• 『本』（講談社）の連載記事〈生物の樹・科学の樹〉，二〇〇七年七月号〜二〇〇七年八月号．（「長めの前口上：物語の幕が上がる前に」としてオンライン公開：１｜２）
• 『本』（講談社）の連載記事〈生物の樹・科学の樹〉，二〇〇七年九月号〜二〇〇八年八月号．（本書第１章〜第１２章として加筆改変）
• 「旅するサイエンティストたち」．『本』（講談社），二〇〇六年八月号，pp. 42-43. （本書「プロローグ」として加筆改変）
• 「書かれなかった「最終章」のこと：中尾佐助の分類論と分類学について」．『中尾佐助著作集・第Ｖ巻：分類の発想』月報５，pp.1-4，北海道大学図書刊行会．二〇〇五年．（本書「インテルメッツォ」として加筆改変）

本書のそれ以外の部分はすべて書き下ろしである．