三中信宏（MINAKA Nobuhiro）

所属・職名

• 人間環境大学総合環境学部フィールド自然学科　教授・学科長
• 東京農業大学農学部生物資源開発学科　客員教授

業績リスト

英文原著論文［査読あり］

1. Sadaharu Morinaka, Erniwati, Nobuhiro Minaka, and Tadashi Miyata : Unpalatability of Delias butterflies (Lepidoptera: Pieridae) in the highlands of New Guinea: between-species variation in unpalatability. Biogeography, 21: 22-26.（2019.9）
2. Sadaharu Morinaka, Erni Erniwati, Nobuhiro Minaka and Tadashi Miyata : Müllerian mimetic radiation of Delias butterflies (Lepidoptera: Pieridae) in Bali and Timor. Entomological Science, DOI: 10.1111/ens.12318, 21 June 2018（2018.6） abstract | pdf
3. Sadaharu Morinaka, Erni Erniwati, Nobuhiro Minaka, Tadashi Miyata and Sugihiko Hoshizaki: Phylogeography of the Delias hyparete species group (Lepidoptera: Pieridae): complex historical dispersals into and out of Wallacea. Biological Journal of the Linnean Society, 121: 576-591 (2017.3) doi: 10.1093/biolinnean/blx015 abstract | pdf
4. Yuki Mitsui, Michihiko Shimomura, Kenji Komatsu, Nobukazu Namiki, Mari Shibata-Hatta, Misaki Imai, Yuichi Katayose, Yoshiyuki Mukai, Hiroyuki Kanamori, Kanako Kurita, Tsutomu Kagami, Akihito Wakatsuki, Hajime Ohyanagi, Hiroshi Ikawa, Nobuhiro Minaka, Kunihiro Nakagawa, Yu Shiwa and Takuji Sasaki: The radish genome and comprehensive gene expression profile of tuberous root formation and development. Scientific Reports, 5: 10835; doi: 10.1038/srep10835 (2015) html | pdf
5. Hisakazu Matsumura, Hiroshi Kitajima, Shinji Akada, Jun Abe, Nobuhiro Minaka, Ryoji Takahashi: Molecular cloning and linkage mapping of cryptochrome multigene family in soybean. The Plant Genome, 2(3): 271-281 (2009.11) abstract | pdf
6. Majid OLIA, Wasim AHMAD, Masaaki ARAKI and Nobuhiro MINAKA: Molecular characterisation of some species of Mylonchulus (Nematoda: Mononchida) from Japan and comments on the status of Paramylonchulus and Pakmylonchulus. Nematology, 11(3): 337-342. （2009.5）abstract | pdf
7. Majid Olia, Wasim Ahmad, Masaaki Araki, Nobuhiro Minaka, Hirosuke Oba and Hiroaki Okada：Actus salvadoricus Baqri and Jairajpuri (Monochida: Mylonchulidae) from Japan with comment on the phylogenetic position of the genus Actus based on 18S rDNA sequences. Japanese Journal of Nematology, 38(2):57-69. (2008.12)
8. Takahashi, R., H. Matsumura, S. Watanabe, K. Harada, M. Senda, S. Akada, S. Kawasaki, E. Doubouzet and N. Minaka：Molecular linkage mapping and phylogeny of chalcone synthase multigene family in soybeen. Theoretical and Applied Genetics, 110: 1203-1209. (2005.3) abstract
9. Fujiwara, S., M. Kawachi, N. Minaka, I. Inouye and M. Tsuzuki： Molecular phylogeny of the Prymnesiophyta based on the rbcL gene and sequence variation in the spacer region of the RuBisCO operon. Journal of Phycology, 37: 121-129. (2001.5)
10. Kanematsu, S., N. Minaka, T. Kobauashi, A. Kudo and Y. Ohtsu：Molecular Phylogenetic Analysis on Ribosomal DNA Internal Transcribed Spacer Regions and Comparison of Fertility in Phomopsis Isolates from Fruit Trees. Journal of General Plant Pathology 66(3): 191-201 (2000.8)
    
11. Morinaka, S., N. Minaka, M. Sekiguchi, E. Erniwati, S.N. Prijono, I.K. Ginarsa and T. Hidaka： Molecular phylogeny of birdwing butterflies of the tribe Troidini (Lepidoptera: Papilionidae) - using all species of the genus Ornithoptera. Biogeography, 2: 103-111. [2000.10]
12. Reyment, R.A. and N. Minaka：A note on reiterated phenotypes in species of Neogastroplites (Ammonoidea, Cenomanian, Cretaceous). Cretaceous Research, 21: 173-175. (2000.7)
13. Sameshima, S., E. Hasegawa, O. Kitade, N. Minaka and T. Matsumoto：Phylogenetic comparison of endosymbionts with their host ants based on molecular evidence. Zoological Science, 16: 993-1000. (1999.12)
14. Fujita, N., A. Kubo, P.B. Francisco, M. Nakakita, K. Harada, N. Minaka and Y. Nakamura：Purification, characterization and cDNA structure of isoamylase from developing endosperm of rice. Planta, 208: 283-293.(1999.4)
15. Masuchi, Y., A. Sugai, N. Minaka, Y.H. Itoh, T. Itoh, I. Karube：Isoprenoid synthesis gene for geranylgeranyl diphosphate synthase from a hyperthermophile, Pyrococcus sp. strain OT3. Journal of Marine Biotechnology, 6(4): 201-205 (1998.10)
16. Shimamoto, I., P. Vazquez, S. Sonoda, N. Minaka and M. Nishiguchi： Nucleotide sequence analysis of the 3' terminal region of a wasabi strain of tomato mosaic vieus (TMV-W) genomic RNA: subgrouping of crucifer tobamoviruses. Archive of Virology, 143: 1801-1813 (1998.10)
17. Toriyama, S., T. Kimishima, M. Takahashi, T. Shimizu, N. Minaka and K. Akutsu：The complete nucleotide sequence of the rice grassy stunt virus genome and genomic comparisons with viruses of the genus Tenuivirus. Journal of General Virology, 79: 2051-2058 (1998.8)
18. Minaka, N.：Classification and phylogeny: cognitive taxonomy and inferential phylogenetics. Actinomycetologica, 10(2): S1-S2 (1996.12)
19. Chikuni, K., N. Minaka and H. Ikenaga. 1996. Molecular phylogeny of the Passeriformes, based on the cytochrome b sequences. Journal of Yamashina Institute for Ornithology, 28(1): 1-8 (1996.3)
20. Hanazawa, M., H. Narushima and N. Minaka: Generating most parsimonious reconstructions on a tree: a generalization of the Farris-Swofford-Maddison method. Discrete Applied Mathematics, 56:245-265 (1995.3) html | pdf
21. Fujiwara, S., M. Sawada, J. Someya, N. Minaka, M. Kawachi and I. Inouye：Molecular phylogenetic analysis of rbcL in the Prymnesiophyta. Journal of Phycology, 30: 863-871. (1994.12)
22. Minaka, N.：Algebraic properties of the most parsimonious reconstructions of the hypothetical ancestors on a given tree. Forma, 8(2):277-296. (1993.12) abstract
23. Fujiwara, S., H. Iwahashi, J. Someya, S. Nishikawa and N. Minaka：Structure and cotranscription of the plastid-encoded rbcL and rbcS genes of the marine haptophyte, Pleurochrysis carterae. Journal of Phycology, 29: 347-355.(1993.6)
24. Minaka, N. : Cladograms and reticulated structures: a proposal for graphic representation of cladistic structures. Bulletin of the Biogeographical Society of Japan, 45:1-10. (1990.12)
25. Minaka, N. : Order and causality: logical and biological implications of cladistic strtuctures. Bulletin of the Biogeographical Society of Japan, 43:79-85. (1988.12)
26. Minaka, N.: Branching diagrams in cladistics:their definitions and implications for biogeographic analyses. Bulletin of the Biogeographical Society of Japan, 42:65-78. (1987.12)

英文著書［査読あり］

1. Nobuhiro Minaka: Tree and network in systematics, philology, and linguistics – Structural model selection in phylogeny reconstruction. Pp. 9-26 in: Ritsuko Kikusawa and Lawrence A. Reid (eds.), Let’s Talk about Trees: Tackling Problems in Representing Phylogenic Relationships among Languages. Senri Ethnological Studies: 98. National Museum of Ethnology, Ōsaka. (March 2018) pdf
2. Nobuhiro Minaka: Chain, tree, and network — The development of phylogenetic systematics in the context of genealogical visualization and information graphics. Pp. 410-430 in: David M. Williams, Michael Schmitt, and Quentin D. Wheeler (eds.), The Future of Phylogenetic Systematics — The Legacy of Willi Hennig. Cambridge University Press, Cambridge (June 2016)

和文論文［査読あり］

1. 三中信宏・岩田洋佳・伊達康博・曹巍・Harshana Habaragamuwa・桂樹哲雄・小林暁雄・山中武彦・櫻井玄 2023. 農学における生物統計学：農業データ解析のルーツから見ていく現代の農学と統計学［日本計量生物学会40周年記念論文］。計量生物学 44(1): 55-82.（2023.10）
2. 三中信宏：統計学と哲学：データ解析の行間を読む．応用数理（日本応用数理学会和文誌）, 32(2):80-86 DOI: https://doi.org/10.11540/bjsiam.32.2_80 | abstract https://www.jstage.jst.go.jp/article/bjsiam/32/2/32_80/_article/-char/ja | pdf https://www.jstage.jst.go.jp/article/bjsiam/32/2/32_80/_pdf/-char/ja [open access]（2022.6）
3. 三中信宏：R，Rコマンダー，RStudio を用いたデータの可視化と統計プログラミング．［講座］環境の分析技術・データ解析・モデル化講座 II. 環境のデータ解析・モデル化．環境技術（環境技術学会和文誌）50(2): 49-53（2021.3）
4. 三中信宏：再現可能性ははたして必要なのか：P値問題から垣間見る科学研究の多様性．計量生物学, 38(2): 117-125. (2018.3)［Minaka, N.: Reproducibility crisis? —— Diversity of science and the p-value problem in statistics. Japanese Journal of Biometrics, 38(2): 117-125, March 2018（In Japanese with English abstract）］abstract | pdf
5. 三中信宏：統計学の現場は一枚岩ではない. 心理学評論, 59(1): 123-128. (2016.8) ［Minaka, N.: The actualities of statistics are not monolithic. Japanese Psychological Review, 59(1): 123-128, August 2016（In Japanese with English abstract）］特集〈心理学の再現可能性：我々はどこから来たのか　我々は何者か　我々はどこへ行くのか〉abstract | pdf
6. 三中信宏：分岐分類学の生物地理学への適用：分岐図、成分分析および最節約原理. 日本生物地理学会会報, 48(2):1-27 (1993.12) ［Minaka, N.: Cladistics and biogeographic methods: cladograms, components, and parsimony. Bulletin of the Biogeographical Society of Japan, 48(2), 1-27. (1993.12) （In Japanese with English abstract）］
7. 三中信宏：歴史生物地理学における分断概念：地域分岐図の構築に関する系統推定論上の問題点. 植物分類・地理, 44(2): 151-184 (1993.12) ［Minaka, N.: Vicariance in historical biogeography : Analytical problems in reconstructing area cladograms. Acta Phytotaxonomica et Geobotanica, 44(2):151-184 (1993.12) （In Japanese with English abstract）］pdf
8. 三中信宏：組合せ論的視点から見た系統推定：最節約法と離散数学の接点.　千葉県立中央博物館自然誌研究報告, 2(2): 83-98 (1993.3)［Minaka, N.: Parsimony, phylogeny and discrete mathematics: Combinatorial problems in phylogenetic systematics. Journal of the Natural History Museum and Institute,Chiba, 2(2): 83-98. (1993.3)（In Japanese with English abstract）］

和文著書

1. 三中 信宏：『読書とは何か —— 知を捕らえる15の技術』河出書房新社［河出新書・046］，東京, 292 pp.（2022.1）
2. 三中 信宏：『読む・打つ・書く —— 読書・書評・執筆をめぐる理系研究者の日々』東京大学出版会，東京, xiv+349 pp.（2021.6）
3. 三中 信宏：言語と生物の系統推定を共通の土俵の上で論じる．日本歴史言語学会『歴史言語学・第7号』大学教育出版，岡山, pp. 93-103（2018.12）
4. 三中 信宏：歴史科学としての現代考古学の成立 —— 研究者ネットワークと周辺分野との関係について．所収：阿子島香・溝口孝司（監修）『ムカシのミライ：プロセス考古学とポストプロセス考古学の対話』勁草書房，東京, pp.151-168
5. 三中 信宏：『統計思考の世界：曼荼羅で読み解くデータ解析の基礎』技術評論社，東京（2018.6）
6. 三中 信宏：『系統体系学の世界：生物学の哲学とたどった道のり』勁草書房，東京（2018.4）
7. マニュエル・リマ［三中 信宏監訳｜手嶋由美子訳］『The Book of Circles — 円環大全：知の輪郭を体系化するインフォグラフィックス』ビー・エヌ・エヌ新社，東京（2018.2）
8. 三中 信宏：「考古学は進化学から何を学んだのか — 型式学の成立をめぐって」pp. 125-165. 所収：中尾央・松木武彦・三中信宏（編著）『文化進化の考古学』勁草書房，東京（2017.8）
9. 三中 信宏：『思考の体系学：分類と系統から見たダイアグラム論』春秋社，東京（2017.4）
10. 三中 信宏：分岐図と系統樹（項目執筆）．日本植物学会（編）『植物学の百科事典』丸善出版，東京 （2016.6）
11. 三中 信宏：「路上観察学」的アンテナを張りめぐらす．所収：岩波書店編集部（編）『科学者の目、科学の芽』pp. 108-111. 岩波書店［岩波科学ライブラリー・248］, 東京 （2016.4）
12. 三中 信宏：『みなか先生といっしょに 統計学の王国を歩いてみよう：情報の海と推論の山を越える翼をアナタに！』羊土社，東京（2015.5）companion site
13. 三中 信宏：「生物の分類や進化は科学的に研究できるのか？」所収：山本貴光（編）『サイエンス・ブック・トラベル — 世界を見晴らす100冊』pp.92-97. 河出書房新社, 東京（2015.3）
14. マニュエル・リマ［三中 信宏訳］：『THE BOOK OF TREES — 系統樹大全：知の世界を可視化するインフォグラフィクス』ビー・エヌ・エヌ新社，東京（2015.3）companion site
15. 三中 信宏（監修）・杉山久仁彦（著）：『生命の樹から系統樹へ／系統樹の森を逍遥して想うこと』，神戸芸術工科大学〈系統樹の森：芸術工学とインフォグラフィックス〉大阪展図録（2014.11）
16. 三中 信宏：生物・言語・写本：系統推定論の歴史とその普遍性について．所収：松田隆美・徳永聡子（編著）『世界を読み解く一冊の本』pp. 219-239．慶應義塾大学出版会［平成25年度極東証券寄付講座〈文献学の世界〉］，東京 （2014.10）
17. キャロル・K・ヨーン著［三中 信宏・野中香方子訳］『自然を名づける：なぜ生物分類では直感と科学が衝突するのか』NTT出版，東京（2013.9）companion site
18. 三中 信宏：成長と進化思考．所収：高桑和巳（編）『成長：生命の教養学IX』pp. 223-250. 慶應義塾大学出版会，東京（2013.9）
19. 三中 信宏（文）・杉山久仁彦（図版）：『系統樹曼荼羅：チェイン・ツリー・ネットワーク』NTT出版，東京.（2012.11）companion site
20. 三中 信宏（編著）：別冊日経サイエンス185号『進化が語る 現在・過去・未来』日経サイエンス社，東京（2012.6）
21. 中尾 央・三中 信宏（編著）：『文化系統学への招待：文化の進化パターンを探る』勁草書房，東京（2012.5）companion site
22. 三中 信宏：日本進化学会（編）『進化学事典』共立出版．項目執筆と編集作業．担当項目：種概念（pp. 762-765），分類学（pp. 872-877），生物地理学（pp. 891-895），形態測定学（pp 740-745），進化学の歴史（pp. 898-904），収斂（pp. 723-724）．（2012.4）
23. ハインツ・ホライス，矢沢 潔，三中 信宏，河田 雅圭，長野 敬：『眠れなくなる進化論の話：ダーウィン、ドーキンズから現代進化学まで全部みせます』技術評論社，東京．（2012.1）
24. 三中 信宏：「本で学ぶ」ことを学ぶ．所収：「科学」編集部（編）『科学者の本棚：『鉄腕アトム』から『ユークリッド原論』まで』pp. 29-32. 岩波書店，東京（2011.9）
25. 三中 信宏：『進化思考の世界：ヒトは森羅万象をどう体系化するか』日本放送出版協会［NHK Books 1164］, 東京 （2010.9）companion site
26. 三中 信宏：系譜学的思考の起源と展開：系統樹の図像学と形而上学．所収：松本俊吉（編）『進化論はなぜ哲学の問題になるのか：生物学の哲学の現在』pp.141-161．勁草書房，東京 (2010.7)
27. エリオット・ソーバー著［三中 信宏訳］：『過去を復元する：最節約原理・進化論・推論』（翻訳：Elliott Sober (1988), Reconstructing the Past: Parsimony, Evolution, and Inference）勁草書房，東京 (2010.4) companion site
28. 三中 信宏：『分類思考の世界：なぜヒトは万物を「種」に分けるのか』講談社［現代新書2014］, 東京（2009.9）companion site
29. スコット・カマジン，ジャン-ルイ・ドノブール，ナイジェル・R・フランクス，ジェームス・シュナイド，ギ・テロラ，エーリック・ボナボ著［松本 忠夫・三中 信宏訳］：『生物にとって自己組織化とは何か：群れ形成のメカニズム』海游舎，東京（2009.4）
30. 三中 信宏：『系統樹思考の世界：すべてはツリーとともに』，講談社［現代新書1849］, 東京 （2006.7）companion site
31. 三中 信宏：生物形態とその変形をどのように定量化するか：幾何学的形態測定学への道. 所収：関村利朗・野地澄晴・森田利仁（編）『生物の形の多様性と進化：遺伝子から生態系まで』pp.313-328. 裳華房, 東京 (2003,6)
32. 三中 信宏・鈴木 邦雄：生物体系学におけるポパー哲学の比較受容. 所収：日本ポパー哲学研究会（編）『批判的合理主義・第2巻：応用的諸問題』, pp.71-124. 未來社，東京. (2002.8)
33. 三中 信宏：形態測定学. 所収：棚部一成・森啓（編）〈古生物の科学〉第2巻：『古生物の形態と解析』pp.61-99, 朝倉書店, 東京 (1999.12)
34. 三中 信宏：系統分類学の原理と方法. 所収：速水格・森啓（編）『古生物の科学』第1巻：『古生物の総説・分類』pp.60-68, 朝倉書店, 東京 (1998.9)　
35. 長谷川 眞理子・三中 信宏・矢原 徹一：『現代によみがえるダーウィン』，ダーウィン著作集第1期・別巻1, 文一総合出版, 東京 (1999.4)
36. 三中 信宏：『生物系統学』 東京大学出版会, 東京 (1997.12) companion site
37. エリオット・ソーバー著［三中 信宏訳］：『過去を復元する：最節約原理・進化論・推論』蒼樹書房, 東京 (1996.7) companion site
38. 三中 信宏：分岐分析にもとづく系統推定の論理とその応用：系統樹推定と祖先形質復元. 所収：馬渡峻輔（編）『動物の自然史：現代分類学の多様な展開』pp.183-203, 264-266. 北海道大学図書刊行会, 札幌 (1995.12)
39. Ｄ．マクファーランド編［木村 武二監訳（浦野 明央・桜井 勝・堂前 雅史・林 進・樋口 広芳・廣野 喜幸・町田 武生・松本 明・松本 忠夫・三中 信宏・山内 兄人・和田 勝 共訳）］：『オックスフォード動物行動学辞典』どうぶつ社, 東京 (1993.11)
40. スティーヴン・ジェイ・グールド著［渡辺 政隆・三中 信宏訳］：『ニワトリの歯：進化論の新地平（上・下）』早川書房, 東京 (1988.10)

和文総説（過去15年分）

1. 三中 信宏：系統学の舞台は変転する —— 進化の可視化と数学をめぐって．特集〈進化論の現在 —— ポスト・ヒューマン時代の人類の地球の未来〉．現代思想2021年10月号, pp. 13-22（2021.10）
2. 三中 信宏：鳥獣戯画の体系学 —— 架空生物の分類と系統．特集〈《鳥獣戯画》の世界〉．ユリイカ2021年4月号, pp.227-234（2021.4）
3. 三中 信宏：字体と書体と字形の系統樹 —— 進化する文字世界を鳥瞰する．特集〈書体の世界〉 ．ユリイカ2018年10月号・特集〈図鑑の世界〉青土社, pp.70-77（2018.10）
4. 三中 信宏：体系化と視覚化 —— 図鑑に見るヴィジュアル思考の背景．特集〈図鑑の世界〉 ．ユリイカ2020年2月号：特集＝書体の世界, pp.156-164（2020.2）
5. 三中 信宏：文化系統と文化進化：継承のパターンからプロセスを推論する．現代思想, 2016年5月号，pp. 178-187（2016.4）
6. 三中 信宏：絶滅は進化の影絵である：系統発生を可視化する論理について．現代思想・2015年9月号，pp.176-185（2015.8）
7. 三中 信宏：昆虫分類学若手懇談会：40 年にわたる歴史から見えてくる展望．特集〈分類学の過去・現在・未来〉．Panmixia（昆虫分類学若手懇談会）no. 18: 3-9（2015.5）
8. 三中 信宏：世界を覆い尽くす系統樹の森：グラフィクスとインフォマティクス．インベントリー（農業環境技術研究所）no. 12: 5-10（2014.9）pdf
9. 三中 信宏：南方曼陀羅：世界を体系化するある思惟の図像的背景．特集〈南方熊楠：森の巨人がまいた胞子〉，科学（岩波書店），2013年8月号: 906-909（2013.8）CiNii | pdf
10. 三中 信宏：知識の樹：図書分類と生物分類は共通のルーツをもつ. 現代の図書館，48(4): 262-269. (2011.1) CiNii
11. 三中 信宏：系譜の存在パターンと進化の生成プロセス．Pp. 208-226［英文要旨，p. 336］．所収：東浩紀（編）『思想地図β・第1巻』，コンテクチュアズ，東京．（2011.1）
12. 三中 信宏：生物多様性と「種」問題：分類する者と分類される物のはざまで. ビオストーリー（生き物文化誌学会），13: 21-27. (2010.6)
13. 三中 信宏：分子系統学：最近の進歩と今後の展望. 植物防疫，63(3): 192-196. (2009.3) NDL | pdf
14. 三中 信宏：幾何学的形態測定学：「かたち」の数理と統計の最前線. 日本数理生物学会ニュースレター，no. 57, pp. 6-13. (2009.2) pdf
15. 三中 信宏：「種」概念の光と闇：概念の分類ではなく，その出自をたどろう．生物科学, 59(4): 238-243. (2008.5)
16. 三中 信宏：進化生物学と統計科学：系統樹の推定をめぐって. 計量生物学，28（特別号1）: S25-S34. (2007.10) CiNii | pdf
17. 三中 信宏：科学哲学は役に立ったか：現代生物体系学における科学と科学哲学の相利共生. 科学哲学, 40(1): 43-54. (2007.7) CiNii | pdf
18. 三中 信宏：サイエンスとアートのはざまで図像を読みとる：系統樹をめぐるリテラシー．InterCommunication, (60):62-73. (2007.2)
19. 三中 信宏：進化学と生物学哲学の視線の交わり．遺伝・別冊（NTS）, no. 20, pp. 144-145. (2007.1)
20. 三中 信宏：Ernst Mayr と Willi Hennig：生物体系学論争をふたたび鳥瞰する．タクサ（日本動物分類学会和文誌）, (19): 95-101（2005.8）CiNii | pdf
21. 三中 信宏：新たなる「系統学革命」の波：普遍的思考としての生物進化について．InterCommunication, (53): 32-38. (2005.7)
22. 三中 信宏：非生物だって進化する：歴史推定の普遍的方法論について．遺伝，59(1): 97-103（2005.1）

研究概要

1. 【系統樹概念に関わる数理系統学的研究】生物の系統発生は，祖先子孫関係あるいは姉妹群関係によって順序づけられた系統樹という代数的離散構造として数学的に定式化できる．とくに，系統発生の基本モデルとしてのツリー構造とネットワーク構造，ならびにそれらの間の関係の総体を，半順序関係に基づく公理的体系として構築できた．さらに，系統樹の上で復元される仮想共通祖先の形質状態に関しても，離散数学における一問題とみなすことによりその一般的解決が可能になった．生物がかたちづくる系統発生の背後にある数学的構造とその統計学的性質を明らかにすることを目指している．
2. 【生物多様性の系統学的可視化とインフォグラフィクス】生物系統学の長い歴史のなかで用いられてきたさまざまなダイアグラム（チェイン・ツリー・ネットワーク・マップ）の図像の歴史とその汎用性ならびに用途を調べることにより，系統関係の可視化にとってより有効なインフォグラフィクスの理論を構築する．
3. 【系統樹推定に関わる計算系統学的研究】コンピュータを用いた系統樹の構築は，端点集合（実際に形質情報が得られた生物の集合）のもとである目的関数（最節約基準や最尤基準など）を最大化・最小化するグラフを求めるという離散最適化問題とみなすことができる．この問題は，現代数学の中でも最難度の「NP完全問題」のひとつであり，端点数が増大したときにリーズナブルな計算時間内で最適解に到達することは現時点では不可能である．したがって，発見的探索アルゴリズムを改良することで，現実の系統樹推定にかかる時間を低減させるしかない．ところが，いま用いられているさまざまな系統推定ソフトウェアは端点集合のサイズの上限がたかだか数千までにとどまっており，今後増大し続けるデータの規模に対応できていない．そこで，数万の端点をもつ場合にも対応できるような，巨大系統樹を推定するための新しい系統推定アルゴリズムを現在開発し，現実の微生物などの分子系統解析への適用を試みている．
4. 【系統樹思考に関わる生物学哲学的研究】生物多様性を理解するためのより所として，ツリーあるいはネットワークを採用することは，生物系統学の根幹に関わる基本モデルの仮定にほかならない．生物系統学はより一般的な歴史分析のひとつの発現であると見なされる．歴史科学がサイエンスとしてどのような位置づけをもつのか，生物の系統発生や進化のような個別事象に関わる仮説のテスト可能性あるいは妥当性をどのように哲学的に基礎づければよいのかという問題は，生物学と科学哲学の接点にある古くて新しい問題群である．観察されたデータのもとでの最適解の優位性をアブダクションという推論様式の観点から擁護しようと現在考察を進めている．
5. 【幾何学的形態測定学の理論と応用】生物など対象物の形状のもつ幾何学的形状を定量的に解析するための数学的・統計学的な理論の開発とともに，実際の対象物のデータ取得から解析にいたる実践的手法の確立を目指している．

履歴

受賞歴

• 1993年度日本生物地理学会賞受賞（首席）
• 2003年度日本進化学会・教育啓蒙賞
• 2021年度日本計量生物学会・功労賞ならびに名誉会員

学会役職

日本生物地理学会副会長（2000年〜），日本進化学会事務幹事長（2006年〜2007年），同評議員（2008年〜），The Willi Hennig Society Fellow（2007年〜），日本計量生物学会編集担当理事（2001年〜），日本分類学会連合メーリングリスト担当理事（2003年〜），国際系統進化生物学機構（IOSEB）Council Member（2002年〜2011年），国際計量生物学会（IBS）Council Member（2000〜2003年），日本学術会議自然保護研究連絡委員会委員（1991〜2000年）．

教育歴

• 大学での非常勤講義 —— 東京大学大学院理学系研究科（生物統計学，2016年〜現在）；東京都立大学都市環境学部（統計学［観光科学特別研究］2020年〜現在）；武蔵野美術大学視覚伝達デザイン学科（デザイン特別演習 I，2022年〜2023年）；茨城大学農学部（統計学入門：2021年〜2022年）；東京農業大学応用生物科学部（実験データー解析概論／生物統計学，2011〜2015年）；東京大学理学部（生物統計学，2007〜2015年），東京大学大学院農学生命科学研究科（保全生態学特論：集中講義15時間，2003年〜2019年※隔年開講）；首都大学東京大学院理工学研究科（生命科学特論：集中講義30時間，2001年〜2019年）；横浜国立大学大学院環境情報研究院グローバルCOE特設講義（統計道場，集中講義30時間，2008年〜2017年）．
• 国立ならびに都道府県の農林水産関係試験研究機関における統計研修 —— 大分県農林水産研究指導センター主催「数理統計研修（基礎編）」（2011年〜現在），石川県農林総合研究センター主催「統計研修」（2023年），宮崎県総合農業試験場主催「数理統計研修」（2012年〜2016年, 2023年），農研機構九州沖縄農業研究センター主催「Rを用いた統計データ解析」（2019年），兵庫県立農林水産技術総合センター主催「平成30年度試験研究能力向上研修会」（2019年），熊本県農業研究センター（2014年〜2017年），奈良県農業研究開発センター（2015年〜2016年），その他，農林水産省食料産業局，横浜植物防疫所などでの統計研修．
• 講習会の運営 —— 農研機構主催数理統計短期集合研修講師兼コーディネーター（1990年〜2018年），農林水産研究交流センター主催農林交流センターワークショップ〈分子系統樹推定法：理論と応用〉コーディネーター（2008年〜2019年）など．

その他

• 読売新聞読書委員（2019年1月〜2020年12月）

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