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三中信宏・体系学講義のハンドアウト倉庫



2015年度・玉川大学農学部「分子系統進化学」講義の配布資料
1)2015年9月17日 → ガイダンス資料
  • 講義全体のガイダンス
  • 体系学概論:分類思考と系統樹思考
2)2015年9月24日 → 生物体系学概論
  • 使用ソフトウェアの紹介とインストール
    1. MEGA: 距離法・最節約法・最尤法による分子系統推定ソフトウェア
    2. PAUP*: 最節約法・最尤法・距離法による系統推定ソフトウェア
    3. MrBayes: ベイズ法による分子系統推定ソフトウェア
    4. TNT: 最節約法による系統推定ソフトウェア
    5. Mesquite: 系統樹解析と形質進化解析のツール
    6. TreeView: 系統樹描画ツール
    7. FigTree: 系統樹描画ツール
  • 視覚言語としての系統樹の読み書き
3)2015年10月8日 → 系統推定論の原理と方法
  • 図形言語としての系統樹の情報内容と表示法
  • 単系統性,共通祖先,形質進化
  • 系統樹上で分子配列の進化をたどる
4)2015年10月15日 → 参考図書リスト
  • 分子配列のアラインメントの論理と方法
  • MEGA を用いたアラインメントの実習
5)2015年10月22日
  • DNA塩基配列間の「距離(非類似度)」の定義
  • 距離法に基づく分子系統樹の推定法
  • MEGA を用いた近隣結合法の実習
休)2015年10月29日[休講]※分子系統ワークショップ(つくば)開催のため
6)2015年11月5日
  • 最節約基準のもとでの系統樹の樹形推定と祖先形質状態の復元方法の解説
  • MEGAを用いた最節約法の実習
補)補講日:2015年11月14日(土)11:00〜12:50@大学教育棟512教室
  • パラメトリック統計学についての講義
  • 塩基置換モデル(Jukes-Cantor model)の論理と導出
7)2015年11月19日→ 統計学的思考とは何か?
  • 最尤法による分子系統推定のための分子進化モデルの選択についての解説
  • 統計モデルの概論と尤度によるデータとモデルの適合度の評価
8)2015年11月26日
  • AICによる分子進化モデル選択論
  • MEGAを用いた最尤系統樹推定の実習
9)2015年12月3日
  • 系統推定における信頼性評価法の解説
  • ブーツストラップ法の原理の説明とMEGAを用いての実習
10)2015年12月10日
  • 塩基配列データとアミノ酸配列データを用いた演習 → データ1データ2
  • データ行列編集から系統樹出力,描画まで
11)2015年12月17日→ ベイズ統計学
  • ベイズ統計学に関する解説
  • Bayesian Coin Tosser と MC Robot による Bayesian MCMC の実習
  • MrBayes のインストールと説明
12)2016年1月7日
  • 分子系統推定法それぞれの長所と短所の比較
13)2016年1月14日
14)2016年1月21日
  • 分子系統樹の共進化解析・生物資源探査・生物多様性評価への応用
  • 総括

※講義時間は毎週木曜第3〜4限(11:00〜12:50),教室は大学8号館325教室

※毎回の講義ではパソコン(Windows PC)を用いた実習を行なう.実習で用いるソフトウェアやデータはUSBメモリーで配布するが,学内無線LANが利用できる設定をしておくこと.


2015年夏学期・東京大学大学院農学生命科学研究科での講義〈保全生態学特論〉配布資料(pdf)
  1. 2015年4月16日(木)13:00〜17:00 ——
    • 13:00〜14:30 体系学という世界:多様性の分類と系統
    • 15:00〜17:00 系統推定法入門:形質データから歴史を推定する

  2. 2015年4月23日(木)13:00〜17:00 ——
    • 13:00〜14:30 生物統計学概論:統計的思考とモデリング
    • 15:00〜17:00 系統推定法各論:最節約法・距離法・最尤法・ベイズ法

  3. 2015年4月30日(木)13:00〜17:00 ——
    • 13:00〜15:00 形質進化解析:種間比較法・系統地理学・分岐年代
    • 15:30〜17:00 系統樹の応用研究/課題レポート/総括

2014年度・玉川大学農学部「分子系統進化学」講義の配布資料
1)2014年9月18日(木) → ガイダンス資料
  • 講義全体のガイダンス
  • 体系学概論:分類思考と系統樹思考
2)2014年9月25日 → 生物体系学概論
  • 使用ソフトウェアの紹介とインストール
    1. MEGA: 距離法・最節約法・最尤法による分子系統推定ソフトウェア
    2. MrBayes: ベイズ法による分子系統推定ソフトウェア
    3. Mesquite: 系統樹解析と形質進化解析のツール
    4. TreeView: 系統樹描画ツール
  • 視覚言語としての系統樹の読み書き
3)2014年10月9日 → 系統推定論の原理と方法
  • 図形言語としての系統樹の情報内容と表示法
  • 単系統性,共通祖先,形質進化
  • 系統樹上で分子配列の進化をたどる
4)2014年10月16日 → 参考図書リスト
  • 分子配列のアラインメントの論理と方法
  • MEGA を用いたアラインメントの実習
5)2014年10月23日
  • DNA塩基配列間の「距離(非類似度)」の定義
  • 距離法に基づく分子系統樹の推定法
  • MEGA を用いた近隣結合法の実習
6)2014年10月30日
  • 最節約基準のもとでの系統樹の樹形推定と祖先形質状態の復元方法の解説
  • MEGAを用いた最節約法の実習
休)2014年11月6日[休講]※分子系統ワークショップ(つくば)開催のため
  → 補講日:12月6日(土)3〜4限@大学5号館344教室
8)2014年11月20日
  • 塩基置換モデル(Jukes-Cantor model)の論理と導出
  • 距離法のもとでの「樹長」の算出方法について
9)2014年11月27日 → 統計学的思考とは何か?
  • パラメトリック統計学についての講義
  • MEGAを用いた最尤系統樹推定の実習
10)2014年12月4日
  • 最尤法による分子系統推定のための分子進化モデルの選択についての解説
  • 統計モデルの概論と尤度によるデータとモデルの適合度の評価
  • AICによる分子進化モデル選択論
補)2014年12月6日(土)3〜4限@大学5号館344教室
  • 塩基配列データとアミノ酸配列データを用いた演習 → データ1データ2
  • データ行列編集から系統樹出力,描画まで
11)2014年12月11日
  • 系統推定における信頼性評価法の解説
  • ブーツストラップ法の原理の説明とMEGAを用いての実習
12)2014年12月18日 → ベイズ統計学
  • ベイズ統計学に関する解説
  • Bayesian Coin Tosser と MC Robot による Bayesian MCMC の実習
  • MrBayes のインストールと説明
13)2015年1月8日
  • 分子系統推定法それぞれの長所と短所の比較
14)2015年1月15日
15)2015年1月22日※臨時休講
  → 補講日:1月29日(木)3〜4限@大学8号館326教室
  • 分子系統樹の共進化解析・生物資源探査・生物多様性評価への応用
  • 総括

※講義時間は毎週木曜第3〜4限(11:00〜12:50),教室は大学8号館326教室

※毎回の講義ではパソコン(Windows PC)を用いた実習を行なう.実習で用いるソフトウェアやデータはUSBメモリーで配布するが,学内無線LANが利用できる設定をしておくこと.


琉球大学農学部講義〈生物環境科学特別講義 I 〉スケジュール
  • 2014年9月1日(月) ——
    1. 09:30〜10:30 系統推定論概論:系統樹による多様性情報の可視化
    2. 10:40〜12:00 生物統計学概論(1):統計的思考とは何か
    3. 13:30〜15:00 ソフトウェア導入と動作確認(PAUP*, MEGA, MrBayes, Mesquite, R など)
    4. 15:30〜17:00 形質データ行列の作成と基本操作

  • 2014年9月2日(火) ——
    1. 09:30〜10:30 生物統計学概論(2):統計モデル選択と計算統計学
    2. 10:40〜12:00 分子系統学(1):配列のアラインメントと分子進化の統計モデル
    3. 13:30〜15:00 分子系統学(2):距離法・最節約法・最尤法の演習
    4. 15:30〜17:00 形質進化解析:種間比較法・系統地理学・共進化

  • 2014年9月3日(水) ——
    1. 09:30〜10:30 生物統計学概論(3):ベイズ統計学
    2. 10:40〜12:00 ベイズ法の演習
    3. 13:30〜15:00 形態測定学概論:サイズとシェイプの多変量統計学
    4. 15:30〜17:00 レポート/総括
※使用ソフトウェア一覧ならびにハンドアウトにつきましては,leeswijzers stamboom「琉球大学農学部講義〈生物環境科学特別講義 I 〉集中講義について」を参照の上,必要なダウンロードと事前準備をよろしくお願いいたします.

九州大学大学院農学研究院での講義〈農業生物資源学特論第五〉スケジュール
  • 2014年2月3日(月) ——
    1. 09:30〜10:30 系統推定論概論:系統樹による多様性情報の可視化
    2. 10:40〜12:00 ソフトウェアの導入と動作確認(MEGA, MrBayes, TNT, R, Mesquite)
    3. 13:30〜15:00 形質データ行列の作成と分岐分析の演習
    4. 15:30〜17:00 生物統計学概論(1):統計モデル選択と計算統計学

  • 2014年2月4日(火) ——
    1. 09:30〜10:30 分子系統学(1):配列のアラインメント
    2. 10:40〜12:00 分子系統学(2):分子進化の統計モデル
    3. 13:30〜15:00 距離法・最節約法・最尤法の演習
    4. 15:30〜17:00 形質進化解析:種間比較法・系統地理学・共進化

  • 2014年2月5日(水) ——
    1. 09:30〜10:30 生物統計学概論(2):ベイズ統計学
    2. 10:40〜12:00 ベイズ法の演習
    3. 13:30〜15:00 形態測定学概論:サイズとシェイプの多変量統計学
    4. 15:30〜17:00 形態測定学演習/総括
※使用ソフトウェア一覧ならびにハンドアウトにつきましては,leeswijzers stamboom「九州大学大学院農学研究院〈農業生物資源学特論第五〉集中講義について」を参照の上,必要なダウンロードと事前準備をよろしくお願いいたします.

2013年度・玉川大学農学部「分子系統進化学」講義ハンドアウト
1)2013年9月26日(木)
  • 講義全体のガイダンス
  • 体系学概論:分類思考と系統樹思考
2)2013年10月3日 → 配布資料参考図書リスト
  • 使用ソフトウェアの紹介とインストール
    1. MEGA 5: 距離法・最節約法・最尤法による分子系統推定ソフトウェア
    2. MrBayes: ベイズ法による分子系統推定ソフトウェア
    3. PhyloWidget: 系統樹描画ツール
    4. TreeView: 系統樹描画ツール
  • 視覚言語としての系統樹とその情報単位
3)2013年10月10日 → 配布資料(pdf)
  • 系統学概論
  • 〈PhyloWidget〉による系統樹の描画の演習1
4)2013年10月17日 → 配布資料(pdf)
  • 系統推定論(1)
  • 〈PhyloWidget〉による系統樹の描画の演習2
5)2013年10月24日
  • 分子配列のアラインメントと MEGA5 による実習
  • DNA塩基配列のテストデータに基づくサイトごとの情報性と配列間の「距離(非類似度)」の定義
  • 距離法(近隣結合法)に基づく分子系統樹の推定と描画
6)2013年10月31日
  • 塩基置換モデル(Jukes-Cantor model)の論理と導出
  • 距離法のもとでの「樹長」の算出方法について
7)2013年11月7日[休講]※分子系統ワークショップ(つくば)開催のため   
→ 補講日:12月7日(土)5〜6限@5号館B110教室
  • MEGA5を用いた最小進化法の解説
  • 最節約基準のもとでの系統樹の樹形推定と祖先形質状態の復元方法の解説
  • MEGA5 を用いた最節約法の実習
8)2013年11月14日[休講]※数理統計短期集合研修(つくば)開催のため   
→ 補講日:12月7日(土)7〜8限@5号館B110教室
  • 最節約法の続き.最適樹形探索の方法と〈MEGA 5〉による実習
  • 最尤法の原理についての説明
9)2013年11月21日
  • パラメトリック統計学についての講義
  • 〈MEGA5〉を用いた最尤系統樹推定の実習
10)2013年11月28日
  • 最尤法による分子系統推定のための分子進化モデルの選択についての解説
  • 統計モデルの概論と尤度によるデータとモデルの適合度の評価
  • AICによる分子進化モデル選択論
11)2013年12月5日
  • 合意樹(consensus tree)の計算方法に関する追加説明
  • 分子系統樹を用いた形態形質の復元について
12)2013年12月12日
  • 系統推定における信頼性評価法の解説
  • ブーツストラップ法の原理の説明と MEGA 5 を用いての実習
13)2013年12月19日
  • ベイズ統計学に関する解説
  • Bayesian Coin Tosser と MC Robot による Bayesian MCMC の実習
14)2014年1月9日
15)2014年1月16日
  • MrBayes の補足説明と TreeView のインストール
  • 総括
※)2013年12月7日(土)補講(二回分)13:00〜16:50(5〜8限)@5号館B110教室
  • 分子系統推定に関する実習(距離法・最節約法・最尤法)

※講義時間は毎週木曜第3〜4限(11:00〜12:50),教室は大学8号館322教室

※毎回の講義ではパソコン(Windows PC)を用いた実習を行なう.実習で用いるソフトウェアやデータはそのつどUSBメモリーで配布する.

※本講義に関する質問回答と情報提供にはツイッターのハッシュタグ #tmgw_evolve を用います.受講生はツイッターのアカウント取得の上,三中信宏( @leeswijzer )のフォローをしてください.


2013年夏学期・茨城大学大学院理工学研究科〈系統分類学特講〉配布資料(pdf)

※〈系統分類学特別演習〉の配布資料ならびに使用ソフトウェアについては別途連絡する.


2012年度・玉川大学農学部「分子系統進化学」講義ハンドアウト
1)2012年9月20日(木)→配布資料参考図書リスト
  • 講義全体のガイダンスと使用ソフトウェアの紹介
    1. MEGA 5: 距離法・最節約法・最尤法による分子系統推定ソフトウェア
    2. MrBayes: ベイズ法による分子系統推定ソフトウェア
    3. SplitsTree 4: 系統ネットワーク推定ソフトウェア
    4. PhyloWidget: 系統樹描画ツール
    5. TreeView: 系統樹描画ツール
  • 体系学概論:分類思考と系統樹思考
2)2012年9月27日 → 当日資料配布
  • 系統学概論(1)
  • MEGA 5〉のインストールと動作確認
  • 視覚言語としての系統樹とその情報単位
3)2012年10月4日 → 配布資料(pdf)
  • 系統学概論(2)
  • Java計算環境の構築と〈PhyloWidget〉のインストール
  • 〈PhyloWidget〉による系統樹の描画の演習1
4)2012年10月11日 → 配布資料(pdf)
  • 系統推定論(1)
  • 〈PhyloWidget〉による系統樹の描画の演習2
5)2012年10月18日
  • 分子配列のアラインメントと MEGA5 による実習
  • DNA塩基配列のテストデータに基づくサイトごとの情報性と配列間の「距離(非類似度)」の定義
  • 距離法(近隣結合法)に基づく分子系統樹の推定と描画
6)2012年10月25日
  • 塩基置換モデル(Jukes-Cantor model)の論理と導出
  • 距離法のもとでの「樹長」の算出方法について
7)2012年11月1日[休講]※分子系統ワークショップ(つくば)開催のため
  → 補講日:11月17日(土)3〜4限,教室「大9 - 501」
  • MEGA5を用いた最小進化法の解説
  • 最節約基準のもとでの系統樹の樹形推定と祖先形質状態の復元方法の解説
  • MEGA5 を用いた最節約法の実習
8)2012年11月8日[休講]※数理統計短期集合研修(つくば)開催のため
  → 補講日:12月1日(土)5〜6限,教室「大8 - 224」
  • 最節約法の続き.最適樹形探索の方法と〈MEGA 5〉による実習
  • 最尤法の原理についての説明
9)2012年11月15日 →配布資料
  • パラメトリック統計学についての講義
  • 〈MEGA5〉を用いた最尤系統樹推定の実習
10)2012年11月29日
  • 最尤法による分子系統推定のための分子進化モデルの選択についての解説
  • 統計モデルの概論と尤度によるデータとモデルの適合度の評価
  • AICによる分子進化モデル選択論
11)2012年12月6日
  • 系統推定における信頼性評価法の解説
  • ブーツストラップ法の原理の説明と MEGA 5 を用いての実習
  • 合意樹(consensus tree)の計算方法に関する追加説明
  • 分子系統樹を用いた形態形質の復元について
12)2012年12月13日
  • ベイズ統計学に関する解説
13)2012年12月20日
  • Mr Bayes のインストールとベイズ系統推定の実習
14)2013年1月10日
15)2013年1月17日
  • 分子系統学の応用:総括

※講義時間は毎週木曜第3〜4限(11:00〜12:50),教室は大学8号館221教室

※毎回の講義ではパソコン(Windows PC)を用いた実習を行なう.実習で用いるソフトウェアやデータはそのつどUSBメモリーで配布する.

※本講義に関する質問回答と情報提供にはツイッターのハッシュタグ #tmgw_evolve を用います.受講生はツイッターのアカウント取得の上,三中信宏( @leeswijzer )のフォローをしてください.


2011年度・玉川大学農学部「分子系統進化学」講義ハンドアウト
1)2011年9月22日→配布資料参考図書リスト
  • 講義全体のガイダンスと使用ソフトウェアの紹介
    1. MEGA 5: 距離法・最節約法・最尤法による分子系統推定ソフトウェア
    2. MrBayes: ベイズ法による分子系統推定ソフトウェア
    3. SplitsTree 4: 系統ネットワーク推定ソフトウェア
    4. Mesquite: 系統樹解析と形質進化解析のツール
    5. PhyloWidget: 系統樹描画ツール
    6. TreeView: 系統樹描画ツール
  • 分子系統学概論(1)
2)2011年9月29日→配布資料実習1
  • Java計算環境の構築と〈PhyloWidget〉のインストール
  • 視覚言語としての「系統樹」のもつ情報単位と描画コード化(Newick形式)の講義
3)2011年10月6日→配布資料実習2
  • 〈PhyloWidget〉を使った系統樹のNewick format の復習と系統樹グラフィクスの演習
  • 〈TreeView〉による系統樹の編集と描画
4)2011年10月13日→配布資料
  • MEGA 5〉のインストールと動作確認
  • 分子配列のアラインメントと MEGA5 による実習
5)2011年10月20日
  • DNA塩基配列のテストデータに基づくサイトごとの情報性と配列間の「距離(非類似度)」の定義
  • 距離法(近隣結合法)に基づく分子系統樹の推定と描画
6)2011年10月27日[休講]※分子系統ワークショップ(つくば)開催のため
  → 補講日:10月29日(土)5〜6限,9号館501教室
  • 塩基置換モデル(Jukes-Cantor model)の論理と導出 → 板書画像 1 / 2 / 3
  • 距離法のもとでの「樹長」の算出方法について
7)2011年11月3日
  • MEGA5を用いた最小進化法の解説
  • 最節約基準のもとでの系統樹の樹形推定と祖先形質状態の復元方法の解説
  • MEGA5 を用いた最節約法の実習
8)2011年11月17日※休講→配布資料
  • 最節約法の続き.最適樹形探索の方法と〈MEGA 5〉による実習
  • 最尤法の原理についての説明
9)2011年11月10日[休講]※数理統計短期集合研修(つくば)開催のため
  → 補講日:11月19日(土)3〜4限,8号館326教室※休講
  • パラメトリック統計学についての講義
  • 〈MEGA5〉を用いた最尤系統樹推定の実習
10)2011年11月24日
  • 最尤法による分子系統推定のための分子進化モデルの選択についての解説
  • 統計モデルの概論と尤度によるデータとモデルの適合度の評価
  • AICによる分子進化モデル選択論
11)2011年12月1日
  • 系統推定における信頼性評価法の解説
  • ブーツストラップ法の原理の説明と MEGA 5 を用いての実習
  • 合意樹(consensus tree)の計算方法に関する追加説明
12)2011年12月8日
  • 分子系統樹を用いた形態形質の復元について
13)2011年12月15日
  • 地理的分布と分岐年代推定についての講義
14)2012年1月12日 *new* 
  • 生物地理学・共進化解析などへの応用
  • 課題レポートの解説
  • 課題レポート ※2012年1月26日(木)提出締切※
※)2012年1月14日(土)補講(二回分)3〜6限@パソコン実習室(大学8号館222号室)
  • ベイズ統計学の解説
  • Bayesian Coin Tosser と MC Robot による Bayesian MCMC の実習
  • MrBayes を用いた分子系統樹のベイズ推定の実習
15)2012年1月19日
  • 総括と補足解説

※講義時間は毎週木曜第3〜4限(11:00〜12:50),教室は大学8号館324教室(10月13日以降は大学2号館406教室に変更).

※毎回の講義ではパソコン(Windows PC)を用いた実習を行なう.実習で用いるソフトウェアやデータはそのつどUSBメモリーで配布する.

※本講義に関する質問回答と情報提供にはツイッターのハッシュタグ #tmgw_evolve を用います.受講生はツイッターのアカウント取得の上,三中信宏( @leeswijzer )のフォローをしてください.


2011年度・信州大学理学部講義〈自然科学史〉

【講義の目的】 科学の歴史は,「科学」という時空的に変遷を遂げるオブジェクトが軌跡として残す系譜のパターンをたどり,その因果的プロセスを進行させる要因と制約条件に関する推論を要求する.「科学」そのものは定義不能な知的営為であり,グローバルに「科学とは何か」を問うこと自体が不毛な論議を招く.むしろ,科学者コミュニティが実際に行っている「科学」とは何か,そのパターンとプロセスを科学的に推論することが科学史の根幹である.したがって,グローバルな論議ではなく,ローカルな個別科学に入り込んで,その中でどのように「科学」が営まれているのかを考察する必要がある.オブジェクトとしての個別科学がたどる系譜は一般化された進化学的思考に基づく推論の対象である.科学史から得られた科学に関する知見は科学哲学に反映される.現実の科学がたどるパターンの記載に基づく科学哲学は,科学というプロセスに関する規範となり得る.そして,その規範は現場の科学者にとっての武器となる.科学・科学史・科学哲学の三者が入り交じったところに出現する科学のありさまを,生物科学と地球科学の実例をいくつか取り上げながら説明する.科学はたとえ進歩しなくても変遷する.その足取りを追跡するのが科学史に課せられた仕事である.

四日間にわたる集中講義の予定は下記のとおりである:

  • 2011年12月19日(月)午前・午後 ——
  • 科学を歴史的に理解すること

    1. 生きものとしての科学と科学者集団
    2. 系譜のパターンと因果のプロセス
    3. 科学的推論の様式:演繹・帰納・アブダクション
    4. 歴史を推定するための推論様式

  • 2011年12月20日(火)午前・午後 ——
  • 科学哲学から見た科学のすがた

    1. 科学哲学:グローバルからローカルへ
    2. さまざまな科学があること:一般化科学と歴史科学
    3. 統計科学とモデル選択:科学哲学への応用
    4. 記載と規範のはざまで

  • 2011年12月21日(水)午前・午後 ——
  • 生物科学・地球科学のケーススタディー

    1. 生物体系学:科学社会学の文脈の中で
    2. 社会生物学:真理は到達可能なのか
    3. ルイセンコ遺伝学:科学と政治の葛藤
    4. プレート・テクトニクス理論:科学者集団の動態

  • 2011年12月22日(木)午前 ——
  • 総括:進化する科学の系譜からわかること

    1. 科学史は科学哲学にとっての砥石である
    2. 科学哲学は科学者にとっての武器である
    3. 科学は科学者の集団的営為に他ならない

    参考文献リスト

    • W. Callebaut 1993. 『Taking the Naturalistic Turn or How Real Philosophy of Science Is Done』The University of Chicago Press, Chicago.
    • カルロ・ギンズブルグ[上村忠男訳]2001.『歴史・レトリック・立証』みすず書房,東京 → 目次・書評
    • カルロ・ギンズブルグ[上村忠男訳]2003.『歴史を逆なでに読む』みすず書房,東京 → 目次・書評
    • 藤岡毅 2010.『ルィセンコ主義はなぜ出現したか:生物学の弁証法化の成果と挫折』学術出版会,東京 → 目次書評
    • Christine Hine 2008.『Systematics as Cyberscience: Computers, Change, and Continuity in Science』The MIT Press[Series: Inside Technology], Massachusetts → 目次書評
    • David L. Hull 1988.『Science as a Process: An Evolutionary Account of the Social and Conceptual Development of Science』The University of Chicago Press, Chicago → 目次
    • 伊勢田哲治 2003.『疑似科学と科学の哲学』名古屋大学出版会,名古屋 → 目次
    • 三中信宏 1997. 『生物系統学』東京大学出版会,東京 → コンパニオン・サイト
    • 三中信宏 2003. 科学論は科学からみれば〈たわごと〉なのかもしれない. 生物科学, 55:10-14 → html
    • 三中信宏 2005. Ernst Mayr と Willi Hennig:生物体系学論争をふたたび鳥瞰する.タクサ(日本動物分類学会和文誌), (19): 95-101 → pdf(open access)
    • 三中信宏 2006.『系統樹思考の世界:すべてはツリーとともに』,講談社[現代新書1849],東京 → コンパニオン・サイト
    • 三中信宏 2007. 科学哲学は役に立ったか:現代生物体系学における科学と科学哲学の相利共生. 科学哲学(日本科学哲学会会誌), 40(1): 43-54 → pdf(open access)
    • 三中信宏 2009.『分類思考の世界:なぜヒトは万物を「種」に分けるのか』,講談社[現代新書2014],東京 → コンパニオン・サイト
    • 三中信宏 2010.『進化思考の世界:ヒトは森羅万象をどう体系化するか』日本放送出版協会[NHK Books 1164],東京 → コンパニオン・サイト
    • 三中信宏・鈴木邦雄 2002. 生物体系学におけるポパー哲学の比較受容. 所収:日本ポパー哲学研究会(編)『批判的合理主義・第2巻:応用的諸問題』, pp.71-124. 未來社,東京 → 目次
    • 都城秋穂 1998『科学革命とは何か』岩波書店,東京 → 目次書評
    • 森田邦久 2010『理系人に役立つ科学哲学』化学同人,京都 → 目次
    • サミール・オカーシャ[廣瀬覚訳]2008『1冊でわかる 科学哲学』岩波書店[〈1冊でわかる〉シリーズ],東京 → 目次
    • デイヴィッド・サルツブルグ[竹内惠行・熊谷悦生訳]2010.『統計学を拓いた異才たち:経験則から科学へ進展した一世紀』日本経済新聞出版社[日経ビジネス人文庫1143],東京 → 情報目次書評
    • ウリカ・セーゲルストローレ[垂水雄二訳]2005.『社会生物学論争史:誰もが真理を擁護していた(上・下)』みすず書房,東京 → 目次書評
    • エリオット・ソーバー[松本俊吉・網谷祐一・森元良太訳]2009.『進化論の射程:生物学の哲学入門』春秋社[シリーズ〈現代哲学への招待〉],東京 → 目次
    • エリオット・ソーバー[三中信宏訳]2010.『過去を復元する:最節約原理・進化論・推論』勁草書房,東京 → コンパニオン・サイト
    • 戸田山和久 2005. 『科学哲学の冒険:サイエンスの目的と方法をさぐる』日本放送出版協会[NHK Books 1022],東京 → 書評
    • 泊次郎 2008.『プレートテクトニクスの拒絶と受容:戦後日本の地球科学史』東京大学出版会,東京 → 目次書評

    ※注意※
    • 講義時間は「午前(9:00〜12:10)」と「午後(13:00〜16:10)」である.講義場所は理学部多目的ホール(A棟1階).

    • 上記のシラバスに沿ったハンドアウトは講義日に配布する.

    • 参考文献リストは本講義に深く関係する文献であるが,教科書として指定するものではない.比較的入手しやすい日本語文献を中心として,ダウンロード可能なドキュメントもあるので,図書館などを利用して事前に目を通しておくと講義の理解がより深まるだろう.

    •  *new* レポート課題は下記の通りである(提出締切は「2012年1月12日(木)」):

      1. 個々の「科学」が定義不能であるとはどういうことか? それらが時空的に変遷するオブジェクトであることと関連づけて答えよ.
      2. 本講義で取り上げた事例を参考にして,科学・科学史・科学哲学の相互関係について考えを述べよ.

2011年夏学期・東京大学大学院農学生命科学研究科での講義〈保全生態学特論〉配布資料(pdf)

2010年度・玉川大学農学部「分子系統進化学」講義ハンドアウト
0)2010年9月30日配布
  • 講義全体のガイダンスと使用ソフトウェアの紹介
  • 分子系統学概論
1)2010年10月7日配布実習1
  • 視覚言語としての「系統樹」のもつ情報単位と描画コード化(Newick形式)の講義
  • 〈TreeView〉による系統樹の編集と描画
2)2010年10月14日配布実習2
  • Java計算環境の構築
  • 〈PhyloWidget〉を使った系統樹のNewick format の復習と系統樹グラフィクスの演習
3)2010年10月21日配布
  • MEGA 4〉のインストール
  • DNA塩基配列のテストデータに基づくサイトごとの情報性と配列間の「距離(非類似度)」の定義
  • 距離法(近隣結合法)に基づく分子系統樹の推定と描画
4)2010年10月28日
  • 分子配列のアラインメントと距離法(NJとUPGMA)による系統樹推定の考え方と MEGA4 による実習
5)2010年11月4日
  • 距離法に関連する ultrametric tree と additive tree の解説
  • 距離法のもとでの「樹長」の算出方法について
  • MEGA4を用いた最小進化法の解説
休講)2010年11月11日
7)2010年11月18日配布
  • 最節約基準のもとでの系統樹の樹形推定と祖先形質状態の復元方法の解説
  • MEGA4 を用いた最節約法の実習
8)2010年11月25日
  • 最節約法の続き.最適樹形探索の方法と〈MEGA 4〉による実習
  • 最尤法のイントロを解説
  • 〈MEGA 5〉のインストール
9)2010年12月2日
  • パラメトリック統計学についての講義
  • 「最尤法」の原理についての説明
  • 〈MEGA5〉を用いた最尤系統樹推定の実習
補講)2010年12月4日(土)※5号館243教室(13:00〜14:50)
  • 最尤法による分子系統推定のための分子進化モデルの選択についての解説
  • 統計モデルの概論と尤度によるデータとモデルの適合度の評価
  • AICによる分子進化モデル選択論
10)2010年12月9日
  • 系統推定における信頼性評価法の解説
  • ブーツストラップ法の原理の説明と MEGA 5 を用いての実習
  • 合意樹(consensus tree)の計算方法に関する追加説明
11)2010年12月16日
  • 形態測定学の基本原理の解説
  • 分子系統樹を用いた形態形質の復元について
  • tpsSplin / tpsRegr / tpsTree を用いた実習
12)2011年12月23日
  • 地理的分布と分岐年代推定についての講義
13)2011年1月13日
  • ベイズ統計学の解説
  • Bayesian Coin Tosser と MC Robot による Bayesian MCMC の実習
  • MrBayes を用いた分子系統樹のベイズ推定の実習
14)2011年1月20日
  • 総括と補足解説(分子系統樹による生物資源探索/tpsTree)
  • 課題レポートの解説
  • 課題レポート課題データ ※2010年1月27日(木)提出締切※

※講義時間は毎週木曜第3〜4限(11:00〜12:50),教室は農学部8号館221教室

※本講義に関する質問回答と情報提供にはツイッターのハッシュタグ #tmgw_evolve を用います.受講生はツイッターのアカウント取得の上,三中信宏( @leeswijzer )のフォローをしてください.

※本講義に関する「学生による授業評価アンケート集計」を公開しました(2011年10月14日).


・東京大学大学院農学生命科学研究科での講義〈保全生態学特論〉(2005年夏学期)における配布資料

講義シラバス(2005年)

実際に講義された内容(2005年)


・東京大学大学院農学生命科学研究科での講義〈保全生態学特論〉(2003年夏学期)における配布資料

講義シラバス(2003年)

実際に講義された内容(2003年)


Last Modified: 4 July 2016 by MINAKA Nobuhiro