◯分類学と系統学を学ぶためのブックガイド

●書籍●

• 三中信宏『系統体系学の世界：生物学の哲学とたどった道のり』2018年4月20日刊行，勁草書房［けいそうブックス］，東京, 508 pp., 本体価格2,700円, ISBN:978-4-326-15451-7 → 版元ページ｜コンパニオン・サイト
• マニュエル・リマ［三中信宏監訳｜手嶋由美子訳］『The Book of Circles — 円環大全：知の輪郭を体系化するインフォグラフィックス』2018年2月26日刊行，ビー・エヌ・エヌ新社，東京，278 pp., 本体価格3,800円, ISBN:978-4-8025-1070-7 → 目次｜版元ページ｜コンパニオン・サイト
• 三中信宏『思考の体系学：分類と系統から見たダイアグラム論』2017年4月25日刊行，春秋社，東京, 6+316+23 pp., 本体価格2,500円, ISBN:978-4-393-33355-6 → 目次｜版元ページ｜コンパニオン・サイト
• MINAKA Nobuhiro 2016. Chain, tree, and network: The development of phylogenetic systematics in the context of genealogical visualization and information graphics. Pp. 410-430 in: David M. Williams, Michael Schmitt, and Quentin D. Wheeler (eds.), The Future of Phylogenetic Systematics – The Legacy of Willi Hennig. 2016年6月刊行, Cambridge University Press［The Systematics Association Special Volume Series: 86］, Cambridge → 目次．
• マニュエル・リマ［三中信宏訳］『The BookK of Trees — 系統樹大全：知の世界を可視化するインフォグラフィックス』2015年3月19日刊行，ビー・エヌ・エヌ新社, 東京, 215 pp., 本体価格3,800円, ISBN:978-4-86100-956-3 [hbk] → コンパニオン・サイト｜版元ページ

●高座●

• 九州大学大学院農学研究院セミナー（第79回九州昆虫セミナー）「系統体系学の世界の片隅に」2018年11月28日（水）17:00〜18:30＠九州大学伊都キャンパス・ウエスト5号館223室（福岡）
• 〈斎藤・根井(1987)近隣結合法論文の引用件数５万件越えを祝う特別シンポジウム〉2018年6月2日（土）＠国立遺伝学研究所講堂（静岡県三島市）※三中信宏「Neighbor-joining and other distance methods in the history of systematic biology」講演
• 桐光学園〈大学訪問授業〉2018年7月14日（土）11:40〜12:40：三中信宏「分類と系統の世界観：ヒトはどのように世界を分けているのか」＠桐光学園（川崎市）

●録画●

以下に公開する YouTube 動画ファイルは，2014年2月3日（月）〜5日（水）の三日間にわたって，九州大学大学院農学研究院（箱崎キャンパス）で私が行なった集中講義〈農業生物資源学特論第五 【分子系統学と形態測定学】〉を録画したものです（→アナウンス）．集中講義の事前のタイムテーブルにしたがって動画ファイルは下記の通り分割されていますので，動画タイトルと講義内容の間に多少のズレがあることはご容赦ください．［謝辞］集中講義の撮影と動画編集をしていただいた九大スタッフのみなさんに深く感謝いたします．（2014年3月7日）

• 2014年2月3日（月） ——
1. 09:30〜10:30　系統推定論概論：系統樹による多様性情報の可視化 → YouTube
2. 10:40〜12:00　ソフトウェアの導入と動作確認（MEGA, MrBayes, TNT, R, Mesquite） → YouTube
3. 13:30〜15:00　形質データ行列の作成と分岐分析の演習 → YouTube
4. 15:30〜17:00　生物統計学概論（1）：統計モデル選択と計算統計学 → YouTube


• 2014年2月4日（火） ——
1. 09:30〜10:30　分子系統学（1）：配列のアラインメント → YouTube
2. 10:40〜12:00　分子系統学（2）：分子進化の統計モデル → YouTube
3. 13:30〜15:00　距離法・最節約法・最尤法の演習 → YouTube
4. 15:30〜17:00　形質進化解析：種間比較法・系統地理学・共進化 → YouTube


• 2014年2月5日（水） ——
1. 09:30〜10:30　生物統計学概論（2）：ベイズ統計学 → YouTube
2. 10:40〜12:00　ベイズ法の演習 → YouTube
3. 13:30〜15:00　形態測定学概論：サイズとシェイプの多変量統計学 → YouTube
4. 15:30〜17:00　形態測定学演習／総括 → YouTube


• 三中信宏・特別セミナー「目で見る多様性の体系：分類と系統はどのように描かれてきたか？」九州大学大学院農学研究院セミナー（九州昆虫セミナー・第17回），2014年2月4日（火）17:30〜19:00＠九州大学（箱崎キャンパス）農学部21世紀プラザII・第2講義室 → YouTube

●講義●

●イベント●

第222回農林交流センターワークショップ〈分子系統樹推定法：理論と応用〉2019年10月23日（水）〜25日（金）

• 三中信宏「生物体系学概論 〜分類と系統のはざまで〜」（46:38）
• 斎藤成也「進化ゲノム学と系統推定」（1:22:51）
• 田村浩一郎「MEGA X を用いた分子系統解析」（52:33）
• 井上潤「分岐年代のベイズ推定」（1:04:11）
• 田辺晶史「分子系統学演習 - データセットの作成から仮説検定まで」（3:22:39）

第214回農林交流センターワークショップ〈分子系統樹推定法：理論と応用〉2018年10月24日（水）〜26日（金）

第207回農林交流センターワークショップ〈分子系統樹推定法：理論と応用〉2017年10月25日（水）〜27日（金）

第202回農林交流センターワークショップ〈分子系統樹推定法：理論と応用〉2016年10月26日（水）〜28日（金）

第196回農林交流センターワークショップ〈分子系統樹推定法：理論と応用〉2015年10月28日（水）〜30日（金）

第188回農林交流センターワークショップ〈分子系統樹推定法：理論と応用〉2014年11月5日（水）〜7日（金），stamboom｜Togetter

第176回農林交流センターワークショップ〈分子系統樹推定法：理論と応用〉2013年11月6日（水）〜8日（金），stamboom | Togetter

第166回農林交流センターワークショップ〈分子系統樹推定法：理論と応用〉2012年10月31日〜11月2日．stamboom｜Togetter

第155回農林交流センターワークショップ〈分子系統樹推定法：理論と応用〉2011年10月26日〜28日．stamboom｜Togetter

第147回農林交流センターワークショップ〈分子系統樹推定法：理論と応用〉2010年8月23日〜25日．stamboom

第141回農林交流センターワークショップ〈分子系統樹推定法：理論と応用〉2009年11月4日〜6日．stamboom

第131回農林交流センターワークショップ〈分子系統樹推定法：理論と応用〉2008年10月6日〜8日のコンパニオンサイト．

●資料●

○分子進化の確率過程

1. 確率過程概論（分子進化モデル）
2. 最尤法とベイズ法の関係
3. 尤度とAIC（ModelTestを用いたデモ）

○テストデータ（PAUP*/MacClade）

○系統推定の効率化

1. Parsimony Ratchet: 高速最節約法について
2. BALANCE を用いた巨大系統樹推定［準備中］

○系統推定における統計学的手法

1. 導入
2. Bootstrap / Jackknife / PTP / T-PTP / ILD
3. 樹長分布
4. 崩壊指数

○参考文献とソフトウェア

• 生物体系学関連文献リスト
• Version 17-October-2019 → pdf［カテゴリー別］ *new*
• Version 3-October-2018 → pdf［カテゴリー別］
• Version 27-October-2017 → pdf［カテゴリー別］
• Version 21-April-2017 → pdf［カテゴリー別］
• Version 4-November-2014 → pdf［アルファベット順］｜pdf［カテゴリー別］
• Version 24-January-2014 → pdf［アルファベット順］｜pdf［カテゴリー別］
• Version 23-January-2014 → pdf［アルファベット順］｜pdf［カテゴリー別］
• Version 2-October-2013 → pdf
• Version 13-June-2013 → pdf
• Version 22-January-2013 → pdf
• Version 25-October-2012 → pdf
• Version 20-September-2012 → pdf
• Version 21-September-2011 → pdf
• Version 6-February-2011 → pdf
• Version 6-October-2010 → pdf｜html
• 簡略紹介版［old］
• 教科書および参考書リスト（分類リンク版）［old］

○曼荼羅集

1. A Taxonomy-Evolution Chart 1930-1975 → pdf | caption (22 February 2011)
2. The Evolutionary Synthesis Chart 1930-1980 → pdf | caption (22 February 2011)

○Analytical Notes on Nelson and Platnick's Systematics and Biogeography (1981)

○The Willi Hennig Society Meeting Reports [In Japanese]