# 「生物統計学」実習記録(13 April 2017)
#R Commander パッケージの起動
library(Rcmdr)
## Loading required package: splines
## Loading required package: RcmdrMisc
## Loading required package: car
## Loading required package: sandwich
## コマンダーの GUI はインタラクティブなセッションでしか起動しません.
# テストデータ「iris」読み込み
data(iris)
# 「iris」表示
iris
## Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
## 1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa
## 2 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa
## 3 4.7 3.2 1.3 0.2 setosa
## 4 4.6 3.1 1.5 0.2 setosa
## 5 5.0 3.6 1.4 0.2 setosa
## 6 5.4 3.9 1.7 0.4 setosa
## 7 4.6 3.4 1.4 0.3 setosa
## 8 5.0 3.4 1.5 0.2 setosa
## 9 4.4 2.9 1.4 0.2 setosa
## 10 4.9 3.1 1.5 0.1 setosa
## 11 5.4 3.7 1.5 0.2 setosa
## 12 4.8 3.4 1.6 0.2 setosa
## 13 4.8 3.0 1.4 0.1 setosa
## 14 4.3 3.0 1.1 0.1 setosa
## 15 5.8 4.0 1.2 0.2 setosa
## 16 5.7 4.4 1.5 0.4 setosa
## 17 5.4 3.9 1.3 0.4 setosa
## 18 5.1 3.5 1.4 0.3 setosa
## 19 5.7 3.8 1.7 0.3 setosa
## 20 5.1 3.8 1.5 0.3 setosa
## 21 5.4 3.4 1.7 0.2 setosa
## 22 5.1 3.7 1.5 0.4 setosa
## 23 4.6 3.6 1.0 0.2 setosa
## 24 5.1 3.3 1.7 0.5 setosa
## 25 4.8 3.4 1.9 0.2 setosa
## 26 5.0 3.0 1.6 0.2 setosa
## 27 5.0 3.4 1.6 0.4 setosa
## 28 5.2 3.5 1.5 0.2 setosa
## 29 5.2 3.4 1.4 0.2 setosa
## 30 4.7 3.2 1.6 0.2 setosa
## 31 4.8 3.1 1.6 0.2 setosa
## 32 5.4 3.4 1.5 0.4 setosa
## 33 5.2 4.1 1.5 0.1 setosa
## 34 5.5 4.2 1.4 0.2 setosa
## 35 4.9 3.1 1.5 0.2 setosa
## 36 5.0 3.2 1.2 0.2 setosa
## 37 5.5 3.5 1.3 0.2 setosa
## 38 4.9 3.6 1.4 0.1 setosa
## 39 4.4 3.0 1.3 0.2 setosa
## 40 5.1 3.4 1.5 0.2 setosa
## 41 5.0 3.5 1.3 0.3 setosa
## 42 4.5 2.3 1.3 0.3 setosa
## 43 4.4 3.2 1.3 0.2 setosa
## 44 5.0 3.5 1.6 0.6 setosa
## 45 5.1 3.8 1.9 0.4 setosa
## 46 4.8 3.0 1.4 0.3 setosa
## 47 5.1 3.8 1.6 0.2 setosa
## 48 4.6 3.2 1.4 0.2 setosa
## 49 5.3 3.7 1.5 0.2 setosa
## 50 5.0 3.3 1.4 0.2 setosa
## 51 7.0 3.2 4.7 1.4 versicolor
## 52 6.4 3.2 4.5 1.5 versicolor
## 53 6.9 3.1 4.9 1.5 versicolor
## 54 5.5 2.3 4.0 1.3 versicolor
## 55 6.5 2.8 4.6 1.5 versicolor
## 56 5.7 2.8 4.5 1.3 versicolor
## 57 6.3 3.3 4.7 1.6 versicolor
## 58 4.9 2.4 3.3 1.0 versicolor
## 59 6.6 2.9 4.6 1.3 versicolor
## 60 5.2 2.7 3.9 1.4 versicolor
## 61 5.0 2.0 3.5 1.0 versicolor
## 62 5.9 3.0 4.2 1.5 versicolor
## 63 6.0 2.2 4.0 1.0 versicolor
## 64 6.1 2.9 4.7 1.4 versicolor
## 65 5.6 2.9 3.6 1.3 versicolor
## 66 6.7 3.1 4.4 1.4 versicolor
## 67 5.6 3.0 4.5 1.5 versicolor
## 68 5.8 2.7 4.1 1.0 versicolor
## 69 6.2 2.2 4.5 1.5 versicolor
## 70 5.6 2.5 3.9 1.1 versicolor
## 71 5.9 3.2 4.8 1.8 versicolor
## 72 6.1 2.8 4.0 1.3 versicolor
## 73 6.3 2.5 4.9 1.5 versicolor
## 74 6.1 2.8 4.7 1.2 versicolor
## 75 6.4 2.9 4.3 1.3 versicolor
## 76 6.6 3.0 4.4 1.4 versicolor
## 77 6.8 2.8 4.8 1.4 versicolor
## 78 6.7 3.0 5.0 1.7 versicolor
## 79 6.0 2.9 4.5 1.5 versicolor
## 80 5.7 2.6 3.5 1.0 versicolor
## 81 5.5 2.4 3.8 1.1 versicolor
## 82 5.5 2.4 3.7 1.0 versicolor
## 83 5.8 2.7 3.9 1.2 versicolor
## 84 6.0 2.7 5.1 1.6 versicolor
## 85 5.4 3.0 4.5 1.5 versicolor
## 86 6.0 3.4 4.5 1.6 versicolor
## 87 6.7 3.1 4.7 1.5 versicolor
## 88 6.3 2.3 4.4 1.3 versicolor
## 89 5.6 3.0 4.1 1.3 versicolor
## 90 5.5 2.5 4.0 1.3 versicolor
## 91 5.5 2.6 4.4 1.2 versicolor
## 92 6.1 3.0 4.6 1.4 versicolor
## 93 5.8 2.6 4.0 1.2 versicolor
## 94 5.0 2.3 3.3 1.0 versicolor
## 95 5.6 2.7 4.2 1.3 versicolor
## 96 5.7 3.0 4.2 1.2 versicolor
## 97 5.7 2.9 4.2 1.3 versicolor
## 98 6.2 2.9 4.3 1.3 versicolor
## 99 5.1 2.5 3.0 1.1 versicolor
## 100 5.7 2.8 4.1 1.3 versicolor
## 101 6.3 3.3 6.0 2.5 virginica
## 102 5.8 2.7 5.1 1.9 virginica
## 103 7.1 3.0 5.9 2.1 virginica
## 104 6.3 2.9 5.6 1.8 virginica
## 105 6.5 3.0 5.8 2.2 virginica
## 106 7.6 3.0 6.6 2.1 virginica
## 107 4.9 2.5 4.5 1.7 virginica
## 108 7.3 2.9 6.3 1.8 virginica
## 109 6.7 2.5 5.8 1.8 virginica
## 110 7.2 3.6 6.1 2.5 virginica
## 111 6.5 3.2 5.1 2.0 virginica
## 112 6.4 2.7 5.3 1.9 virginica
## 113 6.8 3.0 5.5 2.1 virginica
## 114 5.7 2.5 5.0 2.0 virginica
## 115 5.8 2.8 5.1 2.4 virginica
## 116 6.4 3.2 5.3 2.3 virginica
## 117 6.5 3.0 5.5 1.8 virginica
## 118 7.7 3.8 6.7 2.2 virginica
## 119 7.7 2.6 6.9 2.3 virginica
## 120 6.0 2.2 5.0 1.5 virginica
## 121 6.9 3.2 5.7 2.3 virginica
## 122 5.6 2.8 4.9 2.0 virginica
## 123 7.7 2.8 6.7 2.0 virginica
## 124 6.3 2.7 4.9 1.8 virginica
## 125 6.7 3.3 5.7 2.1 virginica
## 126 7.2 3.2 6.0 1.8 virginica
## 127 6.2 2.8 4.8 1.8 virginica
## 128 6.1 3.0 4.9 1.8 virginica
## 129 6.4 2.8 5.6 2.1 virginica
## 130 7.2 3.0 5.8 1.6 virginica
## 131 7.4 2.8 6.1 1.9 virginica
## 132 7.9 3.8 6.4 2.0 virginica
## 133 6.4 2.8 5.6 2.2 virginica
## 134 6.3 2.8 5.1 1.5 virginica
## 135 6.1 2.6 5.6 1.4 virginica
## 136 7.7 3.0 6.1 2.3 virginica
## 137 6.3 3.4 5.6 2.4 virginica
## 138 6.4 3.1 5.5 1.8 virginica
## 139 6.0 3.0 4.8 1.8 virginica
## 140 6.9 3.1 5.4 2.1 virginica
## 141 6.7 3.1 5.6 2.4 virginica
## 142 6.9 3.1 5.1 2.3 virginica
## 143 5.8 2.7 5.1 1.9 virginica
## 144 6.8 3.2 5.9 2.3 virginica
## 145 6.7 3.3 5.7 2.5 virginica
## 146 6.7 3.0 5.2 2.3 virginica
## 147 6.3 2.5 5.0 1.9 virginica
## 148 6.5 3.0 5.2 2.0 virginica
## 149 6.2 3.4 5.4 2.3 virginica
## 150 5.9 3.0 5.1 1.8 virginica
#【一次元可視化】----------
# インデックスプロットを用いた第1変量「Petal.Length」の可視化
#(各サンプルは「点(白丸)」によって表示した)
with(iris, indexplot(Petal.Length, type='p', id.method='y', id.n=2,
labels=rownames(iris)))
## 119 118
## 119 118
# ドットプロットを用いた第1変量「Petal.Length」の可視化
#(「Species」で層別化した)
with(iris, Dotplot(Petal.Length, by=Species, bin=FALSE))
# ヒストグラムを用いた第1変量「Petal.Length」の可視化
#(「Species」で層別化した)
with(iris, Hist(Petal.Length, groups=Species, scale="frequency",
breaks="Sturges", col="darkgray"))
#【二次元可視化】----------
#散布図を用いて第1変量(Petal.Length)と第2変量(Petal.Width)の共変動を可視化
scatterplot(Petal.Width~Petal.Length | Species, reg.line=FALSE,
smooth=FALSE, spread=FALSE, boxplots=FALSE, span=0.5, ellipse=FALSE,
levels=c(.5, .9), by.groups=TRUE, data=iris)
#全4変量(Petal.Length, Petal.Width, Sepal.Length, Sepal.Width)に関する散布図行列を示す
scatterplotMatrix(~Petal.Length+Petal.Width+Sepal.Length+Sepal.Width |
Species, reg.line=FALSE, smooth=FALSE, spread=FALSE, span=0.5,
ellipse=FALSE, levels=c(.5, .9), id.n=0, diagonal= 'none', by.groups=TRUE,
data=iris)
#条件付き散布図(1):第1変量と第2変量についての散布図
library(lattice, pos=15)
xyplot(Petal.Width ~ Petal.Length, type="p", pch=16,
auto.key=list(border=TRUE), par.settings=simpleTheme(pch=16),
scales=list(x=list(relation='same'), y=list(relation='same')), data=iris)
#条件付き散布図(2):Species に関するグループ化(色分け)
xyplot(Petal.Width ~ Petal.Length, groups=Species, type="p", pch=16,
auto.key=list(border=TRUE), par.settings=simpleTheme(pch=16),
scales=list(x=list(relation='same'), y=list(relation='same')), data=iris)
#条件付き散布図(3):Species に関するグループ化(色分け)と条件付け(別図化)
xyplot(Petal.Width ~ Petal.Length | Species, groups=Species, type="p",
pch=16, auto.key=list(border=TRUE), par.settings=simpleTheme(pch=16),
scales=list(x=list(relation='same'), y=list(relation='same')), data=iris)
#条件付き散布図(4):第1変量を説明変量,第3,4変量を被説明変量とする散布図
#(Speciesによってグループ化)
xyplot(Sepal.Length + Sepal.Width ~ Petal.Length, groups=Species, type="p",
pch=16, auto.key=list(border=TRUE), par.settings=simpleTheme(pch=16),
scales=list(x=list(relation='same'), y=list(relation='same')), data=iris)
#条件付き散布図(5):第1変量を説明変量,第3,4変量を被説明変量とする散布図
#(Speciesによってグループ化と条件付け)
xyplot(Sepal.Length + Sepal.Width ~ Petal.Length | Species, groups=Species,
type="p", pch=16, auto.key=list(border=TRUE),
par.settings=simpleTheme(pch=16), scales=list(x=list(relation='same'),
y=list(relation='same')), data=iris)
#【三次元可視化】----------
#三次元散布図を用いて第1〜3変量を可視化
library(rgl, pos=16)
library(nlme, pos=17)
library(mgcv, pos=17)
## This is mgcv 1.8-17. For overview type 'help("mgcv-package")'.
scatter3d(Sepal.Length~Petal.Length+Petal.Width|Species, data=iris,
surface=FALSE, residuals=TRUE, parallel=FALSE, bg="white", axis.scales=TRUE,
grid=TRUE, ellipsoid=FALSE)