5) 統計学お薦め本リスト
6) 解説資料(zip圧縮)

タイムテーブル(場所:京都大学霊長類研究所セミナー室)
  • 2月22日(月)
    • 10:00〜12:00 統計学概論/R作動確認/データ視覚化
    • 13:00〜14:00 パラメトリック統計学の世界観/統計モデルとは何か
    • 14:00〜15:00 確率変数と確率分布/正規分布の諸性質
    • 15:00〜16:30 実験計画法の基本:完全無作為化法
    • 16:30〜17:00 質疑
  • 2月23日(火)
    • 10:00〜11:00 実験計画法の応用:乱塊法
    • 11:00〜12:00 線形統計モデル:パラメーター推定とモデル選択
    • 13:00〜14:30 一般化線形モデルへの拡張
    • 14:30〜16:30 ベイズ統計学とベイジアンMCMC
    • 16:30〜17:00 質疑と総合討論

講義スライドならびに実習で用いるRスクリプトは別途ファイルで配布しますので,1GB以上のUSBメモリーを持参してください.本講義の受講者は(できれば)Windows 版の「R」本体ならびにパッケージ「Rコマンダー(Rcmdr)」および「Rスタジオ(RStudio)」のインストールを事前にすませてから参加してください.インストール手順の詳細についてはこちらをごらんください:「R-InstallationGuide.zip」(自己解凍zip圧縮ファイル).なお,ワタクシの記事「Windows環境で「R」を導入するための絶対確実な方法」もごらんください.Mac OS X 版あるいは Linux 版の R / Rcmdr / RStudio を使用される場合は,前もってインストールした上で,各自の責任で作動確認をお願いいたします.


熊本県農業研究センター所内研修会(統計研修)配布資料:2016年2月9日(火)〜10日(水)
1) 統計学概論
2) 統計学お薦め本リスト
3) Rによる統計解析
4) 実験計画法
5) Rによる分散分析
6) 多変量解析概論
7) 一般化線形モデル
8) 解説資料(zip圧縮)

タイムテーブル(場所:熊本県農業研究センター)
  • 2月9日(火)
    • 09:00〜10:30 統計学概論/Rを用いたデータ視覚化演習
    • 10:45〜12:00 統計モデルとは何か
    • 13:00〜14:30 確率分布とパラメトリック統計学/正規分布の諸性質
    • 14:45〜16:30 実験計画法と多重比較:完全無作為化法と乱塊法
  • 2月10日(水)
    • 09:00〜10:30 統計モデルとモデル選択論
    • 10:30〜12:00 Rを用いた一般化線形モデル
    • 13:00〜14:30 多変量解析の諸手法
    • 14:45〜17:00 質疑討論と個別コンサルティング

講義スライドならびに実習で用いるRスクリプトは別途ファイルで配布しますので,1GB以上のUSBメモリーを持参してください.本研修に参加される受講者は Windows 版の「R」本体ならびにパッケージ「Rコマンダー(Rcmdr)」および「Rスタジオ(RStudio)」のインストールを事前にすませてから参加してください.インストール手順の詳細についてはこちらをごらんください:「R-InstallationGuide.zip」(自己解凍zip圧縮ファイル).なお,ワタクシの記事「Windows環境で「R」を導入するための絶対確実な方法」もごらんください.


奈良県農業研究開発センター・生物統計学研修(応用編)配布資料:2016年2月4日(木)〜5日(金)
1)多変量解析概論
2)一般化線形モデル
3) 解説資料(zip圧縮)

タイムテーブル(場所:奈良県農業研究開発センター・1階会議室)
  • 2月4日(木)
    • 09:30〜10:30 実験計画法のさまざまな応用
    • 10:45〜12:00 統計モデル:理論と実習
    • 13:00〜14:30 モデル選択論と実習
    • 14:45〜16:00 一般化線形統計モデルの理論と実習
  • 2月5日(金)
    • 09:30〜10:30 多変量解析(1):主成分分析
    • 10:45〜12:00 多変量解析(2):クラスター分析
    • 13:00〜14:45 個別統計コンサルティング
    • 15:00〜16:00 質疑・討論
※上記のタイムテーブルはおおよその予定で,講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.講義スライドならびに実習で用いるRスクリプトは別途ファイルで配布しますので,1GB以上のUSBメモリーを持参してください.本研修に参加される受講者は Windows 版の「R」本体ならびにパッケージ「Rコマンダー(Rcmdr)」および「Rスタジオ(RStudio)」のインストールを事前にすませてから参加してください.インストール手順の詳細についてはこちらをごらんください:「R-InstallationGuide.zip」(自己解凍zip圧縮ファイル).なお,ワタクシの記事「Windows環境で「R」を導入するための絶対確実な方法」もごらんください.


大分県農林水産研究指導センター主催「数理統計研修(基礎編)」テキスト:2015年12月7日(月)〜9日(水)
1) 統計学概論
2) 統計学お薦め本リスト
3) Rによる統計解析
4) 実験計画法
5) Rによる分散分析
6)一般化線形モデル
7) 解説資料(zip圧縮)

タイムテーブル(会場:大分県庁OAプラザ,大分市)
  • 12月7日(月)
    • 09:30〜10:30 統計学概論(統計学的思考と科学的推論)
    • 10:45〜12:00 R/Rcmdr/RStudioのインストールと動作確認
    • 13:00〜14:30 データのばらつき:偏差・平方和・分散
    • 14:45〜16:30 確率分布とパラメトリック統計学
  • 12月8日(火)
    • 09:30〜10:30 実験計画法(1):完全無作為化法
    • 10:45〜12:00 実験計画法演習(1)
    • 13:00〜14:30 実験計画法(2):乱塊法とその応用
    • 14:45〜16:30 実験計画法演習(2)
  • 12月9日(水)
    • 09:30〜10:30 統計モデルとは何か
    • 10:45〜12:00 統計モデル演習
    • 13:00〜16:30 質疑討論

※上記のタイムテーブルはおおよその予定で,講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.講義スライドならびに実習で用いるRスクリプトは別途ファイルで配布しますので,1GB以上のUSBメモリーを持参してください.本研修に参加される受講者は Windows 版の「R」本体ならびにパッケージ「Rコマンダー(Rcmdr)」および「Rスタジオ(RStudio)」のインストールを事前にすませてから参加してください.インストール手順の詳細についてはこちらをごらんください:「R-InstallationGuide.zip」(自己解凍zip圧縮ファイル).なお,ワタクシの記事「Windows環境で「R」を導入するための絶対確実な方法」もごらんください.



宮崎県総合農業試験場主催・数理統計研修(基礎編)配布資料:2015年11月30日(月)〜12月1日(火)
1)統計学概論
2)実験計画法
3)〈R〉でラクラク分散分析
4)〈R〉による統計解析

タイムテーブル(会場:宮崎県総合農業試験場・研修棟)
  • 11月30日(月)
    • 09:30〜10:30 統計学概論
    • 10:45〜12:00 R/Rcmdr/RStudioのインストールと動作確認
    • 13:00〜14:30 データの視覚化/パラメトリック統計学
    • 14:45〜16:00 データのばらつき:偏差・平方和・分散
  • 12月1日(火)
    • 09:30〜10:30 確率変数と確率分布
    • 10:45〜12:00 正規分布の性質
    • 13:00〜14:30 実験計画法(1):完全無作為化法
    • 14:45〜15:30 質疑・討論

※上記のタイムテーブルはおおよその予定で,講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.講義スライドならびに実習で用いるRスクリプトは別途ファイルで配布しますので,1GB以上のUSBメモリーを持参してください.なお,本研修に参加される受講者は Windows 版の「R」本体ならびにパッケージ「Rコマンダー(Rcmdr)」および「Rスタジオ(RStudio)」のインストールを事前にすませてから参加してください.インストール手順の詳細についてはこちらをごらんください:「R-InstallationGuide.zip」(自己解凍zip圧縮ファイル).なお,ワタクシの記事「Windows環境で「R」を導入するための絶対確実な方法」もごらんください.


実際の講義進行は下記の通り:

  • 11月30日(月)
    • 09:30〜10:30 統計学概論
    • 10:45〜12:00 R/Rcmdr/RStudioのインストールと動作確認
    • 13:00〜14:30 データの視覚化/パラメトリック統計学の世界観
    • 14:45〜16:00 確率変数と確率分布/正規分布の性質
  • 12月1日(火)
    • 09:30〜10:30 実験計画法(1):完全無作為化法と多重比較
    • 10:45〜12:00 実験計画法(2):乱塊法
    • 13:00〜14:30 実験計画法(3):分割区法と細分区法
    • 14:45〜15:30 質疑・討論


宮崎県総合農業試験場主催・数理統計研修(応用編)配布資料:2015年12月14日(月)〜15日(火)
1)多変量解析概論
2)一般化線形モデル
3)統計学ブックガイド
4) 解説資料(zip圧縮)

タイムテーブル(場所:宮崎県総合農業試験場・研修棟)
  • 12月14日(月)
    • 09:30〜10:30 実験計画法(2):乱塊法とその実習
    • 10:45〜12:00 実験計画法(3):要因実験と分割区法
    • 13:00〜14:30 多重比較の方法
    • 14:45〜16:00 線形統計モデルとモデル選択論
  • 12月15日(火)
    • 09:30〜10:30 一般化線形統計モデルの理論と実習
    • 10:45〜12:00 変量間の共分散と相関係数
    • 13:00〜14:15 多変量解析法とその実習
    • 14:30〜15:30 質疑と個別コンサルティング

実際の講義進行は下記の通り:

  • 12月14日(月)
    • 09:30〜11:00 実験計画法演習
    • 11:15〜12:00 統計モデル入門
    • 13:00〜14:30 線形統計モデルとモデル選択論
    • 14:45〜16:00 モデル選択演習
  • 12月15日(火)
    • 09:30〜10:30 一般化線形統計モデルの理論と実習
    • 10:45〜12:00 変量間の共分散と相関係数
    • 13:00〜14:15 多変量解析法とその実習
    • 14:30〜15:30 質疑と個別コンサルティング


2015年度・東京大学理学部冬学期「生物統計学」ハンドアウト(pdf)
1)2015年9月17日:ガイダンス統計曼荼羅
  • 講義全体のガイダンスとシラバスの説明,成績評価について
  • 統計曼荼羅
  • 統計学概論(統計的なものの考え方・素朴統計学・データ可視化)
  • 統計計算環境Rの紹介
2)2015年9月24日:統計学概論データとモデル統計学ブックガイド
  • 観察データと統計モデルとの関係
  • パラメトリック統計学への道のり(位置パラメーターと分散パラメーター)→ parametarization.R(スクリプト)|RPubs出力
  • 統計学ブックガイド(どんな統計本を手にしてはいけないか)
  • 記述統計学と推測統計学のちがい
  • 偏差・平方和・分散の導出と自由度の概念
  • 分散パラメーターと分散推定値(不偏性のシミュレーション)→ unbiased.R(スクリプト)|RPubs出力
3)2015年10月1日:確率変数と確率分布|参考:確率分布曼荼羅(ウェブ版)
  • 正規分布を中心とする確率分布について
  • 正規分布の諸性質(線形変換での正規性保存・関連確率分布の導出・中心極限定理)→ 中心極限定理デモ:clt.R(スクリプト)|RPubs出力
  • 分散推定値の不偏性 \( E[S^2]=\sigma^2 \) の証明 → 説明スライド
4)2015年10月8日:実験計画法(1)
  • 実験計画法の“家訓”(反復実施・無作為化・局所管理)
  • 実験処理区のレイアウトと線形統計モデルの構築
  • 完全無作為化法のもとでのデータ解析の手順
  • 偏差・平方和・平均平方(分散)・ \( F \) 値
  • 正規分布が降臨する
  • 実験計画法での仮説検定の考え方について
5)2015年10月15日:実験計画法(2)
  • 分散分析から多重比較へ
  • 偏差の分割と線形統計モデルの直感的理解→ 偏差分割デモ:deviation.R(スクリプト)|RPubs出力
  • 乱塊法のもとでの線形統計モデルとデータ処理の手順
6)2015年10月22日
  • 複数の要因を含む実験計画と要因間の交互作用について
  • 二要因乱塊法とその応用
  • 線形統計モデルを再考する
7)2015年10月29日[休講]※第196回農林交流センターワークショップ〈分子系統学の理論と実習〉主宰のため.
8)2015年11月5日:線形モデルと一般化線形モデル
  • モデル選択論:尤度とAIC
  • 統計学の哲学:確証・反証・アブダクション — データと仮説との関係
9)2015年11月12日:変量間の共変動と相関
  • 一般化線形統計モデル
  • 二つの変量間の共分散と相関係数 → 二変量正規分布描画デモ:3dplot.R(スクリプト)|RPubs
10)2015年11月19日:多変量解析概論
  • 多変量解析の野望と挫折
  • インフォグラフィクスと情報の視覚化
11)2015年11月26日:リサンプリング統計手法
  • 計算機統計学とリサンプリング手法
  • ブーツストラップ,ジャックナイフ,モンテ・カルロ → リサンプリング法デモ: resampling.R(スクリプト)
12)2015年12月3日:ベイズ統計モデリング
  • ベイズ統計学の考え方とベイズ的推論
13)2015年12月10日:生物系統学への応用文献リスト
  • ベイジアンMCMC
  • 生物の分類と系統
14)[補講]2015年12月11日(金)@521教室,8:30〜10:15
  • 系統樹を推定するための統計学的手法
○レポート

※講義時間は毎週木曜第5限(16:50〜18:35),教室は駒場キャンパス5号館522教室です.

講義に使用するハンドアウトはすべて本サイトで pdf ファイルとして公開しますので,必要に応じて閲覧あるいはダウンロードして下さい.紙としては配布しません.

※講義中にデモンストレーションで用いたRスクリプトを公開します.リンク先のスクリプト・ファイル(***.R)をダウンロードしてください.日本語表示はUnicode(UTF-8)ですので文字化けする場合は文字コードを変更してください.なお,Rのインストールなどについての情報はこのページの前半に示しました.

※本講義に関する質問回答と情報提供にはツイッターのハッシュタグ #TodaiStat を用います.受講生はツイッターのアカウント取得の上,三中信宏( @leeswijzer )のフォローをしてください.なお,質問とその回答については毎回まとめて〈Inleiding tot de R-statistiek〉でも公開します.したがって,ツイッターのアカウント取得は本講義受講のための必要条件ではありません.



横浜国立大学大学院環境情報学府「統計学&データ解析道場」配布資料:2015年9月7日(月)〜9日(水)
1)統計学概論
2)実験計画法
3)〈R〉でラクラク分散分析
4)〈R〉による統計解析
5)多変量解析概論
6)一般化線形モデル
7)〈R〉で「ブーツ」:計算機統計学への密やかなお誘い
8)統計学ブックガイド

タイムテーブル(場所:情報基盤センター・パソコン実習室C・D)
  • 9月7日(月)
    • 09:30〜10:45 統計学概論(統計学的な「ものの見方」)
    • 10:45〜12:00 R/Rcmdr/RStudioのインストールとパッケージ動作確認
    • 13:30〜15:00 データ解析は視覚化に始まり視覚化に終わる
    • 15:30〜17:00 Rcmdrを用いた統計グラフィクスの実習
  • 9月8日(火)
    • 09:30〜10:45 確率変数・確率分布とパラメトリック統計理論
    • 10:45〜12:00 はじめに「ばらつき」ありき:偏差・平方和・分散
    • 13:30〜15:00 実験計画法と分散分析;多重比較;線形モデル
    • 15:30〜17:00 共分散と相関係数;多変量パラメトリック分布
  • 9月9日(水)
    • 09:30〜10:45 Rプログラミングの実習
    • 10:45〜12:00 モデル選択論;一般化線形モデルへの拡張
    • 13:30〜15:00 リサンプリング計算統計学と多変量解析
    • 15:30〜17:00 いやでもベイジアン;最後は質問タイムです
※上記のタイムテーブルはおおよその予定で,講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.講義スライドならびに実習で用いるRスクリプトなどは別途ファイルで配布しますので,2GB以上のUSBメモリーを持参してください.

実際の講義進行は下記の通り:

  • 9月7日(月)
    • 09:30〜10:45 統計学概論/R・Rcmdr・RStudioのインストール
    • 10:45〜12:00 R三点セットの動作確認
    • 13:30〜15:00 データの視覚化/箱ひげ図
    • 15:30〜16:30 分散概念の導出/統計モデル概論
  • 9月8日(火)
    • 09:30〜10:45 確率変数と確率分布/パラメトリック統計学概論
    • 10:45〜12:00 確率分布曼荼羅/正規分布の諸性質
    • 13:30〜15:00 実験計画法(1):完全無作為化法の分散分析と多重比較
    • 15:30〜16:30 実験計画法(2):乱塊法の分散分析と多重比較
  • 9月9日(水)
    • 09:30〜10:45 Rプログラミングの実習
    • 10:45〜12:00 モデル選択論;一般化線形モデルへの拡張
    • 13:30〜15:00 LM・GLM・GAM混合効果モデル
    • 15:30〜16:30 ベイズ統計学とMCMC

首都大学東京大学院理工学研究科「生命科学特論」配布資料:2015年9月18日(金)〜19日(土)/25日(金)〜26日(土)
1)統計学概論
2)実験計画法
3)〈R〉でラクラク分散分析
4)〈R〉による統計解析
5)多変量解析概論
6)一般化線形モデル
7)〈R〉で「ブーツ」:計算機統計学への密やかなお誘い
8)統計学ブックガイド

タイムテーブル
  • 9月18日(金)
    • 10:30〜12:00 統計学概論(統計学的思考と科学的推論)
    • 13:30〜14:45 R/Rcmdr/RStudio と関連パッケージの動作確認
    • 15:00〜16:30 データを「目で見る」こと;正規分布の帝国
  • 9月19日(土)
    • 10:30〜12:00 「ばらつき」ありき:偏差・平方和・分散
    • 13:30〜14:45 実験計画法と分散分析の線形モデル
    • 15:00〜16:30 パラメトリック確率分布をRで描画する
  • 9月25日(金)
    • 10:30〜12:00 平均値の差のリクツと陥穽;Rで多重比較する
    • 13:30〜14:45 共分散と相関係数;多変量確率分布をRで描く
    • 15:00〜16:30 一般化線形モデルへの道とモデル選択論
  • 9月26日(土)
    • 10:30〜12:00 Rでリサンプリング統計学を体験する
    • 13:30〜14:45 ベイズ統計学の門を叩く
    • 15:00〜16:00 ベイジアンMCMCに手を染めてみる
    • 16:00〜16:30 最後は質問タイムです

上記のタイムテーブルはおおよその予定で,講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.講義スライドならびに実習で用いるRスクリプトなどは別途ファイルで配布しますので,2GB以上のUSBメモリーを持参してください.また,必要に応じてその場で無線LANからダウンロードするので,首都大学東京の学内LANあるいは各自Wi-Fi接続できるようにパソコンの設定を確認してください.

【Mac OSX ユーザーへの注意】事前に〈X11〉をアップルのサイトからインストールしておいてください(→ Apple「X11 および OS X について」).X11 がないと R Commander が使用できなくなりますのでこの事前準備は必須です.


実際の講義進行は下記の通り:

  • 9月18日(金)
    • 10:30〜12:00 統計学概論/R・Rcmdr・RStudioのインストール
    • 13:30〜14:45 R三点セットの動作確認
    • 15:00〜16:30 データの視覚化/箱ひげ図
  • 9月19日(土)
    • 10:30〜12:00 分散概念の導出/記述統計学と推測統計学の世界観
    • 13:30〜14:45 確率分布曼荼羅/正規分布の諸性質
    • 15:00〜16:30 実験計画法(1):完全無作為化法の解説と演習
  • 9月25日(金)
    • 10:30〜12:00 多重比較の解説・演習,
    • 13:30〜14:45 実験計画法(2):乱塊法(一要因&二要因)の解説・演習
    • 15:00〜16:30 モデル選択論の解説
  • 9月26日(土)
    • 10:30〜12:00 モデル選択論の演習
    • 13:30〜14:45 一般化線形モデルの解説と演習(ロジスティック回帰とポアソン回帰)
    • 15:00〜16:30 ベイズ統計学とMCMC

2015年度・東京農業大学応用生物科学部生物応用化学科「実験データー解析概論」
1)2015年4月10日:ガイダンス統計曼荼羅
 → 質疑応答
  • 講義全体のガイダンスとシラバスの説明,成績評価について
  • 統計曼荼羅
  • R のインストールと起動の確認
2)2015年4月17日[※学会出張のため休講]
3)2015年4月24日:統計学概論統計学ブックガイド
 → 質疑応答
  • 統計学概論(統計的なものの考え方・素朴統計学・データ可視化)
  • 統計学ブックガイド(どんな統計本を手にしてはいけないか)
4)2015年5月8日:確率変数と確率分布
 → ダウンロード:Rcmdr_packages [65MB]|data [34KB]|script [20KB]|docs [7.5MB]
 → 質疑応答
  • R のインストールと起動の確認(続)
5)2015年5月15日:分散の推定と正規分布族
 → 質疑応答
  • パラメトリック統計学への道のり(位置パラメーターと分散パラメーター)→ parametarization.R(スクリプト)|RPubs出力
6)2015年5月22日:実験計画法(1)|参考:確率分布曼荼羅
 → 質疑応答
  • 観察データと統計モデルとの関係
  • データとモデルの関係をシミュレートする→ RandomError.R(スクリプト)|RPubs出力
7)2015年5月29日:実験計画法(2)
 → ダウンロード:TeachingDemos [2MB]
 → 質疑応答
  • 偏差・平方和・分散の導出と自由度の概念
  • 記述統計学と推測統計学のちがい
  • 分散パラメーターと分散推定値(不偏性のシミュレーション)→ unbiased.R(スクリプト)|RPubs出力
8)2015年6月5日:実験計画法(3)
 → 質疑応答
  • 正規分布を中心とする確率分布について
  • 正規分布の諸性質(線形変換での正規性保存・関連確率分布の導出・中心極限定理)→ 中心極限定理デモ:clt.R(スクリプト)|RPubs出力
9)2015年6月12日:実験計画法(4)
 → 質疑応答>
  • 実験計画法の“家訓”(反復実施・無作為化・局所管理)
  • 実験処理区のレイアウトと線形統計モデルの構築
  • 完全無作為化法のもとでのデータ解析の手順
  • 偏差・平方和・平均平方(分散)・ \( F \) 値
10)2015年6月19日:実験計画法(5)
  • 偏差の分割と線形統計モデルの直感的理解→ 偏差分割デモ:deviation.R(スクリプト)|RPubs
  • 実験計画法での仮説検定の考え方について
11)2015年6月26日:線形モデルと一般化線形モデル
12)2015年7月3日:変量間の共変動と相関
  • 複数の要因を含む実験計画と要因間の交互作用について
  • 二要因乱塊法とその応用:分割区法について
  • 実験計画法と線形統計モデル
13)2015年7月7日(火)[補講]:多変量解析概論

   ※この補講は「3限・342教室」で開講します.

14)2015年7月10日:リサンプリング統計手法
  • 二つの変量間の共分散と相関係数 → 二変量正規分布描画デモ:3dplot.R(スクリプト)
15)2015年7月17日
  • 多次元データと多変量解析
  • 計算機統計学とリサンプリング手法
  • ブーツストラップ,ジャックナイフ,モンテ・カルロ → リサンプリング法デモ:resampling.R(スクリプト)
16)2015年7月24日:生物系統学への応用(1)生物系統学への応用(2)
  • 生物の分類と系統:統計学との関わり
  • 総括:統計的データ解析の「心」とは?
  1. レポート課題|データファイル「PlantGrowth.txt」(2015年7月10日出題)※2015年7月24日(金)提出締切※

※講義時間は毎週金曜第2限(10:40〜12:10),世田谷キャンパス(教室はコンピューター演習室5

本講義では,スライドを用いた説明とともに,統計解析ソフトウェアを用いたパソコン実習を行ないます.実習で用いるソフトウェアについては講義初回時にインストール作業をします.使用するソフトウェアは Windows 版の「R」ならびにパッケージ「Rコマンダー(Rcmdr)」です.

講義に使用するハンドアウトはすべて本サイトで pdf ファイルとして公開しますので,必要に応じて閲覧あるいはダウンロードして下さい.紙としては配布しません.

※本講義に関する質問回答と情報提供にはツイッターのハッシュタグ #NodaiStat を用います.ツイッターを使用する受講生はアカウント取得の上,三中信宏( @leeswijzer )をフォローしてください.なお,質問とその回答については毎回まとめて〈Inleiding tot de R-statistiek〉でも公開します.したがって,ツイッターのアカウント取得は本講義受講のための必要条件ではありません.



2015年度・東京農業大学応用生物科学部バイオサイエンス学科「生物統計学」
1)2015年4月10日:ガイダンス統計曼荼羅
 → 質疑応答
  • 講義全体のガイダンスとシラバスの説明,成績評価について
  • 統計曼荼羅
2)2015年4月17日[※学会出張のため休講]
3)2015年4月24日:統計学概論統計学ブックガイド
 → 質疑応答
  • 統計学概論(統計的なものの考え方・素朴統計学・データ可視化)
  • 統計学ブックガイド(どんな統計本を手にしてはいけないか)
4)2015年5月8日:確率変数と確率分布
 → 質疑応答
  • 観察データと統計モデルとの関係
  • データとモデルの関係をシミュレートする→ RandomError.R(スクリプト)|RPubs出力
5)2015年5月15日:分散の推定と正規分布族
 → 質疑応答
  • パラメトリック統計学への道のり(位置パラメーターと分散パラメーター)→ parametarization.R(スクリプト)|RPubs出力
  • 偏差・平方和・分散の導出と自由度の概念
  • 記述統計学と推測統計学のちがい
  • 分散パラメーターと分散推定値(不偏性のシミュレーション)→ unbiased.R(スクリプト)|RPubs出力
6)2015年5月22日:実験計画法(1)|参考:確率分布曼荼羅
 → 質疑応答
  • 正規分布を中心とする確率分布について
  • 正規分布の諸性質(線形変換での正規性保存・関連確率分布の導出・中心極限定理)→ 中心極限定理デモ:clt.R(スクリプト)|RPubs出力
  • 実験計画法の“家訓”(反復実施・無作為化・局所管理)
  • 実験処理区のレイアウトと線形統計モデルの構築
7)2015年5月29日:実験計画法(2)
 → 質疑応答
  • 完全無作為化法のもとでのデータ解析の手順
  • 偏差・平方和・平均平方(分散)・ \( F \) 値
8)2015年6月5日:実験計画法(3)
 → 質疑応答
  • 偏差の分割と線形統計モデルの直感的理解→ 偏差分割デモ:deviation.R(スクリプト)|RPubs
  • 実験計画法での仮説検定の考え方について
9)2015年6月12日:実験計画法(4)
 → 質疑応答
  • 乱塊法のもとでの線形統計モデルとデータ処理の手順
  • 複数の要因を含む実験計画と要因間の交互作用について
10)2015年6月19日:実験計画法(5)
11)2015年6月26日:線形モデルと一般化線形モデル
  • 実験計画法と線形統計モデル
  • モデル選択論:尤度とAIC
  • モデル選択デモンストレーション:RandomError_regression.R(スクリプト)|RPubs
12)2015年7月3日:変量間の共変動と相関多変量解析概論
  • 二つの変量間の共分散と相関係数 → 二変量正規分布描画デモ:3dplot.R(スクリプト)
  • 多次元データと多変量解析
13)2015年7月10日:リサンプリング統計手法
  • 計算機統計学とリサンプリング手法
  • ブーツストラップ,ジャックナイフ,モンテ・カルロ → リサンプリング法デモ:resampling.R(スクリプト)
14)2015年7月13日(月)[補講]:生物系統学への応用(1)
  • 生物の分類と系統

   ※この補講は「3限・243教室」で開講します.

15)2015年7月17日:生物系統学への応用(2)
  • 系統樹を推定するためのロジック
16)2015年7月24日:
  • 系統推定法と統計学との関わり:バイオインフォマティクスとの接点
  • 総括:巨大なデータの可視化と統計科学の可能性
  1. レポート課題(2015年7月10日出題)※2015年7月24日(金)提出締切※

※講義時間は毎週金曜第3限(13:00〜14:30),世田谷キャンパス(教室は講義棟・242教室

講義に使用するハンドアウトはすべて本サイトで pdf ファイルとして公開しますので,必要に応じて閲覧あるいはダウンロードして下さい.紙としては配布しません.

※本講義に関する質問回答と情報提供にはツイッターのハッシュタグ #NodaiStat を用います.ツイッターを使用する受講生はアカウント取得の上,三中信宏( @leeswijzer )をフォローしてください.なお,質問とその回答については毎回まとめて〈Inleiding tot de R-statistiek〉でも公開します.したがって,ツイッターのアカウント取得は本講義受講のための必要条件ではありません.



奈良県農業研究開発センター・生物統計学研修(基礎編)配布資料:2015年6月8日(月)〜9日(火)
1)統計学概論
2)実験計画法
3)〈R〉でラクラク分散分析
4)〈R〉による統計解析
5)統計学ブックガイド

タイムテーブル(会場:奈良県農業研究開発センター・1階会議室)
  • 6月8日(月)
    • 09:30〜10:30 統計学概論(統計学的な「ものの見方」)
    • 10:45〜12:00 R/Rcmdr/RStudio インストールとパッケージ動作確認
    • 13:00〜14:30 データの視覚化/統計モデル/パラメトリック統計学
    • 14:45〜16:00 データのばらつきの数値化:偏差・平方和・分散
  • 6月9日(火)
    • 09:30〜10:30 確率変数と確率分布/正規分布の性質
    • 10:45〜12:00 実験計画法(1):完全無作為化法
    • 13:00〜14:30 実験計画法(2):乱塊法
    • 14:45〜15:30 質疑・討論

※上記のタイムテーブルはおおよその予定で,講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.講義スライドならびに実習で用いるR関連ソフトウェアは下記URLからダウンロードして下さい:

  1)Rインストーラー[170MB]
  2)Rパッケージ[72MB]
  3)講義スライド[111MB]
  4)Rスクリプト[21KB]
  5)Rデータ[35KB]
  6)解説資料[8MB]

いずれも圧縮ファイル(zip)ですからそれぞれ展開してください.RならびにRStudioのインストールについては,私の解説記事「Windows環境で「R」を導入するための絶対確実な方法」を参考にして,事前にすませておいてください.Rパッケージのインストールは研修会場で行ないます.



2014年度・東京大学理学部冬学期「生物統計学」ハンドアウト(pdf)
1)2014年10月9日配布:ガイダンス統計曼荼羅
 → 質疑応答
  • 講義全体のガイダンスとシラバスの説明,成績評価について
  • 統計曼荼羅
  • 統計学概論(統計的なものの考え方・素朴統計学・データ可視化)
  • 統計計算環境Rの紹介
2)2014年10月16日配布:統計学概論データとモデル統計学ブックガイド
 → 質疑応答
  • 観察データと統計モデルとの関係
  • パラメトリック統計学への道のり(位置パラメーターと分散パラメーター)→ parametarization.R(スクリプト)|RPubs出力
  • 統計学ブックガイド(どんな統計本を手にしてはいけないか)
  • 記述統計学と推測統計学のちがい
  • 偏差・平方和・分散の導出と自由度の概念
  • 分散パラメーターと分散推定値(不偏性のシミュレーション)→ unbiased.R(スクリプト)|RPubs出力
3)2014年10月23日配布:確率変数と確率分布|参考:確率分布曼荼羅(ウェブ版)
 → 質疑応答
  • 正規分布を中心とする確率分布について
  • 正規分布の諸性質(線形変換での正規性保存・関連確率分布の導出・中心極限定理)→ 中心極限定理デモ:clt.R(スクリプト)|RPubs出力
  • 分散推定値の不偏性 \( E[S^2]=\sigma^2 \) の証明 → 説明スライド
4)2014年10月30日配布:実験計画法(1)
 → 質疑応答
  • 実験計画法の“家訓”(反復実施・無作為化・局所管理)
  • 実験処理区のレイアウトと線形統計モデルの構築
  • 完全無作為化法のもとでのデータ解析の手順
  • 偏差・平方和・平均平方(分散)・ \( F \) 値
  • 正規分布が降臨する
5)2014年11月6日[休講]※第188回農林交流センターワークショップ〈分子系統学の理論と実習〉主宰のため.
6)2014年11月13日配布:実験計画法(2)
 → 質疑応答
  • 偏差の分割と線形統計モデルの直感的理解→ 偏差分割デモ:deviation.R(スクリプト)|RPubs出力
  • 実験計画法での仮説検定の考え方について
  • 乱塊法のもとでの線形統計モデルとデータ処理の手順
  • 複数の要因を含む実験計画と要因間の交互作用について
  • 二要因乱塊法とその応用
7)2014年11月20日:線形モデルと一般化線形モデル
 → 質疑応答
  • 分散分析から多重比較へ
  • 線形統計モデル
  • モデル選択論:尤度とAIC
8)2014年12月4日配布:変量間の共変動と相関
 → 質疑応答>
  • 一般化線形統計モデル
  • 二つの変量間の共分散と相関係数
9)2014年12月11日:多変量解析概論
 → 質疑応答
  • 二つの変量間の共分散と相関係数(続) → 二変量正規分布描画デモ:3dplot.R(スクリプト)|RPubs
  • 多変量解析の野望と挫折
10)2014年12月18日配布:リサンプリング統計手法
 → 質疑応答
  • 計算機統計学とリサンプリング手法
  • ブーツストラップ,ジャックナイフ,モンテ・カルロ → リサンプリング法デモ: resampling.R(スクリプト)
11)2015年1月8日配布:ベイズ統計モデリング
 → 質疑応答
  • ベイズ統計学の考え方
  • ベイジアンMCMCとベイズ的推論
12)2015年1月15日配布:生物系統学への応用文献リスト
 → 質疑応答
  • 生物の分類と系統
13)2015年1月22日※臨時休講
14)2015年1月28日(水)4限&5限@511教室(補講):形態測定学への応用
 → 質疑応答
  • 系統樹を推定するための統計学的手法
  • かたちを測る数学と統計学
○レポート
  • レポート課題(2015年1月15日出題)※2015年1月29日(木)提出締切※

※講義時間は毎週木曜第5限(16:30〜18:00),教室は駒場キャンパス5号館511教室です.

※講義中にデモンストレーションで用いたRスクリプトを公開します.リンク先のスクリプト・ファイル(***.R)をダウンロードしてください.日本語表示はUnicode(UTF-8)ですので文字化けする場合は文字コードを変更してください.なお,Rのインストールなどについての情報はこのページの前半に示しました.

※本講義に関する質問回答と情報提供にはツイッターのハッシュタグ #TodaiStat を用います.受講生はツイッターのアカウント取得の上,三中信宏( @leeswijzer )のフォローをしてください.



・熊本県農業研究センター所内研修会(統計研修)配布資料:2015年2月12日(木)〜13日(金)
1)統計学概論
2)統計学お薦め本リスト
3)Rによる統計解析
4)実験計画法
5)Rによる分散分析

タイムテーブル(場所:熊本県農業研究センター)
  • 2月12日(木)
    • 09:00〜10:30 統計学概論(統計学的思考と科学的推論)
    • 10:45〜12:00 R/Rcmdr/RStudioを用いたデータ視覚化演習
    • 13:00〜14:30 統計モデルとは何か
    • 14:45〜16:30 確率分布とパラメトリック統計学
  • 2月13日(金)
    • 09:00〜10:30 実験計画法と多重比較:数値例による解説と演習
    • 10:30〜12:00 統計的モデル選択論:原理と実例
    • 13:00〜14:30 一般化線形モデルについて
    • 14:45〜17:00 質疑討論と個別コンサルティング

なお,本研修に参加される受講者は Windows 版の「R」本体ならびにパッケージ「Rコマンダー(Rcmdr)」および「Rスタジオ(RStudio)」のインストールを事前にすませてから参加してください.R と Rcmdr のインストール手順の詳細に関しては農環研・三輪哲久氏のサイトが参考になります.また RStudio に関しては公式サイトから最新のインストーラーをダウンロードして各自インストールしてください.なお,ワタクシの記事「Windows環境で「R」を導入するための絶対確実な方法」もごらんください.


・大分県農林水産研究指導センター主催「数理統計研修(基礎編)」テキスト:2014年12月8日(月)〜10日(火)
1)統計学概論
2)統計学お薦め本リスト
3)Rによる統計解析
4)実験計画法
5)Rによる分散分析

タイムテーブル(会場:大分県庁OAプラザ,大分市)
  • 12月8日(月)
    • 09:30〜10:30 統計学概論(統計学的思考と科学的推論)
    • 10:45〜12:00 R/Rcmdr/RStudioのインストールと動作確認
    • 13:00〜14:30 データのばらつき:偏差・平方和・分散
    • 14:45〜16:30 確率分布とパラメトリック統計学
  • 12月9日(火)
    • 09:30〜10:30 実験計画法(1):完全無作為化法
    • 10:45〜12:00 実験計画法演習(1)
    • 13:00〜14:30 実験計画法(2):乱塊法とその応用
    • 14:45〜16:30 実験計画法演習(2)
  • 12月10日(水)
    • 09:30〜10:30 統計モデルとは何か
    • 10:45〜12:00 統計モデル演習
    • 13:00〜16:30 質疑討論

・宮崎県総合農業試験場主催・数理統計研修(基礎編)配布資料:2014年10月20日(月)〜21日(火)
1)統計学概論
2)実験計画法
3)〈R〉でラクラク分散分析
4)〈R〉による統計解析

タイムテーブル(会場:宮崎県総合農業試験場)
  • 10月20日(月)
    • 09:30〜10:30 統計学概論(統計学的な「ものの見方」)
    • 10:45〜12:00 R/Rcmdr/Rstudioのインストールとパッケージ動作確認
    • 13:00〜14:30 データの視覚化/統計モデル/パラメトリック統計学
    • 14:45〜16:00 データのばらつき:偏差・平方和・分散
  • 10月21日(火)
    • 09:30〜10:30 確率変数と確率分布
    • 10:45〜12:00 正規分布の性質
    • 13:00〜14:30 実験計画法(1):完全無作為化法
    • 14:45〜15:30 質疑・討論
※上記のタイムテーブルはおおよその予定で,講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.講義スライドならびに実習で用いるRスクリプトは別途ファイルで配布しますので,2GB以上のUSBメモリーを持参してください.


・宮崎県総合農業試験場主催・数理統計研修(応用編)配布資料:2014年10月27日(月)〜28日(火)
1)多変量解析概論
2)一般化線形モデル
3)統計学ブックガイド

タイムテーブル(場所:宮崎県総合農業試験場)
  • 10月27日(月)
    • 09:30〜10:30 実験計画法(2):乱塊法とその実習
    • 10:45〜12:00 実験計画法(3):要因実験と分割区法・細分区法
    • 13:00〜14:30 統計モデル
    • 14:45〜16:00 モデル選択論とその実習
  • 10月28日(火)
    • 09:30〜10:30 一般化線形統計モデルの理論
    • 10:45〜12:00 一般化線形統計モデルの実習
    • 13:00〜14:15 多変量データとその解析法および実習
    • 14:30〜15:30 質疑・討論


・首都大学東京大学院理工学研究科「生命科学特論」配布資料:2014年9月19日(金)〜20日(土)/26日(金)〜27日(土)
1)統計学概論
2)実験計画法
3)〈R〉でラクラク分散分析
4)〈R〉による統計解析
5)多変量解析概論
6)一般化線形モデル
7)〈R〉で「ブーツ」:計算機統計学への密やかなお誘い
8)統計学ブックガイド

タイムテーブル(予定)
  • 9月19日(金)
    • 10:30〜12:00 統計学概論(統計学的思考と科学的推論)
    • 13:30〜14:45 R/Rcmdr/RStudio と関連パッケージの動作確認
    • 15:00〜16:30 データを「目で見る」こと;正規分布の帝国
  • 9月20日(土)
    • 10:30〜12:00 「ばらつき」ありき:偏差・平方和・分散
    • 13:30〜14:45 実験計画法と分散分析の線形モデル
    • 15:00〜16:30 パラメトリック確率分布をRで描画する
  • 9月26日(金)
    • 10:30〜12:00 平均値の差のリクツと陥穽;Rで多重比較する
    • 13:30〜14:45 共分散と相関係数;多変量確率分布をRで描く
    • 15:00〜16:30 一般化線形モデルへの道とモデル選択論
  • 9月27日(土)
    • 10:30〜12:00 Rでリサンプリング統計学を体験する
    • 13:30〜14:45 ベイズ統計学の門を叩く
    • 15:00〜16:00 ベイジアンMCMCに手を染めてみる
    • 16:00〜16:30 最後は質問タイムです

上記のタイムテーブルはおおよその予定で,講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.講義スライドならびに実習で用いるRスクリプトは別途ファイルで配布しますので,2GB以上のUSBメモリーを持参してください.また,必要に応じてその場で無線LANからダウンロードするので,首都大学東京の学内LANあるいは各自Wi-Fi接続できるようにパソコンの設定を確認してください.

【Mac OSX ユーザーへの注意】事前にパソコンに付随する「Reinstall Drive USB」などから〈X11 system〉をインストールしておいてください.X11 がないと R Commander が使用できなくなりますのでこの事前準備は必須です.


2014年度・東京農業大学応用生物科学部生物応用化学科「実験データー解析概論」ハンドアウト
1)2014年4月11日配布:ガイダンス統計曼荼羅
  • 講義全体のガイダンスとシラバスの説明,成績評価について
  • 統計曼荼羅
2)2014年4月18日配布:統計学概論統計学ブックガイド
 → 質疑応答
  • 統計学概論(統計的なものの考え方・素朴統計学・データ可視化)
  • 統計学ブックガイド(どんな統計本を手にしてはいけないか)
3)2014年4月25日配布:確率変数と確率分布
 → 質疑応答
  • 観察データと統計モデルとの関係
  • データとモデルの関係をシミュレートする→ RandomError.R(スクリプト)|RPubs出力
4)2014年5月9日配布:分散の推定と正規分布族
 → 質疑応答
  • パラメトリック統計学への道のり(位置パラメーターと分散パラメーター)→ parametarization.R(スクリプト)|RPubs出力
  • 偏差・平方和・分散の導出と自由度の概念
  • 記述統計学と推測統計学のちがい
  • 分散パラメーターと分散推定値(不偏性のシミュレーション)→ unbiased.R(スクリプト)|RPubs出力
5)2014年5月16日配布:実験計画法(1)|参考:確率分布曼荼羅
 → 質疑応答
  • 正規分布を中心とする確率分布について
  • 正規分布の諸性質(線形変換での正規性保存・関連確率分布の導出・中心極限定理)→ 中心極限定理デモ:clt.R(スクリプト)|RPubs出力
  • 実験計画法の“家訓”(反復実施・無作為化・局所管理)
  • 実験処理区のレイアウトと線形統計モデルの構築
6)2014年5月23日:実験計画法(2)
 → 質疑応答
  • 完全無作為化法のもとでのデータ解析の手順
  • 偏差・平方和・平均平方(分散)・ \( F \) 値
7)2014年5月30日配布:実験計画法(3)
 → 質疑応答
  • 偏差の分割と線形統計モデルの直感的理解→ 偏差分割デモ:deviation.R(スクリプト)|RPubs
  • 実験計画法での仮説検定の考え方について
8)2014年6月6日:実験計画法(4)
  • 乱塊法のもとでの線形統計モデルとデータ処理の手順
  • 複数の要因を含む実験計画と要因間の交互作用について
9)2014年6月13日:実験計画法(5)
  • 二要因乱塊法とその応用:分割区法について
  • 分散分析から多重比較へ
10)2014年6月20日:線形モデルと一般化線形モデル
  • 実験計画法と線形統計モデル
  • モデル選択論:尤度とAIC
  • モデル選択デモンストレーション:RandomError_regression.R(スクリプト)|RPubs
11)2014年6月27日配布:変量間の共変動と相関
  • 二つの変量間の共分散と相関係数 → 二変量正規分布描画デモ:3dplot.R(スクリプト)
12)2014年7月4日配布:多変量解析概論
  • 多変量解析の野望と挫折
  • 計算機統計学とリサンプリング手法
13)2014年7月11日配布:リサンプリング統計手法
  • ブーツストラップ,ジャックナイフ,モンテ・カルロ → リサンプリング法デモ:resampling.R(スクリプト)
14)2014年7月18日配布:生物系統学への応用(1)
  • 生物の分類と系統
  • 系統樹を推定するためのロジック
15)2014年7月25日配布:生物系統学への応用(2)
  • 系統推定法と統計学との関わり
  • 総括:統計的データ解析の「心」とは?
  1. レポート課題(1)(2014年7月4日出題)※2014年7月18日(金)提出締切※
  2. レポート課題(2)(2014年7月25日出題)※2014年8月8日(金)提出締切※

※講義時間は毎週金曜第2限(10:40〜12:10),世田谷キャンパス(教室は講義棟431号室

※講義中にデモンストレーションで用いたRスクリプトを公開します.リンク先のスクリプト・ファイル(***.R)をダウンロードしてください.なお,Rのインストールなどについての情報はこのページの前半に示しました.

※本講義に関する質問回答と情報提供にはツイッターのハッシュタグ #NodaiStat を用います.受講生はツイッターのアカウント取得の上,三中信宏( @leeswijzer )をフォローしてください.



・熊本県農業研究センター所内研修会(統計研修)配布資料:2014年2月20日(木)〜21日(金)
1)統計学概論
2)統計学お薦め本リスト
3)Rによる統計解析
4)実験計画法
5)Rによる分散分析

タイムテーブル(場所:熊本県農業研究センター)
  • 2月20日(木)
    • 13:30〜15:00 統計学概論(統計学的思考と科学的推論)
    • 15:00〜16:00 データを視覚化すること
    • 16:00〜17:00 確率分布とパラメトリック統計学
  • 2月21日(金)
    • 09:00〜10:30 実験計画法(1):完全無作為化法
    • 10:30〜12:00 実験計画法(2):乱塊法とその応用
    • 13:00〜16:00 統計モデルと推定・検定
    • 16:00〜17:00 質疑討論と個別コンサルティング

なお,本研修に参加される受講者は Windows 版の「R」本体ならびにパッケージ「Rコマンダー(Rcmdr)」および「Rスタジオ(RStudio)」のインストールを事前にすませてから参加してください.R と Rcmdr のインストール手順の詳細に関しては農環研・三輪哲久氏のサイトが参考になります.また RStudio に関しては公式サイトから最新のインストーラーをダウンロードして各自インストールしてください.



2013年度・東京大学理学部冬学期「生物統計学」ハンドアウト(pdf)
1)2013年10月10日配布:ガイダンス統計曼荼羅
 → 質疑応答
  • 講義全体のガイダンスとシラバスの説明,成績評価について
  • 統計計算環境Rの紹介
  • 統計曼荼羅
2)2013年10月17日配布:統計学概論統計学ブックガイド
 → 質疑応答
  • 統計学概論(統計的なものの考え方・素朴統計学・データ可視化)
  • 観察データと統計モデルとの関係
  • パラメトリック統計学への道のり(位置パラメーターと分散パラメーター)→ parametarization.R(スクリプト)|RPubs出力
  • 統計学ブックガイド(どんな統計本を手にしてはいけないか)
3)2013年10月24日配布:データとモデル確率変数と確率分布|参考:確率分布曼荼羅
 → 質疑応答
  • 記述統計学と推測統計学のちがい
  • 偏差・平方和・分散の導出と自由度の概念
  • 分散パラメーターと分散推定値(不偏性のシミュレーション)→ unbiased.R(スクリプト)|RPubs出力
  • 正規分布を中心とする確率分布について
  • 正規分布の諸性質(線形変換での正規性保存・関連確率分布の導出・中心極限定理)→ 中心極限定理デモ:clt.R(スクリプト)|RPubs出力
4)2013年10月31日配布:実験計画法(1)
 → 質疑応答
  • 実験計画法の“家訓”(反復実施・無作為化・局所管理)
  • 実験処理区のレイアウトと線形統計モデルの構築
  • 完全無作為化法のもとでのデータ解析の手順
  • 偏差・平方和・平均平方(分散)・ \( F \) 値
5)2013年11月7日[休講]※第176回農林交流センターワークショップ〈分子系統学の理論と実習〉主宰のため.
6)2013年11月14日配布:実験計画法(2)
 → 質疑応答
  • 偏差の分割と線形統計モデルの直感的理解→ 偏差分割デモ:deviation.R(スクリプト)|RPubs出力
  • 実験計画法での仮説検定の考え方について
  • 乱塊法のもとでの線形統計モデルとデータ処理の手順
  • 複数の要因を含む実験計画と要因間の交互作用について
  • 二要因乱塊法とその応用
7)2013年11月28日:線形モデルと一般化線形モデル
 → 質疑応答
  • 分散分析から多重比較へ
  • 線形統計モデル
  • モデル選択論:尤度とAIC
8)2013年12月5日配布:変量間の共変動と相関
 → 質疑応答
  • 一般化線形統計モデル
  • 二つの変量間の共分散と相関係数
9)2013年12月12日:多変量解析概論
 → 質疑応答
  • 二つの変量間の共分散と相関係数(続) → 二変量正規分布描画デモ:3dplot.R(スクリプト)|RPubs
  • 多変量解析の野望と挫折
10)2013年12月19日配布:リサンプリング統計手法
 → 質疑応答
  • 計算機統計学とリサンプリング手法
  • ブーツストラップ,ジャックナイフ,モンテ・カルロ → リサンプリング法デモ: resampling.R(スクリプト)
11)2014年1月9日配布:ベイズ統計モデリング
 → 質疑応答
  • ベイズ統計学の考え方
12)2014年1月16日配布:生物系統学への応用文献リスト
  • ベイジアンMCMCとベイズ的推論
  • 生物の分類と系統
14)2014年1月23日配布
 → 質疑応答
  • 系統樹を推定するための方法論
15)2014年1月30日(補講)配布:形態測定学への応用
 →補講は5限522教室(いつもと同じです)  → 質疑応答 new
  • かたちを測る数学と統計学
  • 幾何学的形態測定学の理論と応用
○レポート
  • レポート課題(2014年1月16日出題)※2013年2月7日(金)提出締切※

※講義時間は毎週木曜第5限(16:30〜18:00),教室は駒場キャンパス5号館522教室です.

※講義中にデモンストレーションで用いたRスクリプトを公開します.リンク先のスクリプト・ファイル(***.R)をダウンロードしてください.日本語表示はUnicode(UTF-8)ですので文字化けする場合は文字コードを変更してください.なお,Rのインストールなどについての情報はこのページの前半に示しました.

※本講義に関する質問回答と情報提供にはツイッターのハッシュタグ #TodaiStat を用います.受講生はツイッターのアカウント取得の上,三中信宏( @leeswijzer )のフォローをしてください.



・宮崎県総合農業試験場主催・数理統計研修(基礎編)配布資料:2013年12月2日(月)〜3日(火)
1)統計学概論
2)実験計画法
3)〈R〉でラクラク分散分析
4)〈R〉による統計解析

タイムテーブル(会場:宮崎県総合農業試験場)
  • 10月15日(月)
    • 09:30〜10:30 統計学概論(統計学的な「ものの見方」)
    • 10:45〜12:00 R/Rcmdr/Rstudioのインストールとパッケージ動作確認
    • 13:00〜14:30 データ解析は視覚化に始まり視覚化に終わる
    • 14:45〜16:00 確率分布とパラメトリック統計学
  • 10月16日(火)
    • 09:30〜10:30 確率分布とパラメトリック統計学
    • 10:45〜12:00 データのばらつき:偏差・平方和・分散
    • 13:00〜15:00 実験計画法(1):完全無作為化法
    • 15:15〜16:00 質疑・討論
※上記のタイムテーブルはおおよその予定で,講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.講義スライドならびに実習で用いるRスクリプトは別途ファイルで配布しますので,1GB以上のUSBメモリーを持参してください.


・宮崎県総合農業試験場主催・数理統計研修(応用編)配布資料:2013年12月9日(月)〜10日(水)
1)多変量解析概論
2)一般化線形モデル
3)〈R〉で「ブーツ」:計算機統計学への密やかなお誘い

タイムテーブル(場所:宮崎県総合農業試験場)
  • 12月9日(月)
    • 09:30〜10:30 実験計画法(2):乱塊法とその応用
    • 10:45〜12:00 統計モデルとは何か:Rを用いた実習
    • 13:00〜14:30 モデル選択論と一般化線形モデル
    • 14:45〜16:00 Rを用いた統計的データ分析の演習
  • 12月10日(火)
    • 09:30〜10:30 変量間の共分散
    • 10:45〜12:00 多変量解析の技法
    • 13:00〜14:30 計算統計学(リサンプリング法を中心に)
    • 14:45〜16:00 質疑・討論


・大分県農林水産研究指導センター主催「数理統計研修(基礎編)」テキスト:2013年11月25日(月)〜27日(火)
1)統計学概論
2)統計学お薦め本リスト
3)Rによる統計解析
4)実験計画法
5)Rによる分散分析

タイムテーブル(会場:大分県庁OAプラザ,大分市)
  • 11月25日(月)
    • 09:30〜10:30 統計学概論(統計学的思考と科学的推論)
    • 10:45〜12:00 R/Rcmdr/RStudioのインストールと動作確認
    • 13:00〜14:30 データのばらつき:偏差・平方和・分散
    • 14:45〜16:30 確率分布とパラメトリック統計学
  • 11月26日(火)
    • 09:30〜10:30 実験計画法(1):完全無作為化法
    • 10:45〜12:00 実験計画法演習(1)
    • 13:00〜14:30 実験計画法(2):乱塊法とその応用
    • 14:45〜16:30 実験計画法演習(2)
  • 11月27日(水)
    • 09:30〜10:30 統計モデルとは何か
    • 10:45〜12:00 統計モデル演習
    • 13:00〜14:30 変量間の共分散と相関
    • 14:45〜16:30 質疑討論

・農研機構主催「数理統計短期集合研修(基礎編+応用編)」テキスト:2013年11月11日〜22日(つくば)

・首都大学東京大学院理工学研究科「生命科学特論」配布資料:2013年9月20日(金)〜21日(土)/27日(金)〜28日(土)
1)統計学概論
2)実験計画法
3)〈R〉でラクラク分散分析
4)〈R〉による統計解析
5)多変量解析概論
6)一般化線形モデル
7)〈R〉で「ブーツ」:計算機統計学への密やかなお誘い
8)統計学ブックガイド

タイムテーブル(予定)
  • 9月20日(金)
    • 10:30〜12:00 統計学概論(統計学的思考と科学的推論)
    • 13:30〜14:45 R/Rcmdr/RStudio と関連パッケージの動作確認
    • 15:00〜16:30 データを「目で見る」こと;正規分布の帝国
  • 9月21日(土)
    • 10:30〜12:00 「ばらつき」ありき:偏差・平方和・分散
    • 13:30〜14:45 実験計画法と分散分析の線形モデル
    • 15:00〜16:30 パラメトリック確率分布をRで描画する
  • 9月27日(金)
    • 10:30〜12:00 平均値の差のリクツと陥穽;Rで多重比較する
    • 13:30〜14:45 共分散と相関係数;多変量確率分布をRで描く
    • 15:00〜16:30 一般化線形モデルへの道とモデル選択論
  • 9月28日(土)
    • 10:30〜12:00 Rでリサンプリング統計学を体験する
    • 13:30〜14:45 ベイズ統計学の門を叩く
    • 15:00〜16:00 ベイジアンMCMCに手を染めてみる
    • 16:00〜16:30 最後は質問タイムです
※上記のタイムテーブルはおおよその予定で,講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.講義スライドならびに実習で用いるRスクリプトは別途ファイルで配布しますので,1GB以上のUSBメモリーを持参してください.


・横浜国立大学大学院環境情報学府「統計学&データ解析道場」配布資料:2013年9月9日(月)〜11日(水)
1)統計学概論
2)実験計画法
3)〈R〉でラクラク分散分析
4)〈R〉による統計解析
5)多変量解析概論
6)一般化線形モデル
7)〈R〉で「ブーツ」:計算機統計学への密やかなお誘い
8)統計学ブックガイド

タイムテーブル(場所:情報基盤センター・パソコン教室A)
  • 9月9日(月)
    • 09:30〜10:45 統計学概論(統計学的な「ものの見方」)
    • 10:45〜12:00 R/Rcmdr/RStudioのインストールとパッケージ動作確認
    • 13:30〜15:00 データ解析は視覚化に始まり視覚化に終わる
    • 15:30〜17:00 Rcmdrを用いた統計グラフィクスの実習
  • 9月10日(火)
    • 09:30〜10:45 確率変数・確率分布とパラメトリック統計理論
    • 10:45〜12:00 はじめに「ばらつき」ありき:偏差・平方和・分散
    • 13:30〜15:00 実験計画法と分散分析;多重比較;線形モデル
    • 15:30〜17:00 共分散と相関係数;多変量パラメトリック分布
  • 9月11日(水)
    • 09:30〜10:45 Rプログラミングの実習
    • 10:45〜12:00 モデル選択論;一般化線形モデルへの拡張
    • 13:30〜15:00 リサンプリング計算統計学と多変量解析
    • 15:30〜17:00 いやでもベイジアン;最後は質問タイムです
※上記のタイムテーブルはおおよその予定で,講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.講義スライドならびに実習で用いるRスクリプトは別途ファイルで配布しますので,1GB以上のUSBメモリーを持参してください.


2013年度・東京農業大学応用生物科学部生物応用化学科「実験データー解析概論」ハンドアウト
1)2013年4月12日配布:ガイダンス統計曼荼羅
  • 講義全体のガイダンスとシラバスの説明,成績評価について
  • 統計曼荼羅
2)2013年4月19日配布:統計学概論統計学ブックガイド
  • 統計学概論(統計的なものの考え方・素朴統計学・データ可視化)
  • 統計学ブックガイド(どんな統計本を手にしてはいけないか)
3)2013年4月26日配布:確率変数と確率分布
  • 観察データと統計モデルとの関係
  • パラメトリック統計学への道のり(位置パラメーターと分散パラメーター)→ parametarization.R(スクリプト)
4)2013年5月10日配布:分散の推定と正規分布族|参考:確率分布曼荼羅
  • 偏差・平方和・分散の導出と自由度の概念
  • 記述統計学と推測統計学のちがい
  • 分散パラメーターと分散推定値(不偏性のシミュレーション)→ unbiased.R(スクリプト)
  • 正規分布を中心とする確率分布について
  • 正規分布の諸性質(線形変換での正規性保存・関連確率分布の導出・中心極限定理)→ 中心極限定理デモ:clt.R(スクリプト)
5)2013年5月17日配布:実験計画法(1)
  • 実験計画法の“家訓”(反復実施・無作為化・局所管理)
  • 実験処理区のレイアウトと線形統計モデルの構築
  • 完全無作為化法のもとでのデータ解析の手順
  • 偏差・平方和・平均平方(分散)・ \( F \) 値
6)2013年5月24日:実験計画法(2)
  • 偏差の分割と線形統計モデルの直感的理解→ 偏差分割デモ:deviation.R(スクリプト)
  • 実験計画法での仮説検定の考え方について
  • 乱塊法のもとでの線形統計モデルとデータ処理の手順
7)2013年5月31日配布:実験計画法(3)
  • 複数の要因を含む実験計画と要因間の交互作用について
  • 二要因乱塊法とその応用
  • 分散分析から多重比較へ
8)2013年6月7日配布:線形モデルと一般化線形モデル
  • 実験計画法と線形統計モデル
9)2013年6月14日:モデル選択論
  • 尤度とAIC
10)2013年6月21日配布:変量間の共変動と相関
  • 二つの変量間の共分散と相関係数 → 二変量正規分布描画デモ:3dplot.R(スクリプト)
11)2013年6月28日配布:多変量解析概論
  • 多変量解析の野望と挫折
  • 計算機統計学とリサンプリング手法
12)2013年7月5日配布:リサンプリング統計手法
  • ブーツストラップ,ジャックナイフ,モンテ・カルロ → リサンプリング法デモ:resampling.R(スクリプト)
13)2013年7月12日配布:生物系統学への応用
  • 生物の分類と系統
  • 系統樹を推定するためのロジック
14)2013年7月19日配布:生物系統学文献リスト
  • 系統推定法と統計学との関わり
  • 分子進化と分子系統
15)2013年7月26日:ベイズ統計モデリング
  • ベイズ統計学の考え方
  • 総括:統計的データ解析の「心」とは?
  1. レポート課題(1)(2013年6月28日出題)※2013年7月12日(金)提出締切※
  2. レポート課題(2)(2013年7月26日出題)※2013年8月10日(土)提出締切※

※講義時間は毎週金曜第2限(10:40〜12:10),世田谷キャンパス(教室は講義棟431号室

※講義中にデモンストレーションで用いたRスクリプトを公開します.リンク先のスクリプト・ファイル(***.R)をダウンロードしてください.なお,Rのインストールなどについての情報はこのページの前半に示しました.

※本講義に関する質問回答と情報提供にはツイッターのハッシュタグ #NodaiStat を用います.受講生はツイッターのアカウント取得の上,三中信宏( @leeswijzer )をフォローしてください.



2012年度・東京大学理学部冬学期「生物統計学」ハンドアウト(pdf)
1)2012年10月11日配布:ガイダンス統計曼荼羅
  • 講義全体のガイダンスとシラバスの説明,成績評価について
  • 統計計算環境Rの紹介
  • 統計曼荼羅
2)2012年10月18日配布:統計学概論統計学ブックガイド
  • 統計学概論(統計的なものの考え方・素朴統計学・データ可視化)
  • 統計学ブックガイド(どんな統計本を手にしてはいけないか)
3)2012年10月25日配布:確率変数と確率分布
  • 観察データと統計モデルとの関係
  • パラメトリック統計学への道のり(位置パラメーターと分散パラメーター)→ parametarization.R(スクリプト)
  • 偏差・平方和・分散の導出と自由度の概念
4)2012年11月1日[休講]※分子系統学ワークショップ主宰のため.
5)2012年11月8日配布:分散の推定と正規分布族|参考:確率分布曼荼羅
  • 記述統計学と推測統計学のちがい
  • 分散パラメーターと分散推定値(不偏性のシミュレーション)→ unbiased.R(スクリプト)
  • 正規分布を中心とする確率分布について
  • 正規分布の諸性質(線形変換での正規性保存・関連確率分布の導出・中心極限定理)→ 中心極限定理デモ:clt.R(スクリプト)
6)2012年11月15日配布:実験計画法(1)
  • 実験計画法の“家訓”(反復実施・無作為化・局所管理)
  • 実験処理区のレイアウトと線形統計モデルの構築
  • 完全無作為化法のもとでのデータ解析の手順
  • 偏差・平方和・平均平方(分散)・ \( F \) 値
7)2012年11月29日配布:実験計画法(2)
  • 偏差の分割と線形統計モデルの直感的理解→ 偏差分割デモ:deviation.R(スクリプト)
  • 実験計画法での仮説検定の考え方について
  • 乱塊法のもとでの線形統計モデルとデータ処理の手順
8)2012年12月6日配布:多重比較
  • 複数の要因を含む実験計画と要因間の交互作用について
  • 二要因乱塊法とその応用
  • 分散分析から多重比較へ
9)2012年12月13日配布:線形モデルと一般化線形モデル
  • 線形統計モデル
  • モデル選択論:尤度とAIC
  • 一般化線形統計モデル
10)2012年12月20日配布:変量間の共変動と相関多変量解析概論
  • 二つの変量間の共分散と相関係数 → 二変量正規分布描画デモ:3dplot.R(スクリプト)
  • 多変量解析の野望と挫折
11)2013年1月10日配布:リサンプリング統計手法
  • 計算機統計学とリサンプリング手法
  • ブーツストラップ,ジャックナイフ,モンテ・カルロ → リサンプリング法デモ: resampling.R(スクリプト)
12)2013年1月17日配布:ベイズ統計モデリング
  • ベイズ統計学の考え方
  • ベイジアンMCMCとベイズ的推論
13)2013年1月24日配布:生物系統学への応用文献リスト
  • 生物の分類と系統
  • 系統樹を推定するための方法論
14)2013年1月31日(補講)配布:形態測定学への応用
  • かたちを測る数学と統計学
  • 幾何学的形態測定学の理論と応用
○レポート
  • レポート課題(2013年1月17日出題)※2013年2月8日(金)提出締切※ new

※講義時間は毎週木曜第5限(16:30〜18:00),教室は514教室(駒場キャンパス).

※講義中にデモンストレーションで用いたRスクリプトを公開します.リンク先のスクリプト・ファイル(***.R)をダウンロードしてください.日本語表示はUnicode(UTF-8)ですので文字化けする場合は文字コードを変更してください.なお,Rのインストールなどについての情報はこのページの前半に示しました.

※本講義に関する質問回答と情報提供にはツイッターのハッシュタグ #TodaiStat を用います.受講生はツイッターのアカウント取得の上,三中信宏( @leeswijzer )のフォローをしてください.



・農林水産省食料産業局「特性審査のための統計分析に関する勉強会」講義:2013年2月15日(金)15:00〜17:00(農林水産省食料産業局第4・第5会議室)

・宮崎県総合農業試験場主催・数理統計研修(応用編)配布資料:2012年12月3日(月)〜4日(水)
1)多変量解析概論
2)一般化線形モデル
3)〈R〉で「ブーツ」:計算機統計学への密やかなお誘い

タイムテーブル(場所:宮崎県総合農業試験場)
  • 12月3日(月)
    • 09:30〜10:30 統計モデルとは何か
    • 10:45〜12:00 Rを用いて線形統計モデルを立てる
    • 13:00〜14:30 線形モデルの一般化
    • 14:45〜16:00 モデル選択論
    • 16:00〜17:00 Rを用いた統計的データ分析の実際
  • 12月4日(火)
    • 09:30〜10:30 変量間の共分散
    • 10:45〜12:00 多変量解析の技法
    • 13:00〜14:30 計算統計学(リサンプリング法を中心に)
    • 14:45〜16:00 質疑・討論


・大分県農林水産研究指導センター主催「数理統計研修」テキスト:2012年11月26日〜28日(大分県庁OAプラザ,大分市)
1)統計学概論
2)統計学お薦め本リスト
3)Rによる統計解析
4)実験計画法
5)Rによる分散分析

タイムテーブル(予定)
  • 11月26日(月)
    • 09:30〜10:30 統計学概論(統計学的思考と科学的推論)
    • 10:45〜12:00 R/Rcmdr/RStudioのインストールと動作確認
    • 13:00〜14:30 確率分布とパラメトリック統計学
    • 14:45〜16:30 データのばらつき:偏差・平方和・分散
  • 11月27日(火)
    • 09:30〜10:30 実験計画法(1):完全無作為化法
    • 10:45〜12:00 実験計画法演習(1)
    • 13:00〜14:30 実験計画法(2):乱塊法とその応用
    • 14:45〜16:30 実験計画法演習(2)
  • 11月28日(水)
    • 09:30〜10:30 統計モデルとは何か
    • 10:45〜12:00 統計モデル演習
    • 13:00〜14:30 変量間の共分散と相関
    • 14:45〜16:30 質疑討論

・農研機構主催「数理統計短期集合研修(基礎編+応用編)」テキスト:2012年11月5日〜16日(つくば)

・宮崎県総合農業試験場主催・数理統計研修(基礎編)配布資料:2012年10月15日(月)〜16日(水)
1)統計学概論
2)実験計画法
3)〈R〉でラクラク分散分析
4)〈R〉による統計解析

タイムテーブル(場所:宮崎県総合農業試験場)
  • 10月15日(月)
    • 09:30〜10:30 統計学概論(統計学的な「ものの見方」)
    • 10:45〜12:00 R/Rcmdr/Rstudioのインストールとパッケージ動作確認
    • 13:00〜14:30 データ解析は視覚化に始まり視覚化に終わる
    • 14:45〜16:00 Rcmdrを用いた統計グラフィクスの実習
    • 16:00〜17:00 確率分布とパラメトリック統計学
  • 10月16日(火)
    • 09:30〜10:30 データのばらつき:偏差・平方和・分散
    • 10:45〜12:00 実験計画法(1):完全無作為化法
    • 13:00〜15:00 実験計画法(2):乱塊法とその応用
    • 15:15〜16:00 質疑・討論
※上記のタイムテーブルはおおよその予定で,講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.講義スライドならびに実習で用いるRスクリプトは別途ファイルで配布しますので,1GB以上のUSBメモリーを持参してください.


・首都大学東京大学院理工学研究科「生命科学特論」配布資料:2012年9月21日(金)〜22日(土)/28日(金)〜29日(土)
1)統計学概論
2)実験計画法
3)〈R〉でラクラク分散分析
4)〈R〉による統計解析
5)多変量解析概論
6)一般化線形モデル
7)〈R〉で「ブーツ」:計算機統計学への密やかなお誘い

タイムテーブル(予定)
  • 9月21日(金)
    • 10:30〜12:00 統計学概論(統計学的思考と科学的推論)
    • 13:00〜14:15 R/Rcmdr/RStudio と関連パッケージの動作確認
    • 14:30〜15:45 データを「目で見る」こと;正規分布の帝国
    • 16:00〜17:00 「ばらつき」ありき:偏差・平方和・分散
  • 9月22日(土)
    • 10:30〜12:00 実験計画法と分散分析の線形モデル
    • 13:00〜14:00 パラメトリック確率分布をRで描画する
  • 9月28日(金)
    • 10:30〜12:00 平均値の差のリクツと陥穽;Rで多重比較する
    • 13:30〜14:45 共分散と相関係数;多変量確率分布をRで描く
    • 15:00〜16:30 一般化線形モデルへの道とモデル選択論
  • 9月29日(土)
    • 10:30〜12:00 Rでリサンプリング統計学を体験する
    • 13:30〜14:45 ベイズ統計学の門を叩く
    • 15:00〜16:00 ベイジアンMCMCに手を染めてみる
    • 16:00〜16:30 最後は質問タイムです
※上記のタイムテーブルはおおよその予定で,講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.講義スライドならびに実習で用いるRスクリプトは別途ファイルで配布しますので,1GB以上のUSBメモリーを持参してください.


2012年度・東京農業大学応用生物科学部生物応用化学科「実験データー解析概論」ハンドアウト
1)2012年4月13日[休講]※慶応義塾大学への出講のため
2)2012年4月20日配布:ガイダンス統計曼荼羅
  • 講義全体のガイダンスとシラバスの説明,成績評価について
  • 統計曼荼羅
3)2012年4月27日配布:統計学概論統計学ブックガイド
  • 統計学概論(統計的なものの考え方・素朴統計学・データ可視化)
  • 統計学ブックガイド(どんな統計本を手にしてはいけないか)
4)2012年5月11日配布:確率変数と確率分布
  • 観察データと統計モデルとの関係
  • パラメトリック統計学への道のり(位置パラメーターと分散パラメーター)→ parametarization.R(スクリプト)
  • 偏差・平方和・分散の導出と自由度の概念
5)2012年5月18日配布:分散の推定と正規分布族|参考:確率分布曼荼羅
  • 記述統計学と推測統計学のちがい
  • 分散パラメーターと分散推定値(不偏性のシミュレーション)→ unbiased.R(スクリプト)
  • 正規分布を中心とする確率分布について
  • 正規分布の諸性質(線形変換での正規性保存・関連確率分布の導出・中心極限定理)→ 中心極限定理デモ:clt.R(スクリプト)
6)2012年5月25日配布:実験計画法(1)
  • 実験計画法の“家訓”(反復実施・無作為化・局所管理)
  • 実験処理区のレイアウトと線形統計モデルの構築
  • 完全無作為化法のもとでのデータ解析の手順
  • 偏差・平方和・平均平方(分散)・ \( F \) 値
7)2012年6月1日
  • 偏差の分割と線形統計モデルの直感的理解→ 偏差分割デモ:deviation.R(スクリプト)
  • 実験計画法での仮説検定の考え方について
  • 乱塊法のもとでの線形統計モデルとデータ処理の手順
8)2012年6月8日配布:実験計画法(2)
  • 複数の要因を含む実験計画と要因間の交互作用について
  • 二要因乱塊法とその応用
  • 分散分析から多重比較へ
9)2012年6月15日配布:線形モデルと一般化線形モデル
  • 実験計画法と線形統計モデル
10)2012年6月22日
  • モデル選択論:尤度とAIC
  • 一般化線形統計モデル
11)2012年6月29日配布:変量間の共変動と相関
  • 二つの変量間の共分散と相関係数 → 二変量正規分布描画デモ:3dplot.R(スクリプト)
12)2012年7月6日配布:多変量解析概論
  • 多変量解析の野望と挫折
  • 計算機統計学とリサンプリング手法
13)2012年7月13日配布:リサンプリング統計手法
  • ブーツストラップ,ジャックナイフ,モンテ・カルロ → リサンプリング法デモ:resampling.R(スクリプト)
補講)2012年7月19日(木)13:00〜14:30[3限],442教室:生物系統学への応用
  • 生物の分類と系統
  • 系統樹を推定するためのロジック
14)2012年7月20日配布:生物系統学文献リスト
  • 系統推定法と統計学との関わり
  • 分子進化と分子系統
15)2012年7月27日:ベイズ統計モデリング
  • ベイズ統計学の考え方
  • 総括:統計的データ解析の「心」とは?

※講義時間は毎週金曜第2限(10:40〜12:10),世田谷キャンパス(教室は講義棟431号室

※講義中にデモンストレーションで用いたRスクリプトを公開します.リンク先のスクリプト・ファイル(***.R)をダウンロードしてください.なお,Rのインストールなどについての情報はこのページの前半に示しました.

※本講義に関する質問回答と情報提供にはツイッターのハッシュタグ #NodaiStat を用います.受講生はツイッターのアカウント取得の上,三中信宏( @leeswijzer )をフォローしてください.



日本農業気象学会2012年全国大会・「若手の会」自由集会〈統計ソフトウェア R 入門〉
【日時】2012年3月14日(水)17:30〜19:30
【場所】大会 C 会場(大阪府立大学,堺) → 大会サイト若手の会サイト

講演:三中信宏「Rが拓く新しい統計的データ解析への道」配布資料

2011年度・東京大学理学部冬学期「生物統計学」ハンドアウト(pdf)
1)2011年10月6日配布:ガイダンス統計曼荼羅統計学ブックガイド(html)
  • 講義全体のガイダンスとシラバスの説明,成績評価について
  • 統計計算環境Rの紹介
  • 統計曼荼羅
2)2011年10月13日配布:統計学概論
  • 統計学概論(統計的なものの考え方・素朴統計学・データ可視化)
  • 統計学ブックガイド(どんな統計本を手にしてはいけないか)
3)2011年10月20日配布:確率変数と確率分布
  • 観察データと統計モデルとの関係
  • パラメトリック統計学への道のり(位置パラメーターと分散パラメーター)→ parametarization.R(スクリプト)
  • 偏差・平方和・分散の導出と自由度の概念
4)2011年10月27日[休講]※分子系統学ワークショップ主宰のため.
5)2011年11月10日配布:分散の推定と正規分布族|参考:確率分布曼荼羅
  • 記述統計学と推測統計学のちがい
  • 分散パラメーターと分散推定値(不偏性のシミュレーション)→ unbiased.R(スクリプト)
  • 正規分布を中心とする確率分布について
  • 正規分布の諸性質(線形変換での正規性保存・関連確率分布の導出・中心極限定理)→ 中心極限定理デモ:clt.R(スクリプト)
6)2011年11月17日配布:実験計画法(1)
  • 実験計画法の“家訓”(反復実施・無作為化・局所管理)
  • 実験処理区のレイアウトと線形統計モデルの構築
  • 完全無作為化法のもとでのデータ解析の手順
  • 偏差・平方和・平均平方(分散)・ \( F \) 値
7)2011年12月1日配布:実験計画法(2)
  • 偏差の分割と線形統計モデルの直感的理解→ 偏差分割デモ:deviation.R(スクリプト)
  • 実験計画法での仮説検定の考え方について
  • 乱塊法のもとでの線形統計モデルとデータ処理の手順
8)2011年12月8日配布:多重比較
  • 複数の要因を含む実験計画と要因間の交互作用について
  • 二要因乱塊法とその応用
  • 分散分析から多重比較へ
9)2011年12月15日配布:線形モデルと一般化線形モデル
  • 線形統計モデル
  • 一般化線形統計モデル
  • モデル選択論:尤度とAIC
10)2011年12月22日配布:変量間の共変動と相関
  • 二つの変量間の共分散と相関係数 → 二変量正規分布描画デモ:3dplot.R(スクリプト)
11)2012年1月5日配布:多変量解析概論
  • 多変量解析の野望と挫折
12)2012年1月12日配布:リサンプリング統計手法
  • 計算機統計学とリサンプリング手法
  • ブーツストラップ,ジャックナイフ,モンテ・カルロ → リサンプリング法デモ:resampling.R(スクリプト)
13)2012年1月19日配布:ベイズ統計モデリング
  • ベイズ統計学の考え方
  • ベイジアンMCMCとベイズ的推論
14)2012年1月26日配布:生物系統学への応用文献リスト
  • 生物の分類と系統
  • 系統樹を推定するための方法論
15)2012年1月31日(補講:4限&5限)配布:形態測定学への応用
  • かたちを測る数学と統計学
  • 幾何学的形態測定学の理論と応用
○レポート
  • レポート課題(2012年1月19日出題)※2012年2月2日(木)提出締切※

※講義時間は毎週木曜第5限(16:30〜18:00),教室は理学部旧1号館350号(本郷キャンパス).

※講義中にデモンストレーションで用いたRスクリプトを公開します.リンク先のスクリプト・ファイル(***.R)をダウンロードしてください.日本語表示はUnicode(UTF-8)ですので文字化けする場合は文字コードを変更してください.なお,Rのインストールなどについての情報はこのページの前半に示しました.

※本講義に関する質問回答と情報提供にはツイッターのハッシュタグ #TodaiStat を用います.受講生はツイッターのアカウント取得の上,三中信宏( @leeswijzer )のフォローをしてください.



・大分県農林水産研究指導センター主催「数理統計基礎研修(応用編)」テキスト:2011年12月5日〜6日(大分県庁OAプラザ,大分市)
1)Rによる分散分析
2)多変量解析概論
3)計算機統計学入門

タイムテーブル(予定)
  • 12月5日(月)
    • 09:30〜10:30 統計モデルとは何か
    • 10:45〜12:00 Rを用いて線形統計モデルを立てる
    • 13:00〜14:30 線形モデルの一般化
    • 14:45〜16:30 モデル選択論
  • 12月6日(火)
    • 09:30〜10:30 変量間の共分散
    • 10:45〜12:00 多変量解析の技法
    • 13:00〜14:30 計算統計学(リサンプリング法を中心に)
    • 14:45〜16:30 Rを用いた統計的データ分析の実際

・大分県農林水産研究指導センター主催「数理統計基礎研修(基礎編)」テキスト:2011年11月21日〜22日(大分県庁OAプラザ,大分市)
1)統計学概論
2)統計学お薦め本リスト
3)Rによる統計解析
4)実験計画法

タイムテーブル(予定)
  • 11月21日(月)
    • 13:00〜14:30 統計学概論(統計学的思考と科学的推論)
    • 14:45〜16:30 R/Rcmdrと関連パッケージの動作確認
  • 11月22日(火)
    • 09:30〜10:30 確率分布とパラメトリック統計学
    • 10:45〜12:00 データのばらつき:偏差・平方和・分散
    • 13:00〜14:30 実験計画法(1):完全無作為化法
    • 14:45〜16:30 実験計画法(2):乱塊法とその応用

・農研機構主催「数理統計短期集合研修(基礎編+応用編)」テキスト:2011年11月7日〜18日(つくば)

・首都大学東京大学院理工学研究科「生命科学特論」配布資料:2011年9月16日(金)〜17日(土)/23日(金)〜24日(土)
1)統計学概論
2)実験計画法
3)〈R〉でラクラク分散分析
4)〈R〉による統計解析
5)多変量解析概論
6)一般化線形モデル
7)〈R〉で「ブーツ」:計算機統計学への密やかなお誘い

タイムテーブル(予定)
  • 9月16日(金)
    • 10:30〜12:00 統計学概論(統計学的思考と科学的推論)
    • 13:30〜14:45 R/Rcmdrと関連パッケージの動作確認
    • 15:00〜16:30 データを「目で見る」こと;正規分布の帝国
  • 9月17日(土)
    • 10:30〜12:00 「ばらつき」ありき:偏差・平方和・分散
    • 13:30〜14:45 実験計画法と分散分析の線形モデル
    • 15:00〜16:30 パラメトリック確率分布をRで描画する
  • 9月23日(金)
    • 10:30〜12:00 平均値の差のリクツと陥穽;Rで多重比較する
    • 13:30〜14:45 共分散と相関係数;多変量確率分布をRで描く
    • 15:00〜16:30 一般化線形モデルへの道とモデル選択論
  • 9月24日(土)
    • 10:30〜12:00 Rでリサンプリング統計学を体験する
    • 13:30〜14:45 ベイズ統計学の門を叩く
    • 15:00〜16:00 ベイジアンMCMCに手を染めてみる
    • 16:00〜16:30 最後は質問タイムです
※上記のタイムテーブルはおおよその予定で,講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.講義スライドならびに実習で用いるRスクリプトは別途ファイルで配布しますので,1GB以上のUSBメモリーを持参してください.


・横浜国立大学大学院環境情報学府GCOE特設講義「統計学&データ解析道場」配布資料:2011年9月26日(月)〜28日(水)
1)統計学概論
2)実験計画法
3)〈R〉でラクラク分散分析
4)〈R〉による統計解析
5)多変量解析概論
6)一般化線形モデル
7)〈R〉で「ブーツ」:計算機統計学への密やかなお誘い

タイムテーブル(場所:情報基盤センター・パソコン教室A)
  • 9月26日(月)
    • 09:30〜10:45 統計学概論(統計学的な「ものの見方」)
    • 10:45〜12:00 R/Rcmdrのインストールとパッケージ動作確認
    • 13:30〜15:00 データ解析は視覚化に始まり視覚化に終わる
    • 15:30〜17:00 Rcmdrを用いた統計グラフィクスの実習
  • 9月27日(火)
    • 09:30〜10:45 確率変数・確率分布とパラメトリック統計理論
    • 10:45〜12:00 はじめに「ばらつき」ありき:偏差・平方和・分散
    • 13:30〜15:00 実験計画法と分散分析;多重比較;線形モデル
    • 15:30〜17:00 共分散と相関係数;多変量パラメトリック分布
  • 9月28日(水)
    • 09:30〜10:45 Rcmdrを用いたRプログラミングの実習
    • 10:45〜12:00 モデル選択論;一般化線形モデルへの拡張
    • 13:30〜15:00 リサンプリング計算統計学と多変量解析
    • 15:30〜17:00 いやでもベイジアン;最後は質問タイムです
※上記のタイムテーブルはおおよその予定で,講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.講義スライドならびに実習で用いるRスクリプトは別途ファイルで配布しますので,1GB以上のUSBメモリーを持参してください.


2011年度・東京農業大学応用生物科学部生物応用化学科「実験データー解析概論」ハンドアウト
1)2011年4月22日配布:ガイダンス統計曼荼羅
  • 講義全体のガイダンスとシラバスの説明,成績評価について
  • 統計曼荼羅
2)2011年5月6日配布:統計学概論統計学ブックガイド
  • 統計学概論(統計的なものの考え方・素朴統計学・データ可視化)
  • 統計学ブックガイド(どんな統計本を手にしてはいけないか)
3)2011年5月13日配布:確率変数と確率分布
  • 観察データと統計モデルとの関係
  • パラメトリック統計学への道のり(位置パラメーターと分散パラメーター)→ parametarization.R(スクリプト)
  • 偏差・平方和・分散の導出と自由度の概念
4)2011年5月20日配布:分散の推定と正規分布族|参考:確率分布曼荼羅
  • 記述統計学と推測統計学のちがい
  • 分散パラメーターと分散推定値(不偏性のシミュレーション)→ unbiased.R(スクリプト)
  • 正規分布を中心とする確率分布について
  • 正規分布の諸性質(線形変換での正規性保存・関連確率分布の導出・中心極限定理)→ 中心極限定理デモ:clt.R(スクリプト)
5)2011年5月27日配布:実験計画法(1)
  • 実験計画法の“家訓”(反復実施・無作為化・局所管理)
  • 実験処理区のレイアウトと線形統計モデルの構築
  • 完全無作為化法のもとでのデータ解析の手順
  • 偏差・平方和・平均平方(分散)・ \( F \) 値
6)2011年6月3日配布:実験計画法(2)
  • 偏差の分割と線形統計モデルの直感的理解→ 偏差分割デモ:deviation.R(スクリプト)
  • 実験計画法での仮説検定の考え方について
  • 乱塊法のもとでの線形統計モデルとデータ処理の手順
7)2011年6月10日配布:線形モデルと一般化線形モデル
  • 複数の要因を含む実験計画と要因間の交互作用について
  • 二要因乱塊法とその応用
  • 分散分析から多重比較へ
8)2011年6月17日配布:変量間の共変動と相関
  • 実験計画法と線形統計モデル
  • モデル選択論:尤度とAIC
9)2011年6月24日配布:多変量解析概論
  • 一般化線形統計モデル
  • 二つの変量間の共分散と相関係数 → 二変量正規分布描画デモ:3dplot.R(スクリプト)
10)2011年7月1日配布:リサンプリング統計手法
  • 多変量解析の野望と挫折
11)2011年7月8日配布:ベイズ統計モデリング
  • 計算機統計学とリサンプリング手法
  • ブーツストラップ,ジャックナイフ,モンテ・カルロ → リサンプリング法デモ:resampling.R(スクリプト)
12)2011年7月15日配布:生物系統学への応用
  • 生物の分類と系統
  • 系統樹を推定するためのロジック
13)2011年7月15日(補講)配布:文献リスト※五限・112教室
  • さまざまな系統推定法
  • 分子進化と分子系統
14)2011年7月22日
  • ベイズ統計学の考え方
  • 総括:統計的データ解析の「心」とは?
15)2011年7月29日[休講]※ブラジル出張のため

※講義時間は毎週金曜第2限(10:40〜12:10),世田谷キャンパス(教室は講義棟112教室

※講義中にデモンストレーションで用いたRスクリプトを公開します.リンク先のスクリプト・ファイル(***.R)をダウンロードしてください.日本語表示はUnicode(UTF-8)ですので文字化けする場合は文字コードを変更してください.なお,Rのインストールなどについての情報はこのページの前半に示しました.

※本講義に関する質問回答と情報提供にはツイッターのハッシュタグ #NodaiStat を用います.受講生はツイッターのアカウント取得の上,三中信宏( @leeswijzer )をフォローしてください.



・2010年度・東京大学理学部冬学期「生物統計学」ハンドアウト(pdf)
1)2010年10月7日配布(ハンドアウト統計曼荼羅
2)2010年10月14日配布(ハンドアウト1ハンドアウト2
3)2010年10月21日配布(ハンドアウト
4)2010年10月28日配布(ハンドアウト
5)2010年11月4日配布(ハンドアウト
6)2010年11月11日配布(ハンドアウト
7)2010年11月18日配布(ハンドアウト
8)2010年11月25日配布物なし
9)2010年12月2日配布(ハンドアウト
10)2010年12月9日配布(ハンドアウト
11)2010年12月16日配布(ハンドアウト
12)2011年1月6日配布物なし
13)2011年1月13日配布(ハンドアウト
14)2009年1月20日配布)ハンドアウト

※講義時間は毎週木曜第5限(16:30〜18:00),教室は理学部旧1号館350号(本郷キャンパス).

※本講義に関する質問回答と情報提供にはツイッターのハッシュタグ #TodaiStat を用います.受講生はツイッターのアカウント取得の上,三中信宏( @leeswijzer )のフォローをしてください.

「学生による授業評価アンケート」集計結果(2011年1月20日実施)



・九州大学・比較社会文化研究科「データ解析概論」配布資料:2011年2月8日(火)〜2月10日(木)九州大学・伊都キャンパス

○ハンドアウト(pdf)※講義スライドは別途配布する.
  1. 統計学概論
  2. 実験計画法
  3. 〈R〉でラクラク分散分析
  4. 〈R〉による統計解析
  5. 多変量解析概論
  6. 一般化線形モデル
  7. 〈R〉で「ブーツ」:計算機統計学への密やかなお誘い
○タイムテーブル(予定)
  • 2月8日(火)
    • 13:00〜14:30 統計学概論(統計学的な「ものの見方」)
    • 15:00〜16:00 R/Rcmdrのインストールとパッケージ動作確認
    • 16:00〜17:00 データ解析は視覚化に始まり視覚化に終わる
  • 2月9日(水)
    • 09:30〜11:00 確率変数・確率分布とパラメトリック統計理論
    • 11:00〜12:00 はじめに「ばらつき」ありき:偏差・平方和・分散
    • 13:00〜15:00 実験計画法と分散分析;多重比較;線形モデル
    • 16:00〜18:00 【セミナー】分類思考と系統樹思考:多様性のパターン分析について
  • 2月10日(木)
    • 09:30〜10:45 モデル選択論;一般化線形モデルへの拡張
    • 10:45〜12:00 共分散と相関係数;多変量パラメトリック分布
    • 13:00〜15:00 リサンプリング計算統計学と多変量解析
    • 15:30〜17:00 ベイズ統計学とベイジアンMCMC/質疑応答

講義室は,九州大学・伊都キャンパス(→地図)・比文言文研究教育棟418号室/セミナーは同419号室.



・大分県農林水産研究指導センター「数理統計基礎研修」配布資料:2011年1月30日(月)〜2月2日(水)@大分県庁新館9階・OAプラザ

○ハンドアウト(pdf)※講義スライドは別途配布する.
  1. 統計学概論
  2. 実験計画法
  3. 〈R〉でラクラク分散分析
  4. 〈R〉による統計解析
  5. 多変量解析概論
  6. 一般化線形モデル
  7. 〈R〉で「ブーツ」:計算機統計学への密やかなお誘い
○タイムテーブル(予定)
  • 1月31日(月)
    • 09:30〜10:45 統計学概論(統計学的な「ものの見方」)
    • 10:45〜12:00 R/Rcmdrのインストールとパッケージ動作確認
    • 13:30〜15:00 データ解析は視覚化に始まり視覚化に終わる
    • 15:30〜17:00 Rcmdrを用いた統計グラフィクスの実習
  • 2月1日(火)
    • 09:30〜10:45 確率変数・確率分布とパラメトリック統計理論
    • 10:45〜12:00 はじめに「ばらつき」ありき:偏差・平方和・分散
    • 13:30〜15:00 実験計画法と分散分析;多重比較;線形モデル
    • 15:30〜17:00 共分散と相関係数;多変量パラメトリック分布
  • 2月2日(水)
    • 09:30〜10:45 Rcmdrを用いたRプログラミングの実習
    • 10:45〜12:00 モデル選択論;一般化線形モデルへの拡張
    • 13:30〜15:00 リサンプリング計算統計学と多変量解析
    • 15:30〜17:00 いやでもベイジアン;最後は質問タイムです


・農研機構主催「数理統計短期集合研修(基礎編+応用編)」テキスト:2010年11月8日〜19日(つくば)

・横浜国立大学大学院環境情報学府GCOE特設講義「統計学&データ解析道場」配布資料:2010年9月27日〜29日(横浜)
1)統計学概論
2)実験計画法
3)〈R〉でラクラク分散分析
4)〈R〉による統計解析
5)多変量解析概論
6)一般化線形モデル
7)〈R〉で「ブーツ」:計算機統計学への密やかなお誘い

タイムテーブル(場所:情報基盤センター・パソコン教室 )
  • 9月27日(月)
    • 09:30〜10:45 統計学概論(統計学的な「ものの見方」)
    • 10:45〜12:00 R/Rcmdrのインストールとパッケージ動作確認
    • 13:30〜15:00 データ解析は視覚化に始まり視覚化に終わる
    • 15:30〜17:00 Rcmdrを用いた統計グラフィクスの実習
  • 9月28日(火)
    • 09:30〜10:45 確率変数・確率分布とパラメトリック統計理論
    • 10:45〜12:00 はじめに「ばらつき」ありき:偏差・平方和・分散
    • 13:30〜15:00 実験計画法と分散分析;多重比較;線形モデル
    • 15:30〜17:00 共分散と相関係数;多変量パラメトリック分布
  • 9月29日(水)
    • 09:30〜10:45 Rcmdrを用いたRプログラミングの実習
    • 10:45〜12:00 モデル選択論;一般化線形モデルへの拡張
    • 13:30〜15:00 リサンプリング計算統計学と多変量解析
    • 15:30〜17:00 いやでもベイジアン;最後は質問タイムです
※上記のタイムテーブルはおおよその予定で,講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.実習で用いるRスクリプトは別途ファイルで配布します.


・首都大学東京大学院理工学研究科「生命科学特論」配布資料:2010年9月17日〜18日/24日〜25日(八王子)
1)統計学概論
2)実験計画法
3)〈R〉でラクラク分散分析
4)〈R〉による統計解析
5)多変量解析概論
6)一般化線形モデル
7)〈R〉で「ブーツ」:計算機統計学への密やかなお誘い

タイムテーブル(予定)
  • 9月17日(金)
    • 10:30〜12:00 統計学概論(統計学的思考と科学的推論)
    • 13:30〜14:45 R/Rcmdrと関連パッケージの動作確認
    • 15:00〜16:30 データを「目で見る」こと;正規分布の帝国
  • 9月18日(土)
    • 10:30〜12:00 「ばらつき」ありき:偏差・平方和・分散
    • 13:30〜14:45 実験計画法と分散分析の線形モデル
    • 15:00〜16:30 パラメトリック確率分布をRで描画する
  • 9月24日(金)
    • 10:30〜12:00 平均値の差のリクツと陥穽;Rで多重比較する
    • 13:30〜14:45 共分散と相関係数;多変量確率分布をRで描く
    • 15:00〜16:30 一般化線形モデルへの道とモデル選択論
  • 9月25日(土)
    • 10:30〜12:00 Rでリサンプリング統計学を体験する
    • 13:30〜14:45 ベイズ統計学の門を叩く
    • 15:00〜16:00 ベイジアンMCMCに手を染めてみる
    • 16:00〜16:30 最後は質問タイムです
※上記のタイムテーブルはおおよその予定で,講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.実習で用いるRスクリプトは別途ファイルで配布します.


・2010年度・東京農業大学応用生物科学部生物応用化学科「実験データー解析概論」ハンドアウト
1)2009年4月12日配布
2)2009年4月19日配布
3)2009年4月26日配布
4)2009年5月10日配布
5)2009年5月17日配布
6)2009年5月31日配布
7)2009年6月7日配布
8)2009年6月14日配布
9)2009年6月21日配布
10)2009年6月28日配布
11)2009年7月5日配布
12)2009年7月23日配布[補講]
13)2009年7月26日配布


・2009年度・東京大学理学部冬学期「生物統計学」ハンドアウト
1)2009年10月8日配布
2)2009年10月15日配布
3)2009年10月22日配布
4)2009年10月29日配布
5)2009年11月12日配布
6)2009年11月19日配布
7)2009年11月19日(配布なし)
8)2009年12月3日配布
9)2009年12月10日配布
10)2009年12月17日配布
11)2010年1月14日配布
12)2009年1月21日配布生物系統学文献表
補講)2009年1月28日配布

講義時間は第5限(16:20〜17:50),教室は513番(駒場キャンパス五号館一階).

「学生による授業評価アンケート」集計結果(2010年1月28日実施)


・農研機構主催「数理統計短期集合研修(基礎編+応用編)」テキスト:2009年11月9日〜20日(つくば)

・横浜国立大学大学院環境情報学府GCOE特設講義「統計学&データ解析道場」配布資料:2009年9月28日〜30日(横浜)
1)統計学概論
2)実験計画法
3)〈R〉でラクラク分散分析
4)〈R〉による統計解析
5)多変量解析概論
6)一般化線形モデル
7)〈R〉で「ブーツ」:計算機統計学への密やかなお誘い

タイムテーブル(場所:情報基盤センター・パソコン教室 )
  • 9月28日(月)
    • 09:30〜10:45 統計学概論(統計学的な「ものの見方」)
    • 10:45〜12:00 R/Rcmdrのインストールとパッケージ動作確認
    • 13:30〜15:00 データ解析は視覚化に始まり視覚化に終わる
    • 15:30〜17:00 Rcmdrを用いた統計グラフィクスの実習
  • 9月29日(火)
    • 09:30〜10:45 確率変数・確率分布とパラメトリック統計理論
    • 10:45〜12:00 はじめに「ばらつき」ありき:偏差・平方和・分散
    • 13:30〜15:00 実験計画法と分散分析;多重比較;線形モデル
    • 15:30〜17:00 共分散と相関係数;多変量パラメトリック分布
  • 9月30日(水)
    • 09:30〜10:45 Rcmdrを用いたRプログラミングの実習
    • 10:45〜12:00 モデル選択論;一般化線形モデルへの拡張
    • 13:30〜15:00 リサンプリング計算統計学と多変量解析
    • 15:30〜17:00 いやでもベイジアン;最後は質問タイムです
※上記のタイムテーブルはおおよその予定で,講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.


・首都大学東京大学院理工学研究科「生命科学特論」配布資料:2009年9月18日〜19日/25日〜26日(八王子)
1)統計学概論
2)実験計画法
3)〈R〉でラクラク分散分析
4)〈R〉による統計解析
5)多変量解析概論
6)一般化線形モデル
7)〈R〉で「ブーツ」:計算機統計学への密やかなお誘い

タイムテーブル(予定)
  • 9月18日(金)
    • 10:30〜12:00 統計学概論(統計学的思考と科学的推論)
    • 13:30〜14:45 R/Rcmdrと関連パッケージの動作確認
    • 15:00〜16:30 データを「目で見る」こと;正規分布の帝国
  • 9月19日(土)
    • 10:30〜12:00 「ばらつき」ありき:偏差・平方和・分散
    • 13:30〜14:45 実験計画法と分散分析の線形モデル
    • 15:00〜16:30 パラメトリック確率分布をRで描画する
  • 9月25日(金)
    • 10:30〜12:00 平均値の差のリクツと陥穽;Rで多重比較する
    • 13:30〜14:45 共分散と相関係数;多変量確率分布をRで描く
    • 15:00〜16:30 一般化線形モデルへの道とモデル選択論
  • 9月26日(土)
    • 10:30〜12:00 Rでリサンプリング統計学を体験する
    • 13:30〜14:45 ベイズ統計学の門を叩く
    • 15:00〜16:00 ベイジアンMCMCに手を染めてみる
    • 16:00〜16:30 最後は質問タイムです


・農環研〈統計GISコース〉配布資料:2009年5月〜
1)5月15日(金)13:30〜15:30 講義資料:Rによる統計解析
2)5月28日(木)13:30〜15:30 講義資料:統計学概論
3)7月3日(金)13:30〜15:30 講義資料:〈R〉で分散分析

・2009年度・東京農業大学応用生物科学部生物応用化学科夏学期「実験データー解析概論」ハンドアウト
1)2009年4月13日配布(1.1MB)
2)2009年4月20日配布(2.8MB)
3)2009年4月27日配布(560KB)
4)2009年5月11日配布(516KB)
5)2009年5月18日配布(744KB)
6)2009年5月25日配布(996KB)
7)2009年6月1日配布(3.4MB)
8)2009年6月8日配布(1.1MB)
9)2009年6月15日配布(1MB)
10)2009年6月22日配布(980KB)
11)2009年6月29日配布(1.2MB)
12)2009年7月6日配布(4.1MB)
13)2009年7月13日配布(3.8MB)
  • レポート課題(2009年6月29日出題:pdf 104KB)※2009年7月31日提出締切※


・2008年度・東京大学理学部冬学期「生物統計学」ハンドアウト(pdf)
1)2008年10月9日配布
2)2008年10月16日配布
3)2008年10月23日配布
4)2008年11月13日配布
5)2008年11月20日配布
6)2008年12月4日配布
7)2008年12月11日配布
8)2008年12月18日配布
9)2009年1月15日配布
10)2009年1月22日配布
11)2009年1月29日配布
補講)2009年1月28日配布

講義時間は第5限(16:20〜17:50),教室は521番.ただし,2009年1月28日(水)の第3限(13:00〜14:30)と第4限(14:40〜16:10)に実施する補講は511番で行なう.

「学生による授業評価アンケート」集計結果(2009年1月28日実施) 


・大分県主催「数理統計基礎研修」配布資料:2008年12月1日〜3日(大分県庁OAプラザ)

・群馬県試験研究職員研修会「実験計画法と実験データ解析手法」配布資料:2008年9月30日/10月14日/11月25日(伊勢崎)
1)統計学概論
2)〈R〉による統計解析入門
3)実験計画と分散分析
4)〈R〉で分散分析をする
5)線形統計モデルの一般化

タイムテーブル(予定)
  • 9月30日(火)
    • 13:30〜14:20 統計学概論/データを「目で見る」意義
    • 14:30〜15:10 R&Rcmdrと関連パッケージの動作確認
    • 15:20〜16:00 R&Rcmdrではじめる記述統計学
  • 10月14日(火)
    • 13:30〜14:20 偏差・平方和・分散/線形統計モデル
    • 14:30〜15:20 実験計画法(1):完全無作為化法
    • 15:30〜16:00 R&Rcmdrで行なう分散分析
  • 11月25日(火)
    • 13:30〜14:20 実験計画法(2):乱塊法と分割区法
    • 14:30〜15:10 R&Rcmdrで行なう多重比較
    • 15:20〜16:00 共分散と相関係数/目で見る統計学


・農研機構主催「数理統計短期集合研修(基礎編+応用編)」テキスト:2008年11月10日〜21日(つくば)

・首都大学東京大学院理工学研究科「生命科学特論」配布資料:2008年9月19日〜20日/26日〜27日(八王子)
1)統計学概論
2)実験計画法
3)〈R〉でラクラク分散分析
4)〈R〉による統計解析
5)多変量解析概論
6)一般化線形モデル
7)〈R〉で「ブーツ」:計算機統計学への密やかなお誘い

タイムテーブル(予定)
  • 9月19日(金)
    • 10:30〜12:00 統計学概論(統計学的思考と科学的推論について)
    • 13:30〜15:00 R/Rcmdrと関連パッケージの動作確認
    • 15:15〜16:30 データを「目で見る」こと;正規分布の帝国
  • 9月20日(土)
    • 10:30〜12:00 「ばらつき」ありき:偏差・平方和・分散
    • 13:30〜14:45 実験計画法と分散分析の線形モデル
    • 15:00〜16:00 パラメトリック確率分布をRで描画する
  • 9月26日(金)
    • 10:30〜12:00 平均値の差のリクツと陥穽;Rで多重比較する
    • 13:30〜14:45 共分散と相関係数;多変量確率分布をRで描く
    • 15:00〜16:30 一般化線形モデルへの道とモデル選択論
  • 9月27日(土)
    • 10:30〜12:00 Rでリサンプリング統計学を体験する
    • 13:00〜14:45 ベイズ統計学の門を叩く
    • 15:00〜16:00 ベイジアンMCMCに手を染めてみる
    • 16:00〜16:30 最後は質問タイムです


・横浜国立大学大学院環境情報学府「統計データ解析・論文執筆技法道場」配布資料:2008年9月10日〜12日(横浜)
1)統計学概論
2)実験計画法
3)〈R〉でラクラク分散分析
4)〈R〉による統計解析
5)多変量解析概論
6)一般化線形モデル
7)〈R〉で「ブーツ」:計算機統計学への密やかなお誘い

タイムテーブル(予定)
  • 9月10日(水)
    •  9:30〜11:00 統計学概論(統計学的思考と科学的推論について)
    • 11:10〜12:00 R/Rcmdrのインストールとパッケージ動作確認
    • 13:30〜15:00 統計グラフィクスの基礎とパラメトリック統計学
    • 15:30〜17:00 Rで統計学を:いくつかの確率分布を描いてみる
  • 9月11日(木)
    •  9:30〜10:30 はじめに「分散」ありき:偏差・平方和・分散
    • 10:45〜12:00 多変量パラメトリック分布(正規分布を中心に)
    • 13:30〜15:00 実験計画法と分散分析;多重比較;線形モデル
    • 15:30〜17:00 共分散と相関係数;一般化線形モデル(の門前)
  • 9月12日(金)
    •  9:30〜10:30 モデル選択論;一般化線形モデルの参道を上がる
    • 10:45〜12:00 多変量解析というアート;Rで計算統計学を体験
    • 13:30〜15:00 いやでもベイジアン(MCMCしたいですか?)
    • 15:30〜17:00 ちょっとだけ形態測定学;最後は質問タイムです
※講義と実習とはきっちり分けられてはいません.講義しながら受講生にそのつどRを操作してもらうというやり方で授業を進める予定です.


・2008年度・東京農業大学応用生物科学部夏学期「実験データ解析概論」ハンドアウト
1)2008年4月14日配布(2,577,187B)
2)2008年4月21日配布(1,432,068B)
3)2008年5月12日配布(828,988B)
4)2008年5月19日配布(409,421B)
5)2008年5月26日配布(592,499B)
6)2008年6月9日配布(960,025B)
7)2008年6月16日配布(1,396,684B)
8)2008年6月23日配布(1,892,482B)
9)2008年6月30日配布(2,102,811B)
10)2008年7月7日配布(2,483,583B)


・2007年度・東京大学理学部冬学期「生物統計学」ハンドアウト(pdf)
1)2007年10月11日配布(2,604,951B)
2)2007年10月25日配布(1,433,497B)
3)2007年11月1日配布(1,037,227B)
4)2007年11月8日配布(1,048,553B)
5)2007年11月15日配布(915,480B)
6)2007年11月29日配布(633,382B)
7)2007年12月6日配布(1,017,326B)
8)2007年12月20日配布(2,427,535B)
9)2008年1月10日配布→1月15日改訂(1,680,662B)
10)2008年1月17日配布(1,164,027B)
11)2008年1月24日配布(796,406B)
12)2008年1月31日配布(補講2回分)(5,830,864B)

「学生による授業評価アンケート」集計結果(2008年1月24日実施)


・2007年11月大分県主催 数理統計基礎研修テキスト教材(pdf)
1)統計学概論(1,503,870B)
2)実験計画法(8,000,205B)
3)〈R〉でラクラク分散分析(233,986B)
4)〈R〉による統計解析(2,067,240B)
5)多変量解析概論(1,029,029B)
6)一般化線形モデル(271,486B)
7)〈R〉による計算機統計学(489,466B)


・2007年11月農研機構主催 数理統計短期集合研修テキスト教材(pdf)
1)統計学概論(1,503,870B)
2)実験計画法(8,000,205B)
3)〈R〉でラクラク分散分析(233,986B)
4)〈R〉による統計解析(2,067,240B)
5)多変量解析概論(1,029,029B)


・2006年12月信州大学理学部集中講義配布教材(pdf)

・2006年11月農研機構主催 数理統計短期集合研修テキスト教材(pdf)
1)統計学概論(880KB)
2)実験計画法(8.05MB)
3)〈R〉でラクラク分散分析(224KB)
4)〈R〉による統計解析(1.13MB)
5)多変量解析概論(970KB)


・2005年11月農研機構主催 数理統計短期集合研修テキスト教材(pdf)

・2005年9月〜10月首都大学東京集中講義配布教材(pdf)

・第52回日本生態学会大阪大会自由集会〈データ解析で出会う統計的問題:検定かモデル選択か〉資料
1)久保拓弥:「前口上」(pdf: 60KB ※リンク)
2)三中信宏:「統計的検定:ネイマン-ピアソンの仮説検定ワールドから始まるモデル選択論のルーツ」(pdf: 1.8MB)
3)粕谷英一:「いつも検定じゃない:モデル選択,検定,統計的推論の使い分け」(pdf: 139KB ※リンク)


・2005年3月埼玉県農林総合研究センター講義配布教材(pdf)

・2004年12月信州大学理学部集中講義配布教材(pdf)

・2004年11月農林水産省数理統計短期集合研修テキスト教材(pdf)

・2004年10月中央畜産技術研修会(畜産統計処理II)研修テキスト教材(pdf)

・2004年9月都立大学集中講義配布教材(pdf)

・2004年7月東北大学集中講義配布教材(pdf)

・2003年度農林水産省数理統計短期集合研修テキスト教材(pdf)→研修カリキュラム:基礎編応用編
1)〈R〉でくらくら「クラスター」
   → 一のクラ(840KB)
   → 二のクラ(760KB)
   → 三のクラ(3000KB)
2)〈R〉で【SHAPE】(by 岩田洋佳)
   → Shape on〈R〉
   → 〈R〉で【SHAPE】(改訂版pdf)(59KB)
3)〈R〉で〔PLS〕(by 岩田洋佳)
   → PLS回帰入門
4)〈R〉で「重回帰」&クロスバリデーション&ニューラルネット(by 二宮正士)
   → Rによる重回帰分析入門※暫定サイト
5)〈R〉によるノンパラメトリック回帰(pdf 155KB by 竹澤邦夫)

Last Modified: 23 March 2017 by MINAKA Nobuhiro