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日録2013年11月 


30 november 2013(土)※渋谷で昼間から交響的一撃

◆午前5時起床.気温4.1度.冷え冷え.朝イチでローストビーフの下準備.夕方,帰ってきてから焼き始める予定.

◆[自然を名づける]本日の打音:えめばら園「数量分類学の登場 ヨーン (2009) [2013]」(2013年11月28日)

◆[欹耳袋]〈特定秘密保護法案に反対する学者の会〉※反対署名サイトが設けられている./しんぶん赤旗「研究者の無期雇用転換期限5⇒10年なんて/労組が法改定案反対集会」(2013年11月29日)※「有期雇用の研究者・大学教員にとっては事実上、無期転換の権利が奪われる」– 何年延長されても無期雇用とは関係なし./いろいろな社会制度に手を付けようという意図の背後でどれだけちゃんと “シミュレーション” しているのかわかったものではない.それがまた社会不安を煽る.

◆[蒐書日誌]近刊情報:デボラ・ブラム,メアリー・クヌードソン,ロビン・マランツ・へニグ編[渡辺政隆監訳|今西康子・山越幸江訳]『サイエンスライティング:科学を伝える技術』(2013年12月刊行予定,地人書館,東京,本体価格3,800円,ISBN:978-4-8052-0864-9 → 版元ページ).

◆渋谷で交響的一撃の昼下り —— 午前10時半,つくば駅.乾いた冬晴れ.これから渋谷にて “交響的一撃” をぶちかましてくる.日曜の都営地下鉄は空いている.正午過ぎには渋谷駅前にたどり着けるだろう.午前11時の都内の気温は11.6度.北風が吹いているようなので,体感的には寒いかも.しかし,渋谷の雑踏に翻弄されると寒さも消し飛ぶ.京王線の上にそびえる〈渋谷エクセルホテル東急〉はゴージャスにして祝祭的な空間.東大オケ打族が長年お世話になってきた元読響ティンパニストの野口力さんが自伝を出版された:野口力[近藤滋郎編]『交響的一撃:野口力のティンパニ50年』(2013年10月31日刊行,中央アート出版社,東京,8 plates +158 pp., ISBN:978-4-8136-0745-8 → 版元ページ).今日はその出版記念パーティがここで開催される.

ホテル六階の「プラネッツ」がパーティ会場.全国から続々と打族が集まり,非日常な場ができあがる.今日のパーティ出席者は130名あまり.いったいどこからこんなに打族が湧いてきたのか.午後1時からパーティ開始.文彦クン,いつもの司会業,たいへんおつかれさんです.お祝いのスピーチののち,まずは乾杯.野口さんのご親族が蔵元をしているという秋田の〈高清水〉「純米大吟醸」で乾杯とはすばらしい.お料理もエクセレント.来賓のスピーチを交えつつ,にぎやかなパーティが三時間ほど続いた.東大オケや他大学オケのOB/OGたちとの会えて,とてもシアワセな土曜のイベントだった.帰りがけにサイン入り本をいただいた.

音楽家は,研究者と同じくらいきびしい人生だと想像するけど,プロの音楽家たちの祝辞スピーチを順に聴いていると,みなさんそれぞれにおもしろい人生を送ってきたんだなと感じる昼下り.指揮者の三石精一さんは,その昔,オケ全奏練習のときに,「いちばん好きなことは職業にしてはいけない」とふと言っていたことを思い出す.

—— 午後4時に渋谷での “一撃パーティ” を終え,帰路に.今日のパーティではずいぶんとひさしぶりの顔をたくさん見た.みなそれぞれ自分なりの “一撃” を浴びて,その後の人生を歩んできた.

◆午後6時過ぎ,つくば帰還.帰宅するなり,朝のうちに下準備しておいたローストビーフを焼き始める.それからまたもや旅支度.明日からは宮崎で地頭鶏を追いかけ回すのだ.

◆本日の総歩数=7898歩. 朝◯|昼×|夜◯. 計測値(前回比)=93.9kg(−0.4kg)/ 29.8%(−0.1%)


29 november 2013(金)※一週間ぶりの観音台実在日

◆午前4時半過ぎ起床.気温0.6度.床暖オン.米とぎ完了.一週間ぶりの観音台.今朝の最低気温は氷点下0.9度.国道408号沿いのフウノキ街路樹はしばらく見ないうちにところどころ散り果てていた.冬晴れの農環研居室には放置┣┣" どもがうず高く積み上がっている.

◆午前の┣┣" 撃ち —— 次に出勤簿に押印するのはまた一週間後になる.職場にいなければ「源泉掛け流し」で微小┣┣” どもはどんどん頭上流れ去っていく.農環研に実在する間にできるだけ┣┣" 撃ちに励まないといけない./ワタクシがいなくても,農環研は勝手に回ってくれるのでとてもありがたい./参加諾否・日程調整などすべて確定したはずの案件が “卓袱台返し” されたので,その場で「もうワタクシにはムリなので,アナタがやってください」と┣┣" を投げつけた.ひさびさの大技「┣┣" 投げつけ」がみごとにキマった瞬間.これにて一件落着〜.あれこれ悩むことなく,よけいなエネルギーを浪費することなく,いきなり┣┣" を投げつけるというのはときには効果的なこともある.

◆[自然を名づける]第2刷が出た! —— キャロル・キサク・ヨーン[三中信宏・野中香方子訳]『自然を名づける:なぜ生物分類では直感と科学が衝突するのか』(2013年9月3日第1刷刊行/2013年11月28日第2刷刊行,NTT出版,東京,vi+391 pp., 本体価格3,200円, ISBN:978-4-7571-6056-9 → コンパニオンサイト目次版元ページ).多くの読者の手にとってもらえてありがたやありがたや.11月28日発売なのでもう書店に並んでいるだろう.致命的なまちがいはないが(著者名の「読み」は別として…),いくつかの修正箇所がある.

◆正午の気温10.6度.南風が強め.空気はちりちり乾いて静電気が飛ぶが,震え上がる寒さではない.

◆[蒐書日誌]森銑三『オランダ正月:江戸時代の科学者達』(1978年10月9日刊行,冨山房[冨山房百科文庫20], 1 plate +xiv+312+vi pp., ISBN:4-572-00120-0).神保町の岩波ブックセンターの一角にある,時間を超越した「冨山房百科文庫コーナー」にてゲット.35年も前に出た新書がまだ店頭に並んでいた.リアル書店のいいところはこういう “隠れ里” がある点./クリス・マティソン[疋田努監訳/竹内寛彦訳]『毒ヘビのなかま』(2013年11月20日刊行,朝倉書店[シリーズ・知られざる動物の世界:10],東京,vi+112 pp., 本体価格3,400円,ISBN:978-4-254-17770-1 → 版元ページ).叢書〈知られざる動物の世界〉の「第2期」がスタートした.ご恵贈感謝./ハットウ・オンパク監修『別府八湯温泉本2013~2014年版』(2013年9月25日刊行,おおいたインフォーメーションハウス,大分,本体価格500円).別府北浜のコンビニで最新刊を購入.毎年一冊ずつ増えていく.

◆午後の┣┣" 撃ち —— 研究所でしかできない┣┣" 撃ち優先.朝から所内LANがどうやら死んでいるようだった.しかし,最近は出勤時も WiFi を持ち歩いているので,実害はまったくない.最近は MAFFIN のインターネットはいろいろな意味であまり信用できないので,E-mobile は必携.ただひとつに頼りきるのはリスクが大きい.調べてみると,所内LANがつながらないのはハブが断線しているせいだと判明.ぬれぎぬを着せてすまん>MAFFINネットワーク.だが,いずれにしてもLANにはつながらないので,WiFi に頼るしかない.けっきょく居室のLANは新しいハブと交換してやっと復旧できた.

◆さらに続けて撃ちまくる —— 来週の講義ハンドアウトの印刷./“悪い書類” が着弾しました./某大学のレポート追試の件につき,追加提出がまったくなかったので,成績報告は「確定」するようにメール連絡だん.この件はそろそろケリをつけたいところだが,ケリがついたみたいね.よしよし./来週からの宮崎統計巡業の事前連絡.受講生約60名がそれぞれPCを持ち込むとのこと.OS は Windows 8 でそろっているとのことだが,はたしてR実習がスムーズに始められるかどうかというギワクの暗雲が広がっている./来年度の駒場「生物統計学」の講義概要を提出./来年1月の横浜植物防疫所での統計ゼミナール(三中信宏「統計的データ解析の基本に立ち返る:思考法・視覚化・モデル」)に関する事務書類を耳を揃えてメール送信完了.

—— よし,これでとりあえず受信箱の┣┣" どもはみんないなくなったぞ.

◆午後7時からノバホールで,つくば古典音楽合唱団の第27回定期演奏会〈23歳のモーツァルトと19歳のシューベルト〉を聴きに行った.

◆明日は渋谷にて昼パーティに出席し,夜にならないうちにさくっと帰ってくる予定.明後日からは師走の九州巡業の始まりだ.

◆本日の総歩数=4964歩. 朝◯|昼◯|夜△. 計測値(前回比)=94.3kg(−0.3kg)/ 29.9%(−0.1%)


28 november 2013(木)※定例都内出撃の木曜は好日

◆午前4時半起床.気温6.9度.ひさしぶりにお米研ぎの夜明け前.

◆[自然を名づける]本日の打音:HONZ客員レビュー「『自然を名づける―なぜ生物分類では直感と科学が衝突するのか』 by 出口 治明」(2013年11月28日)

◆[欹耳袋]年末対談トークショー受付開始! —— 「山内志朗『「誤読」の哲学――ドゥルーズ、フーコーから中世哲学へ』刊行記念『「誤読」する哲学と(の)進化論』」2013年12月19日(木)19:30 ~@ジュンク堂書店池袋本店(予約03-5956-6111) .ひょっとしてタイヘンな企画に首を突っ込んでしまったか…….

◆定例都内出撃の朝 —— 午前7時半,つくば駅.定例都内出撃日.曇りときどき晴れのはっきりしない空模様.今朝の最低気温は5.5度.風が吹かないせいか,体感的にはそれほど寒くない.午前9時すぎの新宿駅.都内も曇り空が広がっている.都内の気温は15.3度.冷え込みはまったくない.登戸.多摩川を越え,雲間から日差しが差し込んできた.午前10時,玉川大学.晴れたり曇ったりと不安定な天気.気温はかなり高め.今日の高座は最尤法.来週はモデル選択論と系統&統計噺が続く.正午の気温は17.7度と高い.南風やや強し.

◆[欹耳袋]日本経済新聞「育児には積極的なつもりだったが… 妻が家を出た理由」(2013年11月28日)※「実験が多い研究職の仕事は、21時、22時までかかることもザラ」– 一般論ではなく個別対処で考えるしかないわなあ.

◆午後1時過ぎ,玉川学園前駅から経堂へ移動.いつもの〈はるばるてい〉にて限定10食の「辛麺」を注文.こりゃ〈味仙〉系のアグレッシヴな辛さだ.さらに池ノ上に移動してフレンチ焙煎で珈琲充のひととき.毎週木曜は「実働4時間」に対して「移動6時間」を費やしている.高座の「準備」はしないとダメだが,「リハーサル」をしてはいけないように感じる.何だか “新鮮味” がなくなるみたいで.迷ったときは『役者論語』を.

午後4時前,駒場に入る.イチョウ並木がみごとに真っ黄色,見頃ですなあ.池ノ上から歩いてきた途中にある駒場野公園も晩秋のたたずまいだった.それにしては気温が高過ぎる.本日の講義はモデル選択論.尤度とAIC の精神をちゃんと理解して帰りましょう.けっきょくモデル選択論一色.カルナップとポパーの名前を忘れないように.講義後,ひとりの学生がつかつかやってきて「この『生物系統学』を書いた “三中信宏” という人はみなか先生ですか?」と訊いた.キミはとてもえらい!

—— 午後8時前,つくば帰還.移動を含めて12時間労働日がやっと終わった.

◆[欹耳袋]Togetter -「【斥候情報】別府北浜滞在をエンジョイするために」 ※某学会のみなさん,ご参考までに.

◆本日の総歩数=12175歩. 朝◯|昼◯|夜△. 計測値(前回比)=94.6kg(+0.8kg)/ 30.0%(−0.7%)


27 november 2013(水)※別府湯けむり巡業を終えて

◆午前4時半起床.気温7.1度と冷え込みがきびしい.さっそく夜明け前の♨へ直行.寒い夜明け前は♨でゆっくり温まるしかない.午前8時,今朝はお座敷で朝ごはん.

  • [別府北浜]【斥候情報】斥候としてのワタクシの任務もそろそろ終わりに近づいてきた.最後に,北浜あたりの共同浴場について一言二言. posted at 07:05:45
  • [別府北浜]【斥候情報】別府に点在する共同浴場は源泉掛け流しがごくふつうなので,機会があればぜひ体験されたい.〈亀の井ホテル〉の真向かいの〈不老泉〉とか,駅前の〈駅前高等温泉〉あるいは〈竹瓦♨〉や〈海門寺温泉〉のような大きなところは例外で,街の中にひっそりと隠れているのが大部分. posted at 07:08:25
  • [別府北浜]【斥候情報】そういう小さな共同浴場では外部利用者は100円の入湯料を払うところが多い.たとえば,春日温泉では,入口近くに料金箱が設けられている. ow.ly/i/3QvQV posted at 07:10:32
  • [別府北浜]【斥候情報】共同浴場の入り口はシンプルそのもの. ow.ly/i/3QvTh 入り口を開けるといきなり湯船.半地下スタイルは北浜の基本. ow.ly/i/3QvVr posted at 07:12:24
  • [別府北浜]【斥候情報】脱衣場は湯船の周囲に設けられていることが多い(仕切りはなし). ow.ly/i/3QvZ1 共同浴場は基本的に地区ごとに管理されているので,入湯するときはくれぐれも “粗相” のないようにお楽しみを. posted at 07:15:11
  • [別府北浜]【斥候情報】以上,酒生物学会大会参加者のみなさんに向けて大会直前の別府北浜から情報発信しました.これをもってワタクシの斥候としての任務は終了とさせていただきます.エンジョイ! posted at 07:17:00
  • [別府北浜]【斥候情報補遺】北浜でラーメンをという向きには,久留米系とんこつが好きなら北浜通り〈壱丁目ラーメン・本店〉.大分系のとんこつ&醤油なら的が浜〈なかつ宝来軒〉へ. posted at 09:12:03
  • [別府北浜]【斥候情報補遺】北浜でパンがむしょうに食べたくなったら,中浜通りの老舗〈友永パン〉へ. posted at 19:10:55

◆大分巡業最終日 —— 午前8時半にチェックアウト.午前9時に県庁到着.今日もいい天気.午前9時半からのモデル選択論講義を終え,ランチは県庁隣のまぐろ料理〈ほとじま〉へ.津久見の保戸島を店名にしているだけあって.魚料理はバツグン.この日は日替わりのマグロ天ぷら定食を.南風が吹いているせいか,正午の気温は16.2度と暖かい.午後1時からは一般化線形統計モデルについて少し話をしてから個別統計コンサルティングに移る.受講生からの質問を受けての解説が続く.午後4時,研修全日程が終了.みなさん,どうもおつかれさまでした.今回の大分統計高座は受講生からの質問がたくさん出て盛況だった.使用PCがすべて同一というシアワセな環境だったのも一因か.一方,来週からの宮崎統計高座では,60名近くの受講生がそれぞれPCを持ち込むという壮絶な状況が予想される.R実習ができるまでにいったいどれだけの時間が費やされるのだろう……(gkbr)

◆県庁からJR大分駅まで歩いているうちに雨がぽつぽつ降り始めた.駅前から高速バスで空港へ.雨は降り続いている.途中,明礬温泉の湯けむりを見下ろしつつ,一時間ほどで到着.雨.チェックインをすませて一息ついたところ.空港に着いたら〈鮨 海甲〉は必修科目.保安検査場を通過し,搭乗ゲート前でごろごろする.

◆[欹耳袋]朝日新聞デジタル「国立大教員に年俸制 文科省、競争を導入・退職金廃止」(2013年11月26日).元資料は文部科学省「国立大学改革プランについて」(2013年11月26日).ワタクシの知り合いで,国立大学が法人になる直前に早期退職した教授がいる.今回の指針がそのまま実行されれば,大学という場を「立ち去る」人がきっと出るだろう.「お金」のことが問題なので,表立ってあれこれいうのをはばかる空気があるかもしれない.しかし,ある程度以上の世代にとって,年俸制移行&退職金廃止を「はい,そうですか」とすんなり受け入れられはずがないでしょう.この点で,研究者人生が始まったばかりの若手と,年上の世代の研究者との見解の「温度差」が表面化するのは当然予想されること.

◆つくばに帰り着いたのは午後11時前.今日はもう寝る以外にやるべきことはない.

◆本日の総歩数=8260歩. 朝◯|昼◯|夜△. 計測値(前回比)=未計測/未計測


26 november 2013(火)※大分県庁での巡業高座続く

◆午前4時半起床.真っ暗な館内の廊下をつたって内湯へ.夜明け前の一風呂.続いて,〈山田別荘〉のすぐ近くに共同湯〈春日温泉〉に入ってきた.夜明け前の午前6時半から入れる.入湯料は100円.入り口の小窓からお賽銭のように百円玉を落とすという素朴な課金システム.〈春日温泉〉は敷地内の自家源泉からこんこんと掛け流されている.先客は誰もいなかった.湯船を独占できるぜいたくなひととき.朝日に染まる別府タワー.夜中にすぐ近くで全焼火事があり,煙があたりいったいに立ち込めていた.警察や消防でごった返している.〈山田別荘〉今朝の朝食.いつもはお座敷に通されるのだが,今日は初めて玄関横の洋館スタイルの応接室に朝餉の膳が並んだ.

  • [別府北浜]【斥候情報】今週は〈ベップ・アート・マンス2013〉 www.beppuartmonth.com の最終週とのことで,市内でのイベントがいろいろ企画されているらしい. posted at 08:00:32
  • [別府北浜]【斥候情報】大分県は「とり天 vs. 唐揚げ」の熾烈な戦いが展開中.別府駅前で指折りの唐揚げ(塩味)が食べたければ〈吉村精鶏店〉のテイクアウトを.中津風の唐揚げ(醤油味)がよければ駅前通りの中津からあげ〈もり山・別府駅前店〉へ. posted at 08:48:15
  • [別府北浜]【斥候情報】(承前)〈吉村鶏肉店〉 tinyurl.com/mzjgw36 /〈もり山・別府駅前店〉 tinyurl.com/ksx3m56 posted at 09:03:07

◆大分巡業二日目 —— 午前9時前,大分県庁着.研修開始までまだ時間があるので,準備に余念がない.今日は実験計画法の一日.晴れわたる青空にきまぐれな雲が散らばる.別府湾をわたる北風が冷たい.午前の高座を終えて.ややお疲れのところに絶妙のタイミングで,恒例の県庁ヨコの中華料理〈新華園〉へ.メニューのどれもこれもコスパはとてもいいのだが,ワタクシの目指すものはただひとつ.一年ぶりに再会した栄光の「焼豚玉子飯」.もちろん大盛り.目玉が三個もあるデラックス版.これでたったの600円(体育会系か!) 添えてあるかぼすをぎゅっとしぼる.飯全体を覆い隠す「広域目玉焼き」の下にはチャーシューが敷き詰められている.もちろん無言でわしわしと完食.大分に来た甲斐があったというものだ.

◆午後の研修もしっかりやって,午後4時過ぎにお開き.別府に戻ってすぐ♨.

◆別府北浜二日目の夜.今日も北浜の裏道づたいに暗闇を徘徊.昨日よりも賑わっている・北浜通り、新宮通り、流川通りを縫う.写真は北浜の深奥部にある謎めいた横丁.梅園温泉という共同浴場が途中にある.別府の夜ははてしなく暗く深い.

  • [別府北浜]【斥候情報】北浜の裏道づたいに暗闇を徘徊ちう。昨日よりも賑わっている。北浜通り、新宮通り、流川通りを縫う。 posted at 18:59:51
  • [別府北浜]【斥候情報】〈大和田鮨〉にて関アジ・関サバ盛り合わせなう。別府では日本酒の品揃えがベストの寿司屋。 posted at 19:59:18
  • [別府北浜]【斥候情報】別府にはたくさん寿司屋があるが、日本酒が揃っている店は〈大和田鮨〉しかない。 posted at 20:07:30
  • [別府北浜]【斥候情報】〈大和田鮨〉のすぐ近くにある手延べ冷麺専門店〈六盛・北浜店〉は食べ足りない向きには別府冷麺を体験できる貴重なポイント.ただし,いつも混んでいるようなので待つ覚悟が必要. posted at 21:04:03

◆別府に来て新鮮な魚をまたいで帰るわけにはいかない.前日は〈グリルみつば〉で洋食三昧だったので,昨夜は別府駅近くの西法寺通りにある〈大和田鮨〉へ.別府北浜にはたくさん寿司屋があるが,日本酒が揃っている店は〈大和田鮨〉しかない.まずはカワハギの生肝和えからスタート.お供の「水」は地元大分の〈鷹来屋〉純米吟醸.続いて,関アジ・関サバの盛り合わせ.その歯ごたえといい滋味といい,大分に来ないとけっして味わえない逸品.かぼすをまわしかけるのは大分スタイル.お供の「水」その二は福島〈大七〉の生酛をぬる燗で.続いて,ぶり大根.素材を生かしつつさっくり煮上げられている.歯ごたえ食感よし.お供の「水」その三は福島〈奈良萬〉純米.このあと「地魚にぎり」を注文したのだが,美味すぎて写真を撮る心の余裕がなかった.

◆明日は大分での研修の最終日.夕方まで県庁に立てこもり,夜のフライトでつくばに帰る.

◆本日の総歩数=6636歩. 朝◯|昼△|夜×. 計測値(前回比)=未計測/未計測


25 november 2013(月)※雨降る大分市,別府北浜へ

◆午前4時半起床.昨夜は雨音がしたようだが,今は止んでいる.外は闇夜,すごい南風が吹き荒れている.また雨が降り出すのかな.別府湾の夜景が鮮やか.宿の♨は午前6時から.しかし,冷たい雨に打たれて露天風呂は修行僧のようだったので,内湯に避難してほっこり.雨足が強まってきた.いつもなら明礬橋の向こう側に日の出が拝めるはずのロケーションなのだが,今年はダメっぽい.

小雨がそぼ降る温泉街の朝.近くの共同浴場〈鶴寿泉〉の朝イチ熱湯の洗礼を受けて目を覚ます.一晩中注ぎ込まれていた源泉のせいで湯船は火傷しそうなほど熱湯になっている.数秒浸かるだけで真っ赤になるほど.朝風呂なわれわれで懸命に冷水をそそぎこんでやっと入れる状態になった.高温酸性泉は「熱い」というよりも「痛い」という感覚がより強い.

◆明礬温泉から大分県庁へ —— 朝食後,小雨降る明礬温泉街をあとにして亀の井バスで別府駅西口まで揺られる.大分・佐伯行きのJR鈍行は8:54発.別府北浜を見下ろすプラットホームで一休み.今夜からは別府北浜に潜伏する.某学会大会の斥候として夜の別府タウンに潜入し,穴場を探しまわるというウラの仕事が待っている.雨は降ったり止んだり.温泉街にそびえ立つ〈亀の井ホテル〉を見送りつつ,別府湾をぐるりとまわって一路大分駅へ.JR大分駅前の再開発工事は昨年来たときよりもさらに規模が広がっていた.大友宗麟像も撤去されほぼ更地のよう.雨の中,タクシーで県庁に乗り付ける.

午前9時半,大分県庁OAプラザに到着.統計高座のお仕事のスタート.今年は15人の受講生.パソコンが一新されていて,Lenovo の Windows 7 機がずらりと並んでいる.午前中は統計学概論とRのインストール作業から始まる.

◆ランチは大分県農林水産研究指導センターのえらいさんと県庁横の郷土料理〈こつこつ庵〉へ.毎年必ず顔出しする店.注文したのは日替わり定食の「琉球丼」.鮮魚のおつくりにタレをあわせて丼ご飯にぶっかける.大分に来れば必ず食べるしかない「琉球」.どこの飲み屋にもある一品.店主は一昨年倒れて以来いまもリハビリが続いているとのこと.雨はもうあがり,青空がのぞく大分市内.

午後は天候回復.気温は18.7度まで上がって,とても暖かくなった.高座はさらに続く.箱ひげ図から確率変数,確率分布とパラメトリック統計学の話を進め,実験計画法の入り口のところで午後4時の定時となった.

◆大分県庁から別府北浜へ —— 統計研修初日を終え,車で別府湾をぐるりと回り,別府北浜〈山田別荘〉にチェックイン.まずは内湯に入ってほっこりする.夕暮れになっても寒さはぜんぜん感じられない.今日の〈山田別荘〉は国籍いろいろな泊まり客で混んでいる.めずらしい.

◆別府ナイトタウン探索 —— しかし,ワタクシの仕事はまだ終わってはいない.むしろ「夜の仕事」はこれからだ.某学会大会の「斥候」として別府北浜ナイトタウンをくまなく探査するという重要任務が待っている.北浜中心部のソルパセオ銀座の真っ暗な裏道から始まる夜の探査.毛細血管のような路地が北浜の夜を紡いでいる.週明け月曜のせいか,北浜は意外に静か.人も少ない.

  • [別府北浜]【斥候情報】北浜ナイトタウンの真っ暗な “けもの道” をくぐり抜け,初日の探査任務を完了しました. ow.ly/i/3Piuj posted at 20:00:48
  • [別府北浜]【斥候情報】月曜のせいか閉まっている店がとても多かった.楠銀天街〈海鮮いづつ〉,梅園通りの韓国風ろばた〈高麗房〉,北浜通り〈ちょろ松〉,西方寺通り〈大和田鮨〉など,これはという店はいずれも月曜定休.週の後半は開店しているので問題なし. posted at 20:09:56
  • [別府北浜]【斥候情報】悲報をひとつ.ソルパセオ銀座の裏道にある餃子専門店〈湖月〉は昨日夕方まで営業していたことは実地確認していたのだが,先ほど探査したところ「当分の間休業する」との張り紙がされていた.北浜ナイトタウン出撃基地として有名だったのにとても残念. posted at 20:11:45
  • [別府北浜]【斥候情報】別府に来ればきっと「海鮮」を堪能する人が多いと思うが,洋食と韓国料理もかなりレベルが高い.斥候たるワタクシが今夜潜入したのは新宮通りの洋食レストラン〈グリルみつば〉 ow.ly/r9hLm posted at 20:16:44
  • [別府北浜]【斥候情報】ここ〈グリルみつば〉では,とりあえず定番の「とり天」をアテにビールをうぐうぐ呑むこと. ow.ly/i/3Pj2K posted at 20:19:29
  • [別府北浜]【斥候情報】〈グリルみつば〉のメインは肉料理なので,豊後牛ステーキでも,ビーフカツでも何でもどうぞ.地元の常連さんはタンシチューをよく注文していたので,ワタクシも. ow.ly/i/3Pj7Y posted at 20:21:06
  • [別府北浜]【斥候情報】というわけで,今夜は洋食に流れたので,明日は海鮮にターゲットを絞り,さらなる探査活動に励みます.以上,今夜の報告完了. posted at 20:22:51
  • [別府北浜]【斥候情報】補足:別府北浜の共同浴場に関心のある向きは,ガイドブック『別府八湯温泉本・2013〜2014年版』(500円)を入手して最新情報をゲットすること.別府に来ればどこのコンビニでも常備されている. posted at 20:24:55
  • [別府北浜]【斥候情報】〈別府・亀の井ホテル〉の真向かいには共同浴場「不老泉」がある.もう少し足を伸ばせば「駅前高等温泉」「海門寺温泉」があり,ホテルから真っ直ぐ南下すれば有名な「竹瓦温泉」も射程範囲内. posted at 20:31:37

◆斥候としての任務を終え,最後にワタクシが潜入したのは新宮通りの洋食レストラン〈グリルみつば〉.ともすれば海鮮料理だけが有名になりがちな別府だが,洋食や韓国料理,冷麺も意外にいける.〈グリルみつば〉のカウンター席にすわると,シェフが目の前でいかにも美味そうな豊後牛のステーキを手際よく焼いていた.いやが上にも増幅される食欲.しかし,焦ってはならぬ.まずは定番の「とり天」をアテにヱビスビールをうぐうぐ呑むべし.うぐうぐと.しかし,うまいとり天で満足してはいけない.〈グリルみつば〉のメインは肉料理なので肉を喰うしかない.豊後牛ステーキでも,ビーフカツでも何でもどうぞ.ワタクシはタンシチューを注文.うん.これは確かに美味すぎて死む.

◆[欹耳袋]山内志朗『「誤読」の哲学』刊行記念トークイベント:山内志朗×三中信宏.2013年12月19日(木)19:30 ~@ジュンク堂書店池袋本店.これが今年最後のお座敷になるのかな.熱湯温泉に浸かりながら,山内志朗新刊本を読むというのはひょっとしてカラダに悪いかもしれないが.

◆今夜は内湯に入ってさくっと寝るかな.明日も大分県庁での高座は続く.

◆本日の総歩数=7468歩. 朝◯|昼◯|夜×. 計測値(前回比)=未計測/未計測


24 november 2013(日)※別府明礬温泉にて浮き沈む

◆午前5時半起床.気温2.5度.朝焼けグラデーション.なんちゃら彗星はいま見えるのだろうか? きりきり寒くて外に出られない.起き抜け早々,あまりにひどい “誤訳” のウワサを目にしてリプライする気にもなれない.その昔「Quine」を「クーン」と読んだ御仁がいて,「死ね死ね死んでしまえ」と心のなかで毒づいた忌まわしい記憶がよみがえる.黒いココロを浄めるためにも,寒い夜明け前になんちゃら彗星を無心に見ることが必要かもしれない.

◆[欹耳袋]単純作業に心を込めて「Evernote×大学の講義。講師の立場から考える「Evernoteで講義ノートをとる方法」 」(2013年11月20日)※文章も絵も音声も全部 Evernote に貼りこむという方針か.

◆大分への旅はいま始まる —— 年度末にかけて五回の九州出張あり.初回は別府.午前9時過ぎ,つくば駅.気温は10.1度.青空のところどころに綿毛のような雲が浮かぶ.午前10時半,浜松町.都内も青空.気温は11.4度.では,モノレール空港快速に乗り換えて羽田空港第一ターミナルへ.カウンターで荷物を預けてチェックイン完了.

日曜の羽田空港第一ターミナルでは,ロビーで「空港ウェディング」が華やかに挙行されていた.鈴なりの見物客.しかし,ワタクシにとってはビールの方がはるかに大事.〈銀座ライオン〉でヱビスビール「琥珀」中ジョッキとソーセージ.なんて健康的.保安検査場を通過してゲート5Aへ.昼下りの空港はなんだかとても空いていて,ゆったりした空気が流れている.大分空港行きも混まないような気配が濃厚.午後1時過ぎ,定刻通り大分空港行きは離陸した.機内はがらがら.

午後2時半,大分空港着.大分空港に着くたびに荷物ターンテーブルで最初に出迎えてくれる「巨大寿司」.今回のネタは津久見のマグロと佐伯のエビだった.空港の外は気温18度と暖かい昼下り.とりあえず空港バスに乗り込んで,JR別府駅まで出ることにする.空港バスは意外に本数が少ないので,空港に到着したらロビーカウンターのバスチケット売り場ですぐに買うこと.

高速バスは左手に穏やかな別府湾を眺めつつ走り続ける.しかし,別府が近づくともに湾岸道路が激混みでのろのろ運転,別府観光港バス停を通過し,別府タワーが見えてきた.今日は終点のJR別府駅ひとつ手前の別府北浜バスセンターで下車する.けっきょく空港から一時間半ほどかかってしまった.共同浴場「駅前高等温泉」を横目に見てJR別府駅前へ.駅前では,あいかわらず油屋熊八が元気よく踊っている.道頓堀のグリコか,別府の熊八か.

別府駅前から山間の明礬温泉に移動.今日の宿は〈岡本屋旅館〉.通された和室は,別府明礬大橋の向こう側に別府湾さらに高崎山まで一望できる眺めのいい部屋.手前に見える青白い池みたいなのは露天風呂.〈岡本屋旅館〉自慢の “青磁色” の酸性硫黄泉,巨大な露天風呂だが,男女混浴の頃は仕切りがなくて向こうまでもっと大きかったのだろう.温泉メディアによく登場する明礬温泉の「顔」のひとつ.内湯もある.明礬温泉の源泉は熱湯なので,内湯も露天風呂も温度調節してある.ただし,加水ではなく自然冷却というのがミソ.

明礬温泉といえば「地獄蒸し料理」が十八番.写真は旅館近くにある岡本屋の売店.いたるところから温泉の噴気が吹き上がる光景は別府ならでは.とくに,明礬から下手の鉄輪にかけての一帯は煙突のように蒸気を吐き続けている.

〈岡本屋旅館〉の夕食はもちろん地獄蒸し三昧.まずは「地獄蒸し温菜」から.すのこに入って運ばれてきた.なんてヘルシー.大分久住高原の地ビール「ドン・ザビエル」.アルコール度数8%の黒ビール.コクがあってとてもいい感じ.大分だからポルトガル風はどこにでもある.続いて「地獄蒸し牛肉」.たくさんの地場野菜が敷き詰められた上に牛肉が寝そべっていた.せいろを開ければ湯気が立つ.県内の玖珠町でつくられている〈玄亀[げんかめ]〉大吟醸.お料理にとても合う.地獄蒸しフルコースの最後は「元祖地獄蒸しプリン」.岡本屋のこのプリンは定番中の定番なので,デザートにして主役.

◆明日からは3日連続の大分県農林水産研究指導センター主催・数理統計研修(基礎編)が始まる.場所はいつもの大分県庁OAプラザ.明礬温泉から県庁までの移動が一仕事.

◆本日の総歩数=5379歩. 朝◯|昼◯|夜×. 計測値(前回比)=93.8kg(0.0kg)/ 30.7%(−0.2%)


23 november 2013(土)※勤労感謝しつつ神保町高座

◆午前5時過ぎ起床.気温1.6度.床暖オン.確かに今年の「秋」は短すぎる.

◆[自然を名づける]本日の打音:Togetter -「『自然を名づける』読中読後感想メモ」※ありがたいことでございます〜

◆[欹耳袋]時事ドットコム「有休取得率、47.1%に低下=政府目標、程遠く―厚労省」(2013年11月21日) |厚労省「就労条件総合調査」.平成25年就労条件総合調査結果の概況:結果の概要(1 労働時間制度)の「(4) 年次有給休暇|ア 年次有給休暇の取得状況」に記載されている./日経ビジネスオンライン「30~40代、「友達ゼロ」は人としてダメか」(2013年11月21日)※今度は「孤独力」かぁ.

◆神保町のお座敷へ —— 午前10時過ぎ,つくば駅.パーフェクトな快晴.午前10時の気温は11.1度.正午前,神保町到着.気温は15.0度.高座での滑舌がよくなるように〈共栄堂〉にてしっかりタンカレーを食べ,焼きリンゴを平らげてから時間前に余裕で共立女子大裏手の日本教育会館に到着.午後1時から始まる日本蝶類学会(フジミドリシジミ)バタフライズ・フォーラムにて特別講演がある.ハッシュタグは勝手に「#bsjbf2013」にしておこう.誰がつぶやくか知らないけど.

  • #bsjbf2013 すでにフォーラムは始まっていたりする. posted at 13:06:41
  • #bsjbf2013 最初は藤岡知夫会長の挨拶から. posted at 13:07:21
  • #bsjbf2013 シカが増えるとチョウが減ってしまうという話. posted at 13:09:11
  • #bsjbf2013 会長あいさつ続く.国内には昆虫標本を引き取ってくれる機関がもうない.博物館関係ももうダメらしい.個人コレクションがドイツ箱で1600箱あまりって多いなあ. posted at 13:14:18
  • #bsjbf2013 最初の講演:石塚正彦「クロツバメシジミなぜ、真冬に羽化?」 posted at 13:16:20
  • #bsjbf2013 秩父のクロシジミは真冬に羽化して,降りしきる雪の中を成虫で生き延びる. posted at 13:36:31
  • #bsjbf2013 あ,クロシジミじゃなくってクロツバメだったー(汗). posted at 14:00:51
  • #bsjbf2013 街頭の影響により光条件が変わって,季節外れの羽化をしてしまったのが原因とのこと.うかつなクロツバメ. posted at 14:04:12
  • #bsjbf2013 次の講演は山田成明「ボルネオ、キナバル山周辺の蝶」. posted at 14:05:30
  • #bsjbf2013 ツンツンオナガシジミ! つんつん. posted at 14:43:45
  • #bsjbf2013 続いて朝日純一「蝶屋のための秀逸なアダルト・トイHandyCam」. posted at 14:47:26
  • #bsjbf2013 蝶の学会では講演中に演者が捕虫網を振り回すのか! posted at 14:50:34
  • #bsjbf2013 最後の一般講演は宮崎茂穂「台湾の蝶をめぐるいくつかの話題」. posted at 15:11:50
  • #bsjbf2013 ワタクシの特別講演だん.一時間ほど噺いたしました. posted at 16:42:16
  • #bsjbf2013 今日は高橋真弓さんと話をした.ひょっとしたら生会話は初めてかも. posted at 19:20:41
  • #bsjbf2013 蝶屋は大所帯. posted at 19:23:34

◆特別講演のウケがよかったせいか,NTT出版の担当編集者が会場にもちこんだ『系統樹曼荼羅』と『自然を名づける』は即座にすべて売り切れたとのこと.閉会後,午後5時過ぎに,日本教育会館から如水会館へ移動し,懇親会のスタート.とても健康的な懇親会だったので,午後7時前にはお開き.午後8時過ぎにはつくばに帰り着いてしまった.あまりにヘルシーすぎて言葉もない.今日「点灯式」が挙行されたセンター広場のクリスマス・イルミネーションが青く輝いて寒さがいっそう増幅されていた.

◆[欹耳袋]これから学会などで広島に行く人,大注目! —— 日本人間行動進化学会第6回大会で公開されている「完成版プログラム (11/20/2013更新)」[pdf] の末尾 pp.30〜35 には詳細きわまりない「付録・広島2次会リスト」が付いているぞ! 

ほかにも,昆虫学会札幌大会サイトの「飲食店マップ」[昼食編夕食飲会編]のように,学会大会によっては,ご当地の「昼のランチ情報」や「夜の二次会情報」が大会サイトで公開されていることがある.“公共性” がきわめて高いので共有できればいいと思う.持続的にアップデートも必要だろう.

◆明日からの旅支度をちょっとだけすませて,さくっと寝るのが最善.

◆本日の総歩数=10448歩. 朝◯|昼◯|夜△. 計測値(前回比)=93.8kg(+0.3kg)/ 30.9%(+0.5%)


22 november 2013(金)※今年も数理統計研修が閉幕

◆午前5時前起床.気温は0.8度まで下がっている.とりあえずお米をといで,カレー鍋の始末をして一日のスタート.午前6時,今朝も鮮やかな朝焼けグラデーション.日の出はもうすぐ.冬晴れ観音台.今朝の最低気温は0.1度.午前8時5.2度.空気が乾いてぴりぴり寒い.静電気の祭典.出勤簿にハンコを押した.一週間後の来週金曜まで出勤簿とは無縁のノマド労働シーズンの始まり.

◆[蒐書日誌]ご恵贈本二冊,感謝しまくり! —— 山内志朗『「誤読」の哲学:ドゥルーズ、フーコーから中世哲学へ』(2013年12月13日刊行,青土社,東京,329+xii pp., 本体価格2,800円,ISBN:978-4-7917-6743-4 → 版元ページ).同じ著者による前著:山内志朗『存在の一義性を求めて:ドゥンス・スコトゥスと13世紀の〈知〉の革命』(2011年7月28日刊行,岩波書店,東京,本体価格6,700円,ISBN:978-4-00-023727-7 → 版元ページ)はすでに版元品切で重版未定ですかそうですか./マイケル・トマセロ[松井智子・岩田彩志訳]『コミュニケーションの起源を探る』(2013年11月30日刊行,勁草書房[ジャン・ニコ講義セレクション7],東京,本体価格3,300円,xii+331+xxxiii pp., ISBN:978-4-326-19963-1 → 版元近刊情報).

◆午前の┣┣" 撃ち —— 本日の数理統計研修応用編は最終日,おそらくいまは森の導師による “べいづ洗脳” 真っ最中だろう.午後は質疑応答タイム.ワタクシはそちらに出るので質問票を整理しないと./領域忘年会アナウンス周知.今年はワイン鯨飲でぶくぶくするのだ./明日の高座の準備完了:日本蝶類学会(フジミドリシジミ)バタフライズ・フォーラム特別講演・三中信宏「分類と系統を視覚化する:生物多様性のヴィジュアルな理解に向けて」@神田・日本教育会館703号室,15:30〜17:00.

◆[欹耳袋]伊東宏樹「平成25年度数理統計短期集合研修「ベイジアンMCMCによる統計モデル」」.テキスト,スライド,およびRスクリプト.

◆午後の┣┣" 撃ち —— 午後イチのお仕事は数理統計研修(応用編)の質疑討論.出番が終わって,筑波事務所から帰ってきたところ.ぽかぽか暖かい日差しの午後1時過ぎ,気温は17度近くまで上がってきた.歩くとやや暑い昼下りの国道408号沿いフウノキ街路./査読┣┣" 二頭が相次いで漂着.庭先でのたうっている./EVOLVE入信登録一件処理.出家志願者はいつでも受け入れますよん.

◆[蒐書日誌]最新刊!:野口力[近藤滋郎編]『交響的一撃:野口力のティンパニ50年』(2013年10月31日刊行,中央アート出版社,東京,ISBN:9784813607458 → 版元ページ)※打族はみんな読め.ワタクシは今月末の出版記念パーティでサイン本をもらってくるぞ.

◆[欹耳袋]蟲ネタいろいろ —— 砂漠のリアルムシキング「「孤独なバッタが群れるとき」 1周年記念」(2013年11月21日)※「人文書の書籍編集者を中心とする「ムダの会」が主催する第4回「いける本大賞」にバッタ本が選ばれました!」– 幸運が列をなす図./むしぎらい文化研究所※「 日本の「むしぎらい」は昆虫に近しい日本人が独自に進化させた文化といえるのかもしれません」– 民俗昆虫学的にはおもしろいテーマ設定かも./ジュンク堂池袋本店トークイベント〈日本原色カメムシ図鑑第3巻刊行記念:あなたの知らないカメムシの世界 ~カメムシだらけにしたろかー!~〉2013年12月03日(火)19:30~※サブタイトルが過激./ジュンク堂池袋本店トークイベント〈―ムシモアゼルギリコ著『むしくいノート』、内山昭一監修『食べられる虫ハンドブック(仮)』発売記念―昆虫を美味しく食べる時代がやってきた!〉2014年1月28日(火)19:30~ ※さらに過激.

◆今日で二週間に及ぶ数理統計研修がやっと終わったと思ったら,明日の午後は神保町で勤労感謝のお座敷が用意されている.準備はもうできているから一安心.

◆本日の総歩数=6550歩. 朝◯|昼−|夜△. 計測値(前回比)=93.5kg(−0.6kg)/ 30.4%(−0.3%)


21 november 2013(木)※二週間ぶりに多摩川を渡る

◆午前5時前起床.気温は今朝も2.7度まで冷え込んでいる.今朝もみごとな朝焼けグラデーション.

◆[欹耳袋]【別府情報】大分県庁の研修担当者から「寒気の影響で久住山や由布岳でうっすら白くなりました」とのメールあり.九州だからといっていつも暖かいわけではない.大分では雪が降りつもり,鉄輪の坂が凍結した経験がよくある./安部巌『別府温泉湯治場大辞典』(1987年)が〈別府歴史資料デジタルアーカイブ〉からオンライン公開されている.

◆二週間ぶりに玉川大学へ —— 午前7時半過ぎ,つくば駅.午前7時の気温は3.9度.くっきりすっきり冷え冷え.今日は二週間ぶりに玉川大学のお座敷に向かう.今週末は駒場祭なので,午後の駒場のお座敷はお休みなのだ.学生にやさしい東京大学? みなさん,真っ白に燃え尽きてください.TX みどりのから守谷までの区間は「E-mobile 僻地」なので電波が届かない.来月のトークショウ宣伝用のポートレートを送信.八潮駅通過.満員電車のTX.外は乾いて寒くても,車内は空気が湿って暖かい.秋葉原で乗り換えて中央線快速.都内もすっきり青空.空気が乾きまくっている.この時間帯の下り電車は空いていて余裕で座れる.新宿から小田急快速急行.ラッシュとは無縁の下りは穏やかな雰囲気.

午前10時前,玉川学園前駅.冷たい風も吹かず,ぽかぽかと暖かなキャンパスはすでにクリスマス・リースがいたるところにぶらさがっている.玉川学園恒例の第九演奏会が来月はじめにある.講義室では学生さんが早めのお昼ごはんを食べていて微笑ましい.本日は最節約法の解説と実習を.

◆[蒐書日誌]洋書ファンクラブ「紙媒体の本ならではの体験を味わえる『S.』」(2013年11月19日)※「本」というよりは「物件」か.『テセウスの船』という書名がそそられる.J. J. Abrams and Doug Dorst 2013 | S. | Mulholland Books ※プロモーションビデオが.

◆神田・竹尾見本帖にて —— 午後1時,本日の講義を終了し駅に戻る.正午の都内の気温は15.2度,湿度は31%.快適な空模様.新御茶ノ水下車.竹尾見本帖へ.明日でオシマイの〈系統樹の森〉をひとまわり.来場者の出入りが頻繁.

◆[欹耳袋]Windows PC は24時間ずっとつけっぱなしにして,気の済むまで「更新」させ続けてあげましょう.ひさしぶりに Win PC を起動すると,気が遠くなるほど更新し続けて,ぜんぜん仕事になりません.前夜からつけっぱなしにしておけば,寝ている間に勝手に更新してくれます.泣く子と更新には勝てません.出張巡業期間中,ワタクシの Windows PC はずっと “不夜城” と化すのだった.めでたしめでたし.ワタクシの Win XP もあと半年のイノチだが,次なる Win 7 とか 8 とかいったいどうなることやら…….

◆[蒐書日誌]近刊情報:『岩波 生物学辞典 第5版・CD-ROM版』 (2013年11月28日刊行予定,岩波書店,東京,本体価格15,000円,ISBN:978-4-00-130164-9 → 版元ページ)※紙版はこちら:巌佐庸・倉谷滋・斎藤成也・塚谷裕一(編)『岩波生物学辞典・第5版』(2013年2月26日刊行,岩波書店,東京,xviii+2171 pp., 本体価格13,000円,ISBN:978-4-00-080314-4 → 版元ページ).

◆[欹耳袋]〈日本の研究.com〉.科研費取得状況が一目瞭然.

◆午後5時,つくば帰還.夕暮れがどんどん前倒しされている.夕焼けからすとんと夜の闇へ直行.

◆[欹耳袋]竹尾見本帖〈系統樹の森〉展示は明日11月22日(金)まで!

◆本日の総歩数=10731歩. 朝◯|昼◯|夜△. 計測値(前回比)=94.1kg(−0.4kg)/ 30.7%(−0.5%)


20 november 2013(水)※銀杏を踏みしめて本郷会議

◆午前4時半過ぎ起床.気温はすでに0.2度まで下がり,きびしい冷え込み.放射冷却しまくり.朝焼けグラデーション.きりきり冷え込む今朝はグラデーションの紅がいちだんと鮮やか.それにしても寒いのなんのって.早朝は氷点下0.7度まで下がったが,午前9時は9.8度まで順調に上がってきた.農環研構内は朝から削岩機の音響と振動がステレオで響き渡っている.

◆[欹耳袋]NHK NewsWeb「独立行政法人改革 閣僚間で意見対立」(2013年11月20日)※「研究開発機関に優秀な人材を確保するため高額の報酬を支払える新たな法人の創設を目指す動きに対し、行政改革に逆行するという反対意見」/日本経済新聞「教授会の権限を限定 中教審素案、学長主導の大学改革促す」(2013年11月19日)※「時代のニーズに応じて柔軟な組織運営」– 誰のニーズか明記しようね.

◆午前の┣┣" 撃ち —— 茶道の流派系統樹に関する原稿へのコメントを放流./提出し忘れた復命書一件,三田への事務書類返送一件,箱崎襲撃行の「アジト」と「足」の確保,以上すべてすませた./さて,観音台でのお仕事が一段落したので,避難訓練が始まってしまう前にトンズラしましょ.

◆[蒐書日誌]外国人名発音辞書:〈Pronounce Names〉 The Dictionary of Name Pronunciation.参考記事:CNET Japan「[ウェブサービスレビュー]読み方が分からない外国人名の発音を検索できる「Pronounce Names」」(2013年11月17日).

◆初冬の本郷台地にて —— 正午前,つくば駅.午前11時の気温は13.7度.乾いた微風がセンター広場を吹き抜ける.根津で下車.根津の〈芋甚〉で「昭和焼き」をゲットして,根津神社からS坂を上がる.都内も冬晴れの真っ青な空が広がっている.グラウンド横にむなしく降り積もる銀杏を踏みしめて東大農学部キャンパスへ.午後1時から専攻教員会議.午後3時に一休み.続いて専攻会議が午後4時まで.今日は長引いたな.午後6時前,つくば着.夕暮れとともに気温急降下してきた.もう今夜はすき焼きしかない.

◆[欹耳袋]The Linnean Society of London | Willi Hennig and the Future of Phylogenetic Systematics | 27 Nov 2013.当日のプログラムが公開されている.Willi Hennig の生誕百年を祝い,分岐学の歴史を語るにふさわしいゴージャスな演者の布陣.こういうおもしろそうなシンポジウムに限って,あまりに遠すぎたり,都合がつかなかったりする.しかたがないから,おもしろいワルダクミは自分で取り仕切るのが手っ取り早いな.と思ったら,きたる12月19日(木)夜に池袋・ジュンク堂本店で開催されるたのしいワルダクミに参加しませんかとの予期せぬお誘いが.もちろん二つ返事で引き受ける.

◆[蒐書日誌]山内志朗『「誤読」の哲学:ドゥルーズ、フーコーから中世哲学へ』(2013年11月近刊,青土社,東京,ISBN:978-4-7917-6743-4 → 版元ページ)のブツはまだ世に出ていないわけね.「目次」を見ようと思ったら,ID とパスワードを要求されて震え上がる.

◆明日は二回連続の休講ののち二週間ぶりに玉川大学に向かう.

◆本日の総歩数=9605歩. 朝◯|昼−|夜△. 計測値(前回比)=94.5kg(+0.4kg)/31.2%(+0.4%)


19 november 2013(火)※小春日和の統計研修お座敷

◆午前4時半起床.気温4.0度.冷え冷え.前夜のカレーに火を入れる.カレーの仕込み最中に,冷凍保存しておいた過去のカレーソースの残りを投入するだけで,ほぼ完成の域に達する.残りものの威力おそるべし.不完全変態前のポトフに入っていた固形物はカレーに転身してすべて煮つぶれている.キャベツ半玉も豚肉塊も組織に分解され,にんにくや土ショウガもすでにアモルファス.ホールの香辛料さえ柔らかくなってきた.

午前6時,朝焼けグラデーション.今朝の最低気温は2.5度だった.観音台は午前8時の気温が7.7度.きりりと冬晴れ.乾いた空気が冷たい.今日は午前9時から筑波事務所にて計算機統計学の高座.

◆[欹耳袋]馬車馬のように「p値の奇妙な分布」(2013年11月17日) ※心理学研究における publication bias の興味深いパターン.元論文は:E. J. Masicampoa and Daniel R. Lalandeb 2012. A peculiar prevalence of p values just below .05. The Quarterly Journal of Experimental Psychology, 65(11): 2271-2279. DOI:10.1080/17470218.2012.711335.

◆数理統計研修(応用編)二日目 —— 午前8時半過ぎ,筑波事務所.抜けるような青空といまが見頃のイチョウの黄色が絶妙なツートンカラーをつくっていた.朝早くからお疲れさまです>数理統計研修応用編受講生のみなさん.講義に先立って計算機統計学の追加プリントを配布して,講義開始.一時間半ちょうどで終了した.晴れわたる観音台は日差しがまぶしい.午前11時の気温は12.6度.昼休み徘徊には最適な空模様.

◆昼休み徘徊.気温は15度を越え,降り注ぐ日差しがぽかぽかと暖かい.散る間際のフウノキが燃えるような赤だった.昼休みの歩き読み本:山田篤美『真珠の世界史:富と野望の五千年』(2013年8月25日刊行,中央公論新社[中公新書・2229],東京,4 color plates + x +309 pp., ISBN:978-4-12-102229-5 → 目次版元ページ)の第5〜7章読了.日本の養殖真珠史は利権の黒歴史.

◆午後の┣┣" 撃ち —— 来年2月に開催されることが確定した熊本県農業研究センター所内研修会(統計研修)のカリキュラム打合せ.受講生がそれぞれ「R&Rコマンダー装備」された Win PC を持参できるかどうかという問題が浮上.現状だったら,「R&Rコマンダー&Rスタジオ」は統計研修のための「必須三点セット」と名づけていいのではないか.すぐ返事があり,幸いなことに受講生は各自がノートパソコンを持参できることがわかった./熊本行脚の「宿」と「足」を確保完了./熊本巡業のハンドアウト一式とR三点セットのインストールの指示を連絡した./熊本行脚直前の福岡高座のプランもそろそろ練らないといけない.箱崎襲撃の日程について確認メールを送信した.折り返し返事があり,当初の予定通りで確定するだろうとのこと.こちらも「宿」と「足」を確保しよう.

◆[蒐書日誌]ご恵贈感謝!:東浩紀(編)『思想地図β vol.4-2:福島第一原発観光地化計画』(2013年11月20日刊行,ゲンロン,東京,191 pp., 本体価格1,900円,ISBN: 978-4-907188-02-3 → 版元ページ).既刊:東浩紀(編)『思想地図β vol.4-1:チェルノブイリ・ダークツーリズム・ガイド』(2013年7月10日刊行,ゲンロン,東京,159 pp., ISBN:978-4-907188-01-6 → 版元ページ)の姉妹本.

◆[分類思考]本日の残響:「牧村朝子の「武器としての教養」5冊」(2013年11月18日)

◆[欹耳袋]〈剽窃チェッカー〉※レポートの “コピペ” を検出するツール.先行の〈コピペルナー〉は有償だったが,〈剽窃チェッカー〉は無料・Cf: Gigazine「大学教授は大喜び、学生は戦々恐々のコピペ判定サイト「剽窃チェッカー」」(2013年11月18日)

◆夕餉はポトフが不完全変態したカレー.過去の “冷凍資産” と十分に仕込まれたポトフのスープのおかげで,ごくごく短時間に(それでもまる一昼夜は火を見せている)完成されたアダルトなカレーへと華麗なる変身を遂げた.大量にあるので,しばらくはカレー責めの日々が続くかもしれない.

◆本日の総歩数=8311歩. 朝◯|昼◯|夜△. 計測値(前回比)=94.1kg(+0.4kg)/ 30.8%(+0.1%)


18 november 2013(月)※数理統計研修応用編の開幕

◆午前5時起床.気温5.6度.今週は数理統計研修(応用編)の開幕.日の出なう.午前6時の気温は4.6度.午前8時の観音台は曇りところどころ晴れ間がのぞく.今朝の最低気温は4.5度,気温は6.9度と初冬らしい冷えこみ.日中は昨日並みの20度近くまで暖かくなるとの予報.朝イチの BGM はエディット・ピヒト=アクセンフェルトの〈フランス組曲〉.

◆[欹耳袋]竹尾見本帖での〈系統樹の森〉展示は今週金曜まで! ぜひぜひどーぞ.損はさせまへん.

◆[蒐書日誌]川村伸秀『坪井正五郎:日本で最初の人類学者』(2013年9月刊行,弘文堂,東京,本体価格5,000円,ISBN:978-4-335-56120-7 → 版元ページ)※牛のよだれが今まで伸びていたとはぜんぜん知らなんだぁ.毎日新聞書評「奇天烈な「知の自由人」を輝かせた明治の包容力」(2013年11月10日)|朝日新聞書評「多彩な交遊から浮かぶ人間像」(2013年11月17日).

◆午前の┣┣" 撃ち —— 来週以降の半月間は「週イチ勤務」生活が続くので,出張伺や兼業届などなど “不在申請書類” をまとめて提出完了.師走のつくば実在率は「9実在日/19労働日=47%」.ただし前半二週間については「2実在日/10労働日=20%」と極端に実在しない.ワタクシはいないものと思え.

そういえば,今月の給料はいつもの2/3の額だった.先々月は兼業の集中講義が多かったからだろう.農環研は裁量労働制ではないので,兼業で勤務時間に食い込めば,その分だけ本給が削られる.依頼出張として無給で講義するという選択肢はワタクシ的にはありえない.たとえ本務地での給料は減っても,自分が働いただけ(勤務先から)お金をもらう方が精神衛生上よろしい.大学や研究機関の「払いっぷりの良し悪し」も垣間見えて興味深い.非常勤講師として同じ仕事をしていても,私立大学の場合は一コマ「三万円/月」前後で安くあげようとしているのがみえみえ.国立大学法人の場合は「時給五千円弱」から「時給一万円程度」まで二倍の金額差がある.かつてのJICAは非常勤出講への金払いがとってもよかった.

科学者は研究者は,世事に疎くて,「お金」のことを気にしないように思われるのはとても心外.じっと生きているだけでもお金はかかる.内外で活動すればもっとかかる.研究者をタダで働かそうなんて論外の外.

◆数理統計研修(応用編)初日 —— 筑波事務所の数理統計研修(応用編)会場に出発しよう.ちなみに,これは “無給” のお仕事ね.筑波事務所のイチョウは今がちょうど見頃.数理統計研修応用編は受講者が12名という少数精鋭主義.ワタクシの多変量解析概論は正午前に終わった.さて,ぶらぶら歩いて農環研に帰りましょ.初冬の日差しが暖かな昼休みは気温が18度を越えた.高野台のベーカリー〈ミューレ〉にて季節限定の紅玉りんごジャムを買ってから,農環研圃場の端っこから入る.昼なお暗い参道を通って蜻蛉池稲荷にお参りしてから農環研に帰還した.本日の最高気温は午後2時過ぎの19.3度だった

◆[欹耳袋]spcafé #36 木村克美「兄・木村資生 ―ー分子進化の中立説を提唱した木村資生はどんな人だったか」2013年11月29日(金)17:00 ~18:30@Craig’s Cafe (名古屋大学理学部E館1F)

◆午後の┣┣" 撃ち —— 今月末から来月上旬までの┣┣" 撃ちカレンダー更新.別府♨巡業に続いて宮崎♨巡業が連続二回.観音台にはほとんどいない日々が続くのだ.

◆[蒐書日誌]着便 —— デイヴィッド・M・アームストロング[秋葉剛史訳]『現代普遍論争入門』(2013年10月25日刊行,春秋社[シリーズ〈現代哲学への招待・Great Works〉],東京,x+306+13 pp., 本体価格3,500円,ISBN:978-4-393-32337-3 → 版元ページ情報). “形而上学本” を出してくれる春秋社はありがたい.

◆[欹耳袋]「録画公開!右利きのヘビと左巻きのカタツムリ」(2013年11月18日)※「11月2日なまけっと会場での細将貴先生による「右利きのヘビと左巻きのカタツムリ」講演です」/ ITmedia eBook USER「本屋探訪記:京都市役所前にある新刊書店「三月書房」は「棚」の店」(2013年11月15日)※寺町通りを徘徊すれば必ず誘引される書店./Togetter -「Smips・研究現場の知財分科会(2013年11月)」の講演スライド:小松正「特定の研究機関に属さない独立系研究者としての生き方」ツイートが今も伸びる

◆午後5時前夕焼けグラデーションを背景に撤収.今日は昨夜のポトフを不完全変態させてアダルトなカレーにする日なのだ.完璧なフルムーンが東の空を昇ってきた.おみごと.明日も研修講義が続く.

◆本日の総歩数=10122歩. 朝◯|昼◯|夜△. 計測値(前回比)=93.7kg(−0.4kg)/ 30.7%(−0.3%)


17 november 2013(日)※ゆったり昼下り徘徊タイム

◆午前5時半起床.気温3.3度.外はまだ真っ暗.朝日がまぶしい朝は塩豚の仕込みをする.今朝の最低気温は午前6時過ぎの2.2度.きりっと冷たい青空が空の奥深くまで広がっている.しかし,予報では夕方以降は雨が降るらしい.徘徊するなら午前中か.

◆[自然を名づける]本日の打音:どっこい祭儀「猫の面接試験」(2013年11月11日)

◆先週の駒場「生物統計学」講義に関するいくつかの質問への回答 ——

  • #TodaiStat 先週の乱塊法の講義に関する質問への回答です. posted at 06:41:46
  • #TodaiStat 【質問】「乱塊法を使わねばならない状況がよくわかりません」/【回答】完全無作為化法は何も事前情報がないときに背景撹乱要因の影響を偶然誤差として解釈します.一方,乱塊法は事前情報に基いてブロックを設定し,偶然誤差とは別に,ブロック効果をモデルに組み込みます. posted at 06:46:10
  • #TokeiStat 【回答】(承前)したがって,乱塊法が使える状況では,完全無作為化法よりも偶然誤差がより小さくなるので,分析の精度がより高くなります. posted at 06:47:42
  • #TodaiStat 【質問】「無作為化する意味がイマイチわかりません」/【回答】実験結果に影響を与えそうな要因があるとき,データへの体系的な介入があると “交絡” のような致命的バイアスがありえます.それを回避する方法が無作為化です. posted at 06:50:16
  • #TodaiStat 【質問】「乱塊法の実例で,平方和の分割と “並行的” に自由度が分割されるという説明がわかりません」/【回答】完全無作為化法の説明では,偏差・平方和・自由度が要因ごとに分割される過程を説明しましたが,それと同様のことが乱塊法でも成り立つということです. posted at 06:52:59
  • #TodaiStat 【質問】「二要因乱塊法における主効果と交互作用効果はデータからどのように計算するのですか?」/【回答】要因数が増えても,乱塊法はつねにデータのばらつきを処理効果+ブロック効果+誤差効果で説明します.多要因の場合は,処理効果を主効果と交互作用効果に細分します. posted at 06:58:52
  • #TodaiStat 【回答】(承前)主効果と交互作用効果への細分については,まず主効果ごとに平方和をそれぞれ切り取り,交互作用効果は処理効果全体から主効果の総和を引いた残差として求めます. posted at 07:00:29
  • #TodaiStat 【質問】「講義では反復をブロックとして分けましたが,それ以外のブロックの作り方もありますか?」/【回答】乱塊法には,分割区法(split-plot)とかネスト法(nested ANOVA)のようなさまざまな応用バージョンがあります. posted at 07:04:31
  • #TodaiStat 【質問】「背景要因の作用方向が二次元的に直交しているときのブロックの作り方は?」/【回答】その場合は,ブロックも二次元的に切り分ける必要があるでしょう. posted at 07:07:17
  • #TodaiStat 【質問】「ブロック効果が有意になったとき,実験そのものに問題があったということでは?」/【回答】ブロック効果の有無は分散分析してみて初めてわかることで,事前には予測できないです.また,どのような実験をするかによっても,ブロック効果はあったりなかったりします. posted at 07:11:03
  • #TodaiStat 【回答】そのような背景撹乱があったとしても,ブロック効果を統計モデルに明示的に含めておけば,調べようとする実験要因の効果の判定には問題はないと考えるわけです.もっと条件のいい(ブロック間差の少ない)場所が使えるかどうかは別問題ですから. posted at 07:13:53
  • #TodaiStat 【質問】「要因間の交互作用があるかどうかを判定する数基準とは?」/【回答】分散分析で交互作用が “有意” になれば「あり」と言うしかありません.しかし,分散分析は「その交互作用とは何者か」に答える手法ではないのもまた事実です. posted at 07:15:53
  • #TodaiStat 【質問】「要因の数が増えるとともに交互作用の解釈が難しくなるのでは?」/【回答】確かに N 要因の間の交互作用は組合せの場合の数の総和になりますので,分散分析はどんどん複雑になります.事後の解釈を考えると過度に複雑な実験計画は考えものですね. posted at 07:19:08
  • #TodaiStat 【質問】「処理とブロックとの交互作用は考えなくていいのですか?」/【回答】処理とブロックの交互作用を考えることもあります.ワタクシはブロックは特殊な “要因” なので,他の実験要因とは別格に扱って交互作用は考えません.この点は,モデル選択論の回に解説します. posted at 07:23:15
  • #TodaiStat 【質問】「誤差偏差が “残りカス” をかき集めたものだとしたら,ちゃんと「誤差」としての意味はあるのですか?」/【回答】前提になる統計モデルはデータから計算されるその “残りカス” が互いに独立な等分散正規分布にしたがうことを前提としています. posted at 07:37:16
  • #TodaiStat 【質問】「信頼区間はどのようにして計算するのですか?」/【回答】標本平均間の有意差は t 検定で調べられますが,多重比較の場合は補正があります.分散分析の水準間差に関する信頼区間はその補正をこみにして計算します. posted at 07:49:14
  • #TodaiStat 【質問】「この授業に沿った内容を網羅した参考書はありませんか?」/【回答】来年あたり「紙の本」として出版されるかも.農業環境技術研究所のウェブマガジンで公開している連載〈農業環境のための統計学〉 tinyurl.com/kdh32uf をどーぞ. posted at 08:36:04
  • #TodaiStat 【回答】(承前)実験計画法の講義でワタクシが用いた実例の出典は:K A Gomez & A A Gomez 1984. Statistical Procedures for Agricultural Research, 2nd Edition です. posted at 08:38:52
  • #TodaiStat 【回答】(承前)IRRI の研究者 K A Gomez & A A Gomez の Statistical Procedures for Agricultural Research は pdf がダウンロード可 tinyurl.com/mxlzyoe posted at 08:41:10
  • #TodaiStat 【質問】「スクリプト deviation.R で用いているデータ yields.txt を公開してもらえませんか?」/【回答】このデータは生態学者 Michael J. Crawley の大著『The R Book』に含まれています. posted at 08:57:47
  • #TodaiStat 【回答】(承前)Michael J. Crawley 2007. The R Book tinyurl.com/kx6toh4 のデータファイルのダウンロード先 tinyurl.com/k82s45y に yields.txt があります. posted at 08:59:53
  • #TodaiStat 【回答】(承前)The R Book の「yields.txt」の URL tinyurl.com/m44dfrf R の練習用にご利用ください. posted at 09:01:27
  • #TodaiStat 先週の質問のまとめを公開しました:「生物統計学質問集(11月14日)」 tinyurl.com/nzo8mv6 posted at 09:35:14
  • #TodaiStat 講義で用いた偏差分割デモンストレーションを RPubs に公開しました: tinyurl.com/k7twcxw データ yields.txt の読み込みは URL 経由ですのでネット接続して試してください. posted at 09:37:15

—— 講義内容をきちんと理解している受講生はきちんとした質問を発することができる.

◆風もなくやわらかな日差しが降り注ぐ昼下りのつくばセンターは路上実験中のロボットとペデを散策する人間が絶妙に混じり合っていた.センター広場から友朋堂書店吾妻店へ,久しぶりに松見公園を一周りしてきた.相変わらず群れなす “猛獣鯉” どもが貪欲にも餌をねだっていた.そのうち陸上に上がるのではないか.ペデを南下し,食材を仕入れて帰還.

◆[欹耳袋]朝日新聞デジタル「「チキン南蛮」、ついに国語辞典デビューへ」(2013年11月17日)※「宮崎のご当地料理「チキン南蛮」が、来月に改訂される三省堂国語辞典に登場する」– 来月の宮崎巡業ではしっかり食べよう.さらに,「チキン南蛮のライバルとされるとり天(大分県)、佐世保バーガー(長崎県)といった九州・山口では知名度の高い他のご当地グルメは、まだ掲載されていないという」とのことなので,別府巡業では毎日とり天を食べよう.

◆夕方はポトフの仕込み.今日も真っ赤な夕陽が三井ビルの向こうに沈んでいく.本日の最高気温は午後2時過ぎの17.7度.雨が降るという朝の天気予報は完全に外れたようだ.

◆本日の総歩数=5531歩. 朝◯|昼−|夜△. 計測値(前回比)=94.1kg(−0.6kg)/ 31.0%(+0.2%)


16 november 2013(土)※穏やかな土曜は幸いである

◆午前5時半起床.気温は4.0度まで下がっている.朝焼けグラデーションが始まったばかり.午前6時の時の鐘が響きわたる.

◆[欹耳袋]年忘れまくり —— 年末の忘年会日程が次々に確定した:手始めに生物地理学会事務局の忘年会は12月12日(木)/ワタクシが幹事をする領域忘年会は12月16日(月)だ./続いて,東大農学部の専攻忘年会は12月18日(水)に予定されている./そして,東京農大昆研の研究発表会&忘年会は12月21日(土)との連絡あり.パブリックな忘年会はこれで全部だろう.

◆[欹耳袋]「赤ずきんちゃん」民話の系統発生 —— AFPBB News「民話「赤ずきん」の進化を系統樹で解明、英研究」(2013年11月15日)※この記事の記者さんは勉強不足じゃね? 出典:Jamshid J. Tehrani | The Phylogeny of Little Red Riding Hood | 13 Nov. 2013 | PLoS ONE 8(11): e78871. doi:10.1371/journal.pone.0078871 ※PAUP*, MrBayes, SplitsTree を用いた「赤ずきん」テクストの系統分析./Science 誌の解説記事:The Evolution of Little Red Riding Hood | Science/AAAS | 14 November 2013.

◆今朝の最低気温は2.7度と冷え込んだが,日中はぽかぽかと暖かくなるとの予報.ふとんを干すしかない日和.ここ数日の “冬日” は室内に避寒させていたプランターも日なたに並べよう.

◆[欹耳袋]現代芸術の系統樹 —— Ad Reinhardt こと Adolph Frederick Reinhardt が描く「現代芸術系統樹」は,Astrit Schmidt-Burkhardt の芸術系譜学本『Stammbäume der Kunst : Zur Genealogie der Avantgarde』(2005年刊行,Akademie Verlag, Berlin, ISBN:3-05-004066-1 → 目次)で初めて見た.アメリカ現代芸術の系譜を視覚化したこのツリーはとても印象に残ったので,その後,『系統樹曼荼羅』で取り上げ,来週いっぱいまで開催中の竹尾見本帖〈系統樹の森〉でも展示している.

この芸術系統樹の元典は:Ad Reinhardt 1946. How to Look at Modern Art in America. P.M., vol.6, no.299, 2 July 1946, p.13.いま調べたら,彼の図版はすでにインターネットで公開されていることを知った:

ついでに,他の芸術系統樹に関する文献をいくつか挙げておく.Ad Reinhardt の先駆となる Miguel Covarrubias のアメリカ芸術系統樹:Miguel Covarrubias 1933. The Tree of modern Art – Planted 60 Years Ago. Vanity Fair, vol. 40, no.3, May 1933, p.36 および Nathaniel Pousette-Dart 1938. A Tree Chart of Contemporary American Art. Art and Artistes of Today, vol.1, no.6, June-July 1938, p.2 については,下記の解説記事に詳述されている:

また,有名な Alfred Barr の芸術系譜ネットワーク「Barr's diagram」とそれを継承した「Ferel's diagram」については下記を参照:

◆[欹耳袋]NHK NewsWeb「国の研究強化に高額報酬検討を」(2013年11月13日)※金も出すけど口も出す以前に,どこからその財源をもってくるのかという問題.さらに言うなら,個々の研究者にいくら札束をわたしても,研究環境が今のままでは効果は期待できないだろう./読売新聞「国家公務員給与、引き下げ措置終了を正式決定」(2013年11月15日)※独法もよろしくねー.

◆日差しが暖かい昼下がりはてくてく歩いて〈コーヒーファクトリー〉にてカプチーノとともに一休み.穏やかな日和.今日の最高気温は16.7度.風もなく静かな一日だった.

◆午後の┣┣" 撃ち —— 数理統計研修(基礎編)の質疑ツイートをまとめた:「数理統計研修(基礎編)質疑」.

◆真っ赤な夕陽が沈むとともに,東の空から丸い月が昇ってきた.さて,夕餉の厨房仕事の時間だ.酒蔵の在庫状況:〈風の森・純米秋津穂〉五合・〈風の森・純米大吟醸キヌヒカリ〉・〈日置桜・純米鍛造にごり山田錦〉一升・〈神亀・純米吟醸ひこ孫〉三合・〈大七・生酛純米大吟醸・妙花闌曲〉四合・〈大七・生酛純米大吟醸・宝暦大七〉四合・〈花垣・鑑評会出品酒〉四合.山梨の勝沼ワインが赤白一升ずつ・その他,いろいろなワインが8本あるけど,どうでもいいって感じ.今夜は〈神亀〉の燗酒でキマリ.生活クラブの鶏肉でつくったいつもの親子丼をアテに,「ひこ孫」のぬる燗をちびちび飲めるシアワセを実感する.

◆本日の総歩数=9160歩. 朝◯|昼◯|夜△. 計測値(前回比)=94.7kg(+0.3kg)/ 30.8%(+0.2%)


15 november 2013(金)※統計研修基礎編が幕となる

◆午前4時半起床.気温6.9度.早朝から不測のじたばた.観音台は曇りところどころ晴れ.しだいに空が暗くなってきた.午前8時の気温は8.0度.冷え込みはしないがうすら寒い空模様.

◆[欹耳袋]昨日,つくば古典音楽合唱団の定演チケットをいただきました.どーもどーもです:第27回定期演奏会〈23歳のモーツァルトと19歳のシューベルト〉※2013年11月29日(金) @ノバホール,18:30開場,19:00開演.

◆午前の┣┣" 撃ち —— 今日は午後から数理統計研修の質疑討論に出席する./年末調整の書類訂正.今年は訂正一回ですみそうでよかった.

◆ワタクシの手もとに届いた数理統計研修(基礎編)受講生の「質問票」への回答 ——

  • #toukei2013 【質問】「離散的・質的変数データの場合も視覚化は可能なのでしょうか?」/【回答】グラフを用いたデータの視覚化は,連続型変量だけではなく,質的変数を含む離散型でも可能です. posted at 10:06:05
  • #toukei2013 【質問】「t検定やF検定などのパラメトリックな検定での反復数はどのように決めるのか?」/【回答】サンプル数ということでしたら,検定の精度(検出力)に応じたサンプル数の計算式があります. posted at 10:11:54
  • #toukei2013 【質問】「多重比較の前に分散分析を必ずしなければならないのでしょうか?」/【回答】必ずしもそうではありません.分散分析と多重比較では目的が異なっているからです.水準間の平均値の比較だけが目的でしたら,多重比較のみでもOKでしょう. posted at 10:15:39
  • #toukei2013 【回答】(承前)分散分析は,水準間のちがいではなく,水準が構成する要因それ自体の有効性の分析を目指します.その要因ははたして “ホワイトノイズ” である偶然誤差よりも “有意” なちがいがあるといえるのかどうかに関心をもちます. posted at 10:17:59
  • #toukei2013 【質問】「多重比較の際,アルファベットで有意差の有無を描画することはできますか?」/【回答】テューキーの箱ひげ図に対してアルファベットで有意差を描画するには,multcompView というRのパッケージが便利です. posted at 10:46:05
  • #toukei2013 【質問】「シャピロ-ウィルク検定で検定している正規性とは何でしょうか?」/【回答】水準をまたいだデータ全体が正規分布をしているかどうかの検定ですね.帰無仮説が棄却されれば,いずれかの水準が正規分布から外れているということになります. posted at 10:55:06
  • #toukei2013 【質問】「R実習の復習ができる資料は公開されていないか」/【回答】ワタクシの範囲については〈租界R〉 ow.ly/qQdhv でスクリプトと出力結果を公開しています. posted at 10:57:21
  • #toukei2013 【質問】「Rコマンダーで paired t test と Wilcoxon test をスタック形式でやれないでしょうか?」/【回答】Rを用いたノンパラメトリック検定の記事 ow.ly/qQdJ2 によるとR本体ではできるようです. posted at 11:04:12
  • #toukei2013 【質問】「サンプル数が少ない場合,正規性検定は意味があるのでしょうか?」/【回答】やらないよりはマシですが,あまり意味はないですね.分析に要求する精度(検出力)を達成するための必要サンプル数を求める方がいいでしょう. posted at 11:07:13
  • #toukei2013 【質問】「Mann-Whitney のU検定を行なうと確率が1になってしまいます.サンブル数が少ないのでしょうか?」/【回答】そうかもしれません.群馬大の青木さんのサイト ow.ly/qQezT を参考にしてみてください. posted at 11:17:08

◆[欹耳袋]Rcmdr for Mac OS X の新バージョンには,「データのインポート」メニューに「エクセルから」という項目が追加されたのね.いま初めて気づいた.前バージョンにはなくてとても不自由していたのでシンプルに(●'◡'●)ノ♥.

◆庶務から「みなかさん,お酒が届いたよ〜」との電話あり.真っ昼間に着便したのは福島・二本松の蔵元〈大七〉の逸品:生酛純米大吟醸雫原酒「妙花闌曲」と「宝暦大七」の二本.あまりに逸品すぎていったいいつ開栓すればいいのだろう…….とりあえず,冷暗所に安置しておきましょう.

◆数理統計研修(基礎編) —— お昼休み.今にも雨が降りそうな筑波事務所.数理統計研修会場に早々と入る.午後1時から,質疑討論タイムのはじまりです.

  • #toukei2013 ワタクシが受けた質問については,すでにこのハッシュタグで回答をつぶやきました. posted at 12:57:49
  • #toukei2013 それ以外の質問についてはリアルタイムで受け付けます. posted at 12:58:23
  • #toukei2013 ワタクシの質問回答タイムだん.続いて,竹澤邦夫センセがGLMに関する回答ちう. posted at 13:39:41
  • #toukei2013 GAMLSS パッケージを用いた GLM を用いると対数正規分布とかワイブル分布など “ヘンな” 確率分布を使ったモデリングが可能だろう(竹澤談). posted at 13:41:31
  • #toukei2013 数遊び日記「AIC (赤池の情報量規準)とカイ2乗分布」(2013年1月31日) tinyurl.com/l668db7 posted at 13:57:52
  • #toukei2013 これにて数理統計研修(基礎編)はおしまいです. posted at 14:03:18

—— 数理統計研修(基礎編)は今日で終わり,来週からは応用編が始まる.

◆[欹耳袋]統計学の講師を外部から呼んできたら,最低でも「時給ん万円」は払わないとダメなんですよぉ.SAS とか大手が主催している統計講座は one-day でほぼ6万円かかるし.ロハで労働奉仕するのはそろそろ卒業するかー.農水省独法では,外に統計学の講義に行っても「謝金なし」の依頼出張がデフォルト.ワタクシの場合,他の職員よりも段違いに「兼業」の件数が多いのは,タダの依頼出張が当たり前と思われたくないという理由が根底.本務地での給料は減らされるけど,兼業が個人的デフォ.先方は「謝金を払う」とちゃんと言っているのに,こっちが「謝金はいらん」と固辞するという現行システムは,労働のインセンティヴを大きく損なっている.ちゃんと働いたら,ちゃんとお金をもらいたい.

◆午後3時前,冷たい雨が降りしきる昼下り.統計研修を終え,筑波事務所から農環研に帰還.正午過ぎに10.1度まで上がった気温は,雨とともに下がり始め,午後2時の気温9.5度.しんしんと染みこむ寒さ.晩秋は駆け抜けて,初冬の装い.

◆[欹耳袋]archief voor stambomen - 「バーボンウイスキーの系統樹」(2013年11月15日).

◆冷え込む夜は鍋の出番だ.海鮮チゲ鍋とともに〈風の森〉25BY 純米しぼり華・秋津穂を開栓.この微炭酸がたまらない.うまくて死むん〜♫•*¨*•.¸¸♪ 一升瓶を開栓したのに,残ったのは四合瓶一本分だけ.

◆[系統樹の森]カラフル・徒然帖「系統樹の森 – 紙とインフォグラフィックス」(2013年11月13日)※コールドフォイル印刷はスキャンできない印刷物なので,展示会場でブツを手にする以外どうしようもない.これまた宣伝戦略のひとつかも./ジャック・ベルタン本をチェックしたら(英訳本, p. 276)「M. Toptchibachy, Rachid-ud-Din, la réunion des chroniques, unfinished work」と出典が記載されている.M. Toptchibachy によるこのチンギスハーン家系図は,現代の分子系統学でも多用されている「環状樹(circle tree)」の先駆にあたる.このベルタン本はグラフィック・デザインの業界でもよく知られた本で,図形言語としての「グラフ」の属性に関する詳細な記述と豊富な事例はとても参考になる.

◆本日の総歩数=5527歩. 朝◯|昼◯|夜△. 計測値(前回比)=94.4kg(−0.6kg)/ 30.6%(−0.5%)


14 november 2013(木)※午前はつくば,午後は駒場

◆午前4時半過ぎ起床.気温氷点下1.3度.今季最低をまたまた更新.朝焼けグラデーション.気温は氷点下1.6度.まだまだ下がりそう.けっきょく,今朝の最低気温は氷点下1.9度だった.冬晴れの観音台は寒気に包まれている.出勤簿押印のためたった5分間だけ農環研に実在したのち,筑波事務所へ直行.今日の午前中いっぱいは統計研修のR実習がお座敷.

◆[自然を名づける]著者名に関する情報:Carol Kaesuk Yoon ファーストネーム以外は韓国ルーツ.おそらくは「Kaesuk Yoon」=「윤계숙(尹桂淑)」とのこと.音読みは「キャロル・ケスク・ユン」がもっとも原語に近いそうだ.できれば,本の出版前に確認すべきだったなあ…….まさか韓国籍とは想像もしなかった.

◆数理統計研修(基礎編) —— 今日のR実習では,Rコマンダーをインストールできない “不幸” が頻発した.zip の中身をひとつひとつRの「library」フォルダーへコピーするという最終手段により何とか全員がシアワセになってほしいのだが.R側の問題もさることながら,Windows 側にも責任あり.管理者権限でログオンしないとダメなのだが,Windows の管理者には “序列” がある.中間管理職ではダメで,全権を掌握する経営者でなければならない.パソコン実習の「不幸のかたち」はさまざまである.Vista のころは全員が不幸だったのでよかったが,7 とか 8 になって不幸のかたちのばらつきが増してきたようだ.数々の不幸せを踏み越えて,何とか全員が苦界から這い上がってきた.休憩なう.これからやっとRコマンダーを用いた線形統計モデルの解説ができる.毎年新たなタイプの「不幸せ」が降臨するのが世の常.

今日のパソコン実習の全員のセットアップに一時間ほどかかった.過去の経験から行って,60名がそれぞれ持ち込んだノートパソコンに必要なソフトウェアを “正常” にインストールするにはこれくらいの時間はどうしてもかかってしまう.方々から異なる “かたち” の不幸が湧き上がり,そのつど異なる対処をする必要があるから.今日も RODBC パッケージが動かない受講生が半数近く発生したので,エクセルからの読み込みはクリップボード経由になってしまった.セットアップ時間を節約して,すぐに講義に入るためには,電農館PC実習室のような備え付けの同一パソコンに事前に必要なアプリをすべてきっちりインストールしておくしかないだろう.数理統計研修の場合,研修室がオフライン環境なのがよろしくない.Rのパッケージのインストール作業はネット経由が確実だから.オフラインだと救済に手間取ることになる.

—— Rは絶え間なくバージョンアップし,パソコンもどんどん返信するので,一期一会のパソコン実習はこれからもさまざまなトラブルとずっと付き合い続けていくしかない.

◆都内出撃の午後 —— 午後1時,つくば駅.完璧冬晴れ.正午の気温12.4度.意外に寒くないのは南風が吹いているからだろう.午前3時感あまりの統計研修お座敷を終え,これから都内出撃.神保町の〈系統樹の森〉展示をちょっと覗いてから,駒場のお座敷に向かう.午後1時半,北千住.都内の気温は13.5度.風もなく日差しが暖かく感じる.まずは駿河台下へ向かう.午後2時,神田錦町,竹尾見本帖〈系統樹の森〉展示会場ひとまわり.来週が最終日なのでお客さんがもっと増えるだろうとのこと.午後3時半,駒場東大前.雲が空を覆ってきた.気温は13度台だが,そんなに寒くないのはうろうろ徘徊しているせいだろう.講師室にて遅いランチ.本日の講義は乱塊法ならびに多要因実験についての解説です.

◆[欹耳袋]ラーメン〈二郎〉駒場店,11月22日オープン! 駒場キャンパスにポスターが貼ってあった.

◆午後8時過ぎ帰還.今日もよく動きまわりました.明日は数理統計研修(基礎編)最終日.午後,質疑討論タイムに出席する予定.

◆本日の総歩数=11789歩. 朝◯|昼◯|夜△. 計測値(前回比)=95.0kg(−0.2kg)/ 31.1%(−0.2%)


13 november 2013(水)※お座敷のない日は会議詰め

◆午前4時半過ぎ起床.気温1.0度.今朝もきりきり冷え込んでいる.午前6時,朝焼けグラデーション.今日も雲ひとつない冬晴れの空.冬晴れ快晴の観音台.今朝の最低気温は0.1度とかろうじて氷点下にはならなかった.午前8時の気温は7.2度.乾いた北風が冷たい.景気づけに朝からマーラー7番〈夜の歌〉を BGM をジンマン/トーンハレで.

◆午前の┣┣" 撃ち —— 熊本県農業研究センターへの統計巡業の日程がほぼ確定した.今のところ2月21日(木)〜22日(金)に合志にて高座をお勤めする予定.農試までは近いそうなので,きっと熊本市内泊になるだろう./明日の統計研修R実習の準備.ひさしぶりに Win XP を立ち上げたら「更新の祭典」が絶賛進行中.(仕事にならん……)/そろそろ館内放送された瞬間停電タイムなので,LAN を切断して E-mobile に切り替えだん.最近は通常出勤日にも WiFi 持参が欠かせなくなってしまった.聞くところによると, “なかのひと” たちはみなさんそれぞれ小技を使っているらしい.瞬間停電後しばらくは LAN が使えないはずなので,E-mobile をもってきて正解./統計研修講義室が “オフライン” なので,必要なRパッケージ群は USB で配布するしかない.やっと累積更新の “禊” が終わって仕事開始の Win XP 機が CRAN からがんがんダウンロードしまくっている./CRAN の筑波ミラーサイトは抹消されたのか.R for Mac OS X の環境設定(「起動」)で,デフォルトの CRAN ミラーサーバーを統数研に変更し,どんどんダウンロードしまくる.Rcmdr は version 2.0.1 になってますます肥満化しているよーな.付随パッケージが多いのなんのって./所内領域会議(10:30〜11:00).今日はとくに大きな議題もなく,さくっと終わった.「忘年会」ということばが飛び交う.

◆[蒐書日誌]シャロン・バーチュ・マグレイン[冨永星訳]『異端の統計学 ベイズ』(2013年10月29日刊行,草思社,東京,510 pp., 本体価格2,400円,ISBN:978-4-7942-2001-1 → 版元ページ)※「ベイズの法則」→「ベイズの規則」,索引省略は残念.何よりも新刊の版元はウェブサイトに「目次」をちゃんと掲載してほしい.中身を見ないで,迷わず「タイトル買い」や「ジャケ買い」できる本はごく限られているので.

◆正午の気温は10.9度.北風は冷たいが,日差しは暖かい.昼休みの徘徊を小一時間.歩き読み本: 山田篤美『真珠の世界史:富と野望の五千年』(2013年8月25日刊行,中央公論新社[中公新書・2229],東京,4 color plates + x +309 pp., ISBN:978-4-12-102229-5 → 目次版元ページ)の前半4章,およそ100ページを読み進む.良書.新書はかくあるべし.

◆午後の┣┣" 撃ち —— 午後イチのお仕事は毎年恒例の「異動調書」に関する個人面談.農水省系独法の中ではなぜ “情報” とか “統計” がらみの研究キャリアパスが「イバラの道」と化すのかという根源的問題について話し合う.そもそも研究者のキャリアパスとは,本人が自発的につくりあげようとする意欲とともに,それを評価し育もうとする組織側のインセンティヴがあって初めて成立することだろうという落とし所.この点でいえば, “情報” とか “統計” という農水省独法的には明らかにマイナーな研究分野の場合,研究者個人が輝けるキャリアパスを歩むことは相当な困難がともなう.実際,きちんとしたキャリアパスが築けなかった事例はいくらでも挙げられる.単純に周囲を見回しても適当な “ロール・モデル” がいないというのは,マイナス要因のひとつに挙げられやすい.しかし,そんなのはどうでもいいこと.利己的に独立栄養型の研究者の道を歩めばいいのだろう.

—— とても「異動調書」に関わる面談で話すようなことではなかった.

◆夕方の┣┣" 撃ち —— 明日の統計研修R実習の準備がなんとか終わった./熊本県農業研究センターの統計巡業は一日延長の二泊三日日程に変更された.

◆[欹耳袋]統計学グッズたち —— 連日,小難しい数理統計学に苦しめられているみなさんへ,Nausicaa Distribution から愛らしい「確率分布ちゃん」グッズがいろいろ出ています.まずは,クリスマスプレゼント用の「ミニ正規分布ちゃん」15個セット.正規分布はつねにやさしく微笑みかけます.ちょっとバロックな「カイ二乗分布」もかわいい.クリスマスツリーになった「t分布クン」はどうでしょう.「一様分布マクラ」は均一な安眠を誘うでしょう.極値な「ガンベル分布」はちょっと気難しそう.そして,机の前には「有意水準ポスター」を貼ろう!

◆夕焼けグラデーションを背景に帰宅.気温がぐんぐん下がっている.午後8時の気温2.7度.午後9時,気温1.7度.午前10時,気温0.9度.午後6時から1時間ごとの気温が「4.9→3.6→2.7→1.7→0.9」とほぼ直線的に下がり続けている.氷点下になる前に “冬眠” した方が身のためかも.ぬくぬく布団とあったか毛布の準備をいたしましょう.

◆本日の総歩数=10384歩. 朝◯|昼◯|夜△. 計測値(前回比)=95.2kg(+0.3kg)/ 31.3%(+0.5%)


12 november 2013(火)※氷点下の冷え込みは今季初

◆午前5時前起床.気温0.4度.もちろん今季最低.寒すぎてどうしようもないので床暖オン! 朝焼けグラデーション.観音台はきりっと晴れ上がった冬の空.今朝の最低気温は氷点下0.5度.午前8時になってもまだ4.3度.今日のお座敷は午後の実験計画法.それまでは居室で他の┣┣" 撃ち.

◆午前の┣┣" 撃ち —— 午後の講義準備.昨日の懇親会で受講生を一周りしてきた感じでは,初日にして早くも真っ白に燃え尽きた人もいたようだ.いかにして蘇生させるかが腕の見せ所./租界R更新 –「統計学へのお誘い本リスト(Version 12-November-2013)」※「異端ベイズ」本が届いたのでちょこっと付け足し./日本蝶類学会は「テングアゲハ」派と「フジミドリシジミ」派に分かれていたことをたったいま知った.世事に疎すぎて話にならん.

◆[欹耳袋]Togetter -「学生よ、ノートを取れ!」※講義スライドには,「字」を細かく書くのではなく,「絵」をざっくり描くようにしている.

◆正午の気温は10.0度.寒そうだが天気のいい昼休みなので,ぶらぶら徘徊しながら統計研修会場に向かうとしよう.午後の「実験計画法」講義の補足資料を配布した.今日使うスライドからのピックアップ.実験計画法の本論に入る前に,パラメトリック統計学のおさらい.正規分布の性質を示したところで一休み.午後4時に講義終了.その後,質問の行列が一時間ほど続き,午後5時前にやっと筑波事務所をあとにする.

◆[自然を名づける]本日の打音:川端裕人「魚類は「科学的」に存在しない?」※11月10日付の朝日新聞書評がブック・アサヒ・コムで公開された.

◆観音台は夕焼けグラデーション.農環研業務棟にて午後5時半から今年の収穫祭が始まる.アルコール無しで鯨飲馬食.炭水化物とタンパク質の大量摂食し,午後7時には帰宅.

◆[欹耳袋]苗字の読み方あれこれ —— Yahoo! Answers | What is the correct pronunciation for the surname Futuyma? ※Douglas J. Futuyma の苗字の “読み” がやっとわかってスッキリ! 「Futuyma」姓はポーランド系の出自の苗字とのことで,その正しい発音は “Fuh-tyoo-ma / Foo-too-ma” だそうな.かつて蒼樹書房から『進化生物学』が出たとき “フツイマ” が固定されてしまったらしい.また,ワタクシの昔の知人は “ふつやま” という日本人だと誤解していた.正しくは “フトゥーマ” だった.これで積年の疑問のひとつが氷解した.

苗字の読み方で言えば,『自然を名づける』の著者 Carol Kaesuk Yoon も大難問だった.お母さんは日本人なのでアジアンな顔立ちだが,苗字のルーツがまったく不明.父方が東南アジア系なのかも.今度ご本人に確かめてみるか.『自然を名づける』の中で, “Yoon” という苗字を教授に正しく読んでもらえなかったというエピソードが載っている(p. 272). “ウォーン” とか “ヴォーン” とか適当に呼ばれたとのこと.

この「Yoon」姓はどうやら韓国ルーツの苗字らしいことが判明した.「尹=Yoon」は「ユン」に近い音らしい.とすると,ミドルネームの「Kaesuk」も韓国語ルーツの漢字が当てはまる? Willi Hennig だって,よくある「ヘニッヒ」ではなく,「ヘニック」がドイツ本国的には正しい読み方だそうで.まったくもって人名の「読み」はやっかいだ.

◆明日はお座敷がない代わりに,会議と面談が詰まっている.

◆本日の総歩数=7859歩. 朝◯|昼◯|夜△. 計測値(前回比)=94.9kg(0.0kg)/ 30.8%(−0.2%)


11 november 2013(月)※今日は数理統計研修の初日

◆午前5時前起床.気温10.0度.統計研修ウィークのスタート.いかにも初冬らしい灰色の雲に覆われた観音台は,午前8時の気温が10.1度の肌寒さに包まれている.朝イチの BGM はアルノンクールのバッハ〈マタイ受難曲〉.

◆[欹耳袋]ほくそ笑む「「5分でわかるベイズ確率」というタイトルで発表しました」(2013年11月11日)/SlideShare「5分でわかるベイズ確率」(2013年11月9日)※第35回R勉強会@東京(Tokyo.R)でのスライドとのこと.

◆午前の┣┣" 撃ち —— 合志の熊本県農業研究センターから統計高座の依頼あり.どうやら南九州に縁があるようですな.日程調整ちう.年末までは身動きが取れないので,来年始めかな./二つの学会から「年次大会シンポの企画,よろしくね」と連絡があったのだが……

◆数理統計短期集合研修(基礎編)初日 —— 午前10時,筑波事務所に出撃.週明け最初のお仕事は数理統計研修(基礎編)の統計学概論講義.今年の受講者は基礎編が56名,応用編が12名(+基礎編からの継続受講者)で,例年よりも少ない.午前10時半からワタクシの「統計学概論」が始まる.今年の数理統計研修のハッシュタグは #toukei2013 と指定します.正午前,統計学概論おしまい.みなさん,頑張って生きのびてください.

◆[欹耳袋]目黒鮫之助のブログ:21世紀の生存戦略「桜蔭生と結婚したほうが良い5つの理由」(2013年10月28日)※「相手を桜蔭生にするだけで、収益2倍 、リスクは半分になるということを」– 優良物件! あらぬ方向で有名になっている “筑駒” や “灘” を裏返したような “桜蔭” のイメージ戦略か.それにしても「鉄のカーテン」って…….

◆[欹耳袋]Togetter -「大学の学費は高いのではないか!?」 /「大学の学費は高いのではないか?(続編)」 /これ重要:外務省「経済的,社会的及び文化的権利に関する国際規約(社会権規約)第13条2(b)及び(c)の規定に係る留保の撤回(国連への通告)について」※「特に,無償教育の漸進的な導入により」条項に拘束.

◆午後の┣┣" 撃ち —— 午後イチのお仕事は所内セキュリティ講習会.午後1時半から小一時間./某大学の教務関係の連絡.以前にもこういうアクシデントがあった.教務システムが緩んでいるんじゃない?

◆[自然を名づける]本日の打音:えめばら園「リンネの分類 ヨーン (2009) [2013]」(2013年11月9日)・「分類学をちゃんとした科学にしようとした人達とその失敗 ヨーン (2009) [2013]」(2013年11月9日)・「生物分類能力の生得性 ヨーン (2009) [2013]」(2013年11月11日)/Amazon ベストセラー商品ランキングの「生物学」部門で(瞬間的に)「第1位」になっている!

◆お昼休みまではよく晴れていたのに,午後になって前線通過に伴う黒雲が.もうすぐ雨が降り出しそうな気配濃厚.午後2時過ぎに雨.前線南下とともに気温降下.観音台ではなお降り続いているが,雲間から日が差してきた.午後4時,前線と雨雲が通りすぎて,いまは晴れている.その代わり気温が急降下ちう.午後1時過ぎの最高気温15.9度が午後3時には10.9度に.

◆午後5時過ぎ,夕焼けグラデーションをバックに農林団地のシルエットが鮮やかに浮かび上がる.筑波事務所食堂の懇親会会場に到着.でも,だれもいないんですけど…….ぼっち.そのうち, 受講者が三々五々集まってきた.午後5時半に懇親会スタート.2時間きっかりでお開き.筑波事務所での懇親会を終え,つくバスで帰宅.気温は5.8度まで冷え込み,〈山桜桃〉くらいではまったく燃料不足なので,さらに追加ジェット燃料を補給しよう.

◆統計研修ウィークは始まったばかりだ.明日も午後いっぱいは実験計画法の講義がある.

◆本日の総歩数=6299歩. 朝◯|昼◯|夜△. 計測値(前回比)=94.9kg(−0.8kg)/ 31.0%(+0.2%)


10 november 2013(日)※カピオでのお仕事サンデー

◆午前5時半起床.気温10.7度.お米を研ぐ研ぐ.7:38 に震度5弱の揺れが長く続いた.つくばの真下あたりが震源だったようで.

◆[自然を名づける]朝日新聞書評・川端裕人「魚類は「科学的」に存在しない?」(2013年11月10日).ををを,これで売上倍増だあっ!/本日の打音:アマゾン・カスタマーレビュー「まあ、面白い[By 豚のしッぽ]」(2013年10月29日)

◆〈つくば科学フェスティバル2013〉 —— 午前9時,会場のカピオに入る.農環研のブースで,農業環境古地図データベースの展示説明要員として召喚された.午前10時から午後3時半まで,ランチ休憩をはさんで働きまくる.日頃,所内貢献がないのでこういうときくらいはちゃんと働かないといけない.外は小雨が降っていたようだが,中にいるのでぜんぜん外界がわからない.今日の最高気温は午後2時の21.2度.どうりで会場が蒸し暑かったはずだ.カピオは中も外もいろいろな参加団体が入り乱れて,意外なほど混雑していた.午後4時,つくば科学フェスティバルが終わり,カピオ撤収.外はもう夕暮れタイムだ.

◆[欹耳袋]BOOKSCAN × 著者インタビュー:戸田山和久※「人文学の場合はゆっくり考えることが重要なので」「1人が書いていい論文の数の上限を「一生に5本まで」などと設けたらどうかな」/日本経済新聞「政府、トップ研究者に年俸制 理研など新法人移行で」(2013年11月9日).いろいろ出てきますなあ.

◆日本酒も25BY新酒の季節 —— 京都の北白川から一升瓶が3本着弾:1) 25BY 〈風の森〉純米しぼり華・秋津穂」 2) 25BY〈風の森〉純米大吟醸しぼり華・キヌヒカリ 3) 24BY〈日置桜〉純米鍛造にごり・山田錦.これはもう飲むしかない.〈風の森〉は瞬時にして空っぽになるだろう.〈日置桜・鍛造にごり〉は燗酒に特化したにごり酒.

◆明日から数理統計短期集合研修が始まるでぇ.基礎編と応用編で計二週間の長丁場.

◆本日の総歩数=5732歩. 朝◯|昼△|夜△. 計測値(前回比)=95.7kg(+0.5kg)/ 30.8%(+0.9%)


9 november 2013(土)※うすら寒い土曜は肉を焼く

◆午前6時前起床.曇り.気温は6度台の薄ら寒さ.前夜のご乱行がたたって,ゾンビのように室内徘徊する早朝.

◆[自然を名づける]明日11月10日の朝日新聞書評欄に載ることになったので,増刷を急いだというしだい.

◆[欹耳袋]分子系統ワークショップの事後処理 —— leeswijzers stamboom 「2013年度・第176回農林交流センターワークショップ〈分子系統学の理論と実習〉」※講義資料と使用ソフトウェアなどの情報を付加/Togetter -「2013年度・第176回農林交流センターワークショップ〈分子系統学の理論と実習〉ツイートまとめ」※昨日終わった分子系統ワークショップの備忘メモ.今年はほとんどワタクシ独りでつぶやき続けた./分子系統ワークショップ講師のみなさんへのお礼メール.予算が許せばまた来年もきっと開催されるだろう.

◆土曜の┣┣" 撃ち —— お昼前,クリーンセンターまで粗大ゴミ運搬大作戦完遂.帰りがけに〈ブロートツァイト〉にてパンを買いまくり,それでは飽きたらず〈エクメック〉でもさらにパンを.パンだらけの昼下り.正午の気温は14.5度.冷たい北風が吹き抜ける曇り空.東大通りの街路樹もカラフルに色づいていた./午後は系統樹コンサルタント┣┣" 一頭を征伐.

◆[欹耳袋]うわ〜:ウィキペディア「博士号 (筑波大学)

◆今日の最高気温は正午前の15.1度どまり.終日うすら寒い曇り空だった.景気づけに豚肉のカタマリを焼いている.気が滅入る空模様の日は肉をどかんと焼くしかない.今夜の「ドライフルーツ巻き巻きローストポーク」のレシピ —— 備忘メモとレシピは以下のとおり:

  1. 豚もも肉700g塊を室温にもどしてから,肉塊を厚さ2センチに展開する(肉の形状によって切り方をそのつど変えている).このとき厚さにできるだけムラがないよう注意する.展開した面に砕いた塩を振って,砕いた黒胡椒をすりこむ.さらに,青柚子の砂糖漬けをたっぷりはさむ.苦味のある柑橘系マーマーレードが合う.
  2. 干しぶどう適量を赤ワインと行者ニンニク醤油につけこむ.クルミ適量を砕いて,干しぶどうとともにはさみこむ.たこ糸で中身のフルーツがこぼれ落ちないようにぐるぐる巻きにしっかり緊縛する.
  3. ビニール袋2枚を用意し,赤ワイン+醤油+甜麺醤を適量混ぜ,さらに干しぶどうの戻し汁を混ぜる.緊縛した肉を袋に移し,浸け汁をたっぷり注いで,袋の口をしっかりしばる.できればそのまま冷蔵庫で一晩寝かす方がいい.
  4. 下味をつけた豚肉を取り出し,半日ほどかけて室温にもどす(冷たいまま焼き始めると中心部分が生焼けになってしまうから).熱したフライパンで肉にしっかり焦げ目をつける.浸け汁はローストポークの卓上ソースにする.
  5. オーブンの準備をする.くず野菜をオーブン皿に敷き詰め,「180度」でまず予熱.予熱がすんだら「45分」に時間を設定し,肉を焼き始める(付け合わせのジャガイモやニンジンをいっしょに焼くのもいい).焼き上がったら,肉を上下逆にしてさらに「5分」焼く.金串を中心にさし込んで10秒おいて引き抜いたときにやや熱ければよし(しみ出す肉汁は透明になっているはず).
  6. 焼けた肉はあら熱をとって冷ます(スライスは翌朝).焼きたてをスライスしようとすると,弾けてばらばらになるので要注意.味には変わりはないが,ヴィジュアルにはよろしくない.
  7. 肉を取り出したあとのオーブン皿の肉汁をフライパンに移し,上の浸け汁を加えて加熱する.ほどよく煮詰まったらこし取り,ローストポークのソースとして卓上へ.お好みでマスタードなど.

◆[系統樹の森]夜想園blog「系統樹の森」(2013年11月7日)※いろいろな反響があってうれしい./kitaCafe「彷徨う視覚表現。」(2013年11月3日)

◆明日はカビオでの〈つくば科学フェスティバル2013〉に動員されて一日仕事だ.

◆本日の総歩数=907歩. 朝◯|昼◯|夜△. 計測値(前回比)=未計測/未計測


8 november 2013(金)※WS最終日は秋晴れが戻る

◆午前5時前起床.米とぎ.気温6.8度.冷え込む夜明け前.朝焼けグラデーションから日の出へ.気温6.2度.午前8時半,今朝は車で筑波事務所電農館へ.すっきり秋晴れ.今朝の最低気温は5.4度まで下がった.

分子系統ワークショップ三日目 —— 分子系統ワークショップ最終日.会場ではすでに朝イチの川北さんが講義準備を始めている.


    川北篤「分子系統樹に基づく共進化の分析」
  • #176ws 朝イチの講義は川北篤さんの「分子系統樹に基づく共進化の分析」. posted at 09:01:39
  • #176ws 寄主と寄生者の系統関係 “鏡像性” に関する「Fahrenholz の法則」は百年前の1913年に提唱された. posted at 09:08:44
  • #176ws (承前)Fahrenholz's rule という呼び名は:W. Eichler 1948. Some rules in ectoparasitism tinyurl.com/mjbhblv に由来する. posted at 09:18:32
  • #176ws (承前)ただし,このEichler 論文 tinyurl.com/mqb9s8s [pdf] を見ても,「Fahrenholz」の出典に関する文献情報は載っていない. posted at 09:23:48
  • #176ws ある寄生者が複数の宿主を利用するケースは共種分化系統解析の問題. posted at 09:35:30
  • #176ws (承前)逆に,ある宿主が複数の寄生者を受け入れている場合も裏返しの問題か. posted at 09:37:14
  • #176ws (承前)Reconciliation method なら多重集合(multiset)の理論でやれないことはないけど. posted at 09:38:04
  • #176ws TreeMap は Windows 7 では動かないのか! tinyurl.com/kgczmjp posted at 10:08:55
  • #176ws 川北センセの講義終了.一休みちう. posted at 10:34:56

  • 田辺晶史「分子系統樹推定に適した配列データセットの作成」
  • #176ws 引き続き田辺晶史さん「分子系統樹推定に適した配列データセットの作成」の講義スタート. posted at 10:38:32
  • #176ws 虎の穴. posted at 10:38:50
  • #176ws 分子系統推定に適さない分子データはいろいろある.フレームシフトとか開始・終始コドン変異とか挿入欠失とか. posted at 10:45:35
  • #176ws 系統樹全体にわたって共通の進化プロセスを仮定している. posted at 10:47:31
  • #176ws 淘汰圧が異なるパーティションを含まないように. posted at 10:50:57
  • #176ws アヤシい配列部分は思い切って捨てよう. posted at 10:52:38
  • #176ws 実習資料はすべて第五次元に置かれている:「分子系統学演習 - データセットの作成から仮説検定まで」 tinyurl.com/ylmomfj posted at 10:57:19
  • #176ws パソコン実習虎の穴ちう. posted at 11:15:39
  • #176ws 「正規表現」のワザはぜったい覚えるべし. posted at 11:40:29

◆ぽかぽかと暖かい観音台は正午の気温19.6度.ランチは今日も〈おはん〉へ.電農館に帰還なう.もうすぐ午後の虎の穴が始まる.

◆隙間の┣┣" 撃ち —— 『自然を名づける』増刷に向けての修正箇所を編集部に送信.とりあえず大きめの "蟲" を捕獲し,その後,微小┣┣" どもを征伐する.予定通り午前中に正誤リストを放流した./北白川に発注完了.

◆[欹耳袋]NHK NewsWeb「非正規の教職員 雇用期間を制限も」(2013年11月7日)※「全国の私立高校の間で、非常勤の教師など非正規雇用の教職員の雇用期間を5年以内に制限する動きが広がっている」– 大学も中高も関係なし.大学の場合,必修科目を非常勤講師が担当してはいけないという “不文律” がある.中学や高校だとそんなこと言ってられないよね.

分子系統ワークショップの午後の部 ——


    田辺晶史「分子進化の統計モデリングとモデル選択」
  • #176ws 午後イチは,田辺晶史さん「分子進化の統計モデリングとモデル選択」の講義と実習から. posted at 12:59:58
  • #176ws 塩基置換モデル百態.Covarion モデルはめんどくさいので使われないらしい. posted at 13:08:52
  • #176ws 枝ごとの置換速度が等しいか(比例モデル),それとも否か(分離モデル). posted at 13:12:25
  • #176ws Kakusan4 実習ちう. posted at 13:27:41

  • 田辺晶史「最尤系統樹推定と系統樹の信頼性評価」
  • #176ws 休憩後の続きは,田辺さんの「最尤系統樹推定と系統樹の信頼性評価」へ突入する. posted at 13:46:52
  • #176ws 休憩なう. posted at 14:27:16

  • 田辺晶史「系統樹・系統仮説の可視化と系統仮説間の統計的比較」
  • #176ws まだまだ続く霜月高座.続いては「系統樹・系統仮説の可視化と系統仮説間の統計的比較」. posted at 14:33:59
  • #176ws ちょいと長めの休憩なう. posted at 15:17:51

  • 田辺晶史「ベイジアンMCMCによる分子系統解析法」
  • #176ws さらに引き続き,田辺さん「ベイジアンMCMCによる分子系統解析法」講義とデモンストレーション. posted at 15:29:44
  • #176ws MCMCMC 法は伊庭本のパラレル・テンパーリング法と同じだったのか! posted at 15:35:49
  • #176ws BAli---Phy ow.ly/qC1t3 ベイズ法のもとでアラインメントと系統推定を同時推定するソフトウェア. posted at 16:02:05
  • #176ws すべてを同時推定しようとするベイズ法の野望. posted at 16:02:52
  • #176ws 分子系統解析の問題いろいろ. posted at 16:23:36
  • #176ws データの質が最重要.モデル選択は大したことない. posted at 16:38:14
  • #176ws 田辺センセの長丁場が終わった. posted at 16:38:37
  • #176ws 三日間のワークショップだん! posted at 17:06:47

—— 最後に質疑応答タイムがあり,午後5時過ぎにすべての日程を終了した.みなさん,どうもお疲れさまでした.

◆会場撤収の後,午後7時から,苅間の〈笠真〉で盛大に打ち上がる.乾杯は大山Gビール.続いて来福・純米大吟醸(愛山),十四代(雄町),渡舟,霧筑波・知可良,そして鍋島・特別本醸造.健康的に午後11時前に帰還.

◆とりあえず大仕事がひとつ終わったので,週末は真っ白に燃え尽きよう.

◆本日の総歩数=5952歩. 朝◯|昼◯|夜×. 計測値(前回比)=95.2kg(+0.2kg)/ 29.9%(+0.2%)


7 november 2013(木)※立冬WS中日は雨のち晴れ

◆午前5時過ぎから寝たり起きたり(うう……).外は冷たい雨が降り続いている.気温10.7度.バス出勤の朝.午前8時の観音台.気温10.9度.密閉されたつくバスの車内は蒸し暑かった.筑波事務所の色づき始めたイチョウ並木が本降りの雨に打たれている.

◆[欹耳袋]増刷決定の連絡あり! —— キャロル・キサク・ヨーン[三中信宏・野中香方子訳]『自然を名づける:なぜ生物分類では直感と科学が衝突するのか』.明日の昼までに「正誤リスト」をつくれというのはかなりリスキー…….

◆[蒐書日誌]植原亮『実在論と知識の自然化: 自然種の一般理論とその応用』(2013年12月刊行予定,勁草書房,東京,ISBN:978-4-326-10227-3 → 近刊検索β目次案

分子系統ワークショップ二日目 ——

  • #176ws ワークショップ二日目は雨の立冬.電農館はすでに井上潤さんが講義準備に余念なし. posted at 08:47:24

  • 井上潤「分岐年代のベイズ推定」
  • #176ws 本日最初の講義は井上潤さん「分岐年代のベイズ推定」.mcmctree を用いた実習あり. posted at 09:03:43
  • #176ws ベイズ分岐年代推定ソフトウェア Multidivtime ow.ly/qzekQ | beast ow.ly/qzeoM | MCMCtree ow.ly/qzex3 posted at 09:11:23
  • #176ws べいじあん posted at 09:13:06
  • #176ws ベイズの定理なう.分母f(X)すなわちデータの確率計算が多重積分を要求する点をMCMCは回避.さらに尤度計算の近似をすることで,計算高速化をはかる. posted at 09:19:09
  • #176ws 分岐年代推定への化石制約の与え方.下限は決めやすいが,上限の設定は議論が多い. posted at 09:21:07
  • #176ws Benton 1993 | Fossil Record II ow.ly/qzftt が今でも頼り. posted at 09:22:56
  • #176ws MCMCtree 実習なう. posted at 09:24:54
  • #176ws mcmctree実習例題:井上潤「mcmctree の例題~入門編~」 tinyurl.com/ld273d9 posted at 09:40:31
  • #176ws (承前)tar.gz の解凍ができないときは(Windowsの場合) Lhaplus を用いること. posted at 09:43:23

  • 宮正樹「系統学が解き明かす魚類進化の謎 – 魚類進化ミトゲノミクス:10年の軌跡と到達点 –」
  • #176ws 宮シェフがまだ登場しないん〜 posted at 10:19:19
  • #176ws 井上さんの講義がそろそろ終わるのだが……(やや汗) posted at 10:20:46
  • #176ws とりあえず休憩ちう. posted at 10:25:33
  • #176ws _・) 。oO (わーん) posted at 10:26:00
  • #176ws 開始一分前にシェフぎりぎり登場!(よもセンセみたい) posted at 10:29:51
  • #176ws これで「穴」の心配はなくなった. posted at 10:30:21
  • #176ws 続いて宮正樹さんの「系統学が解き明かす魚類進化の謎 – 魚類進化ミトゲノミクス:10年の軌跡と到達点 –」開始. posted at 10:35:58
  • #176ws 宮さんの講義だん.さかなさかなさかな〜. posted at 12:08:48

◆宮シェフがまぐろ噺をしたので,今日のランチは〈おはん〉の定番まぐろ煮定食を.さくっと食べてさくっと帰還.午前中の雨はやんで,雲間から日が差してきた.

◆[欹耳袋]Take a Risk: 林岳彦の研究メモ「(後編)今回は因果関係があるのに相関関係が見られない4つのケースについてまとめてみた:中間変量の影響」(2013年11月5日)※「解析の本体たる「牛丼本体」の具合の議論をしないで”紅ショウガ"の話ばっかりしてるってのもどうなのよ、と思っちゃうような場面を統計結果の議論に関してけっこう見かけるんですよね」– いいね! 「統計実習って実習時間のかなりの部分が皆の解析環境のセットアップに割かれがちなんすよ。。」– いいね!いいね! Judea Pearl の本『Causality』は,科学哲学の確率論的因果性の議論を中核部分に巻き込んでいるので,統計学の本としては読まない方がいいのかもしれない.統計学でも因果推論とか因果モデリングが流行りだが,これはもう難物で…….


    北野誉「系統ネットワークの理論と応用」
  • #176ws 午後イチは北野誉さんの「系統ネットワークの理論と応用」.講義スタートなう.まずは “日陰” の茨城大学のPRから(笑). posted at 13:03:47
  • #176ws 北野誉さんの系統ネットワーク講義・実習資料は ow.ly/qztTf からダウンロードする. posted at 13:05:03
  • #176ws 本日の系統ネットワーク実習で用いるソフトウェアは SplitsTree4 version 4.13.1 www.splitstree.org/?3e3ea140 posted at 13:18:16
  • #176ws Median-network の “余計な枝” を除去したものが Median-joining. posted at 13:39:41
  • #176ws Neighbor-Net は距離行列からの系統ネットワークなので,二次元を越えることはない(読みやすい). posted at 13:51:44
  • #176ws 北野さんの講義が終わって,しばし休憩ちう. posted at 14:44:32

  • 岩崎渉「系統推定結果の表現と認識」
  • #176ws 本日最後の岩崎センセがさっそうと登場なう. posted at 14:46:51
  • #176ws 本日最後のトークは岩崎渉さん「系統推定結果の表現と認識」.発表資料は tinyurl.com/lbtz47a からダウンロード. posted at 15:02:57
  • #176ws 系統推定ツールがまったくなくても,ウェブブラウザーさえあれば何とかなる: Phylogeny.fr tinyurl.com/lnz8c5d posted at 15:56:50
  • #176ws 休憩なう.TXみどりの駅から自転車で駆けつけたTNBセンセ登場.自転車って…… posted at 16:14:10
  • #176ws 車輪樹法の精神とは.たくさんの系統樹集合のもつ情報をすくい上げるための技法.合意樹法ではかき消されてしまう. posted at 16:39:03
  • #176ws 岩崎さんの講義だん.二日目終了. posted at 16:58:35

◆夜,長野の小布施ワイナリーの〈ソガ・ペール・エ・フィス〉の純米吟醸「ニュメロ・トロワ(協会3号酵母)」を開栓.〈ソガ・ペール・エ・フィス〉のニュメロ・アン(「1」)は先月飲んだ.今夜の「3」は奥行きのある香りとあじわい.これまた微炭酸で,日本酒というよりはドイツの白ワインみたい.新そばと根菜の天ぷらとともに.ふと窓の外を見たら,すごい濃霧の闇が広がっていた.午後10時の気温は11.1度.急に冷え込んだからかな.

◆隙間の┣┣" 撃ち —— ずっと引きずってきたでびるまん┣┣" をやっと放流./もう一頭のこれまた引き回してきた系統解析頼まれ┣┣" も放流./来年度の計量生物学会シンポジウムの企画という手つかず┣┣" もいて./それより,喫緊のヨーン本正誤表┣┣" はどうするのだ?

◆明日は分子系統ワークショップの最終日.天候は回復しそうだが,寒気が流れ込むとの予報.

◆本日の総歩数=4028歩. 朝◯|昼◯|夜△. 計測値(前回比)=95.0kg(+0.2kg)/ 29.7%(−0.7%)


6 november 2013(水)※分子系統WS初日スタート

◆午前5時前起床.今朝もすでに気温5.4度まで低下.昨日よりも冷え込んでいる.すでにつくば入りしているにちがいない遠方の分子系統ワークショップ参加者は,筑波事務所の宿泊施設で凍えないように気をつけて.午前6時,朝日がまぶしい.気温4.8度.

◆[欹耳袋]ImageMagick installer for Mac OS X|参考:「ImageMagick を OSX Mountain Lion にインストールする」.

◆午前9時前,筑波事務所電農館着.本日から三日間,分子系統ワークショップが開催される.参加者がつぎつぎに登場.外は秋晴れ.今朝の最低気温は4.5度まで下がり,きびしい冷え込みだったが,電農館は暖かい.本を並べたり,概論高座の直前のしたくなどじたばたする.

◆[蒐書日誌]【閲覧注意】Luigi Serafini | Codex Seraphinianus の画像 [pdf] をじっと見ていたら, “向こうの世界” に逝きそうになった.ユングの『赤の書』を見たときもくらくらしたが,あれとは異質な感じ.『ヴォイニッチ手稿』に近いか.

分子系統ワークショップ初日 —— 今回の分子系統ワークショップのハッシュタグは #176ws とします.

  • #176ws 分子系統ワークショップ ow.ly/qwQh5 の参加者のみなさんで,ツイッター利用されている方は,ハッシュタグ付きでこっそりつぶやいてください. posted at 09:09:20
  • #176ws 雲がやや多いかも.今日の高座スライドを確認するする. posted at 09:15:28
  • #176ws もうすぐ開始〜♫•*¨*•.¸¸♪ posted at 09:30:13

  • 三中信宏「生物体系学概論:チェイン・ツリー・ネットワーク」
  • #176ws ワタクシの前座噺「生物体系学概論:チェイン・ツリー・ネットワーク」は終わり,斎藤成也さんの「進化距離行列からの系統樹作成」が始まっている. posted at 10:40:28

  • 斎藤成也「進化距離行列からの系統樹作成」
  • #176ws Saitou Naruya.| Introduction to Evolutionary Genomics | 2014 forthcoming | Springer Verlag ow.ly/qwWW4 ※来年はじめに出版,予価8000円. posted at 10:44:39
  • #176ws 塩基置換モデルいろいろ.JC, K2P, F81, Tajima-Nei, HKY85, Tamura-Nei, Kimura3P, ... General 12P.さらに,新しいモデルもある. posted at 11:01:30
  • #176ws 塩基置換モデル曼荼羅. posted at 11:06:02
  • #176ws データが少なければ p-distance でもOK,データが巨大なら General 12P 以外はいらない. posted at 11:07:21
  • #176ws 距離法なう. posted at 11:08:07
  • #176ws NGS がこれから普及すると,分子系統学の “風景” はがらっと変わる.そういう時代になれば進化速度一定性を仮定する UPGMA だって生き返るかも. posted at 11:12:33
  • #176ws 進化速度一定でなくても,additive ならば現実的. posted at 11:14:30
  • #176ws 離散変量に関する最尤法は可能か. posted at 11:17:10
  • #176ws ゲノム全体は “無限母集団” ではなく, “有限母集団” である.したがって,伝統的な統計学的な根本仮定は揺らいでいる. posted at 11:19:04
  • #176ws 系統樹は「歴史」なので認識論的に唯一的.統計学はイデアの世界なのでもともと系統学と相容れない. posted at 11:21:04
  • #176ws _・) 。oO (いいね!いいね!いいね!) posted at 11:21:42
  • #176ws UPGMA なう. posted at 11:22:29
  • #176ws UPGMA vs. WPGMA, minimum-deviation method (Fitch &Margoliash), minimum-evolution method, distance-Wagner method ... posted at 11:30:33
  • #176ws A.W. F. Edwards and L. L. Cavalli-Sforza 1964. Reconstruction of evolutionary trees ow.ly/qx08S [pdf] posted at 11:34:14
  • #176ws Transformed distance method (Farris-transform) – 元論文は Farris, Kluge & Eckardt 1970. A numerical approach to phylogenetic systematics. posted at 11:41:53
  • #176ws (承前)Systematic Zoology, Vol. 19, No. 2 (Jun., 1970) pp. 172-189 ow.ly/qx0Bg posted at 11:42:50
  • #176ws Buneman 1971 の「four-point condition」を満足するかどうかは距離法にとって重要. posted at 11:45:17
  • #176ws 樹形探索の組合せ論的爆発を防ぐためには 4-taxon subtree sampling は将来有望. posted at 11:46:56
  • #176ws NJ法なう.Null-star から出発するアルゴリズムは neighbor を逐次的につくることにより,探索空間がより小さくなる. posted at 11:51:15
  • #176ws アラインメントなしの距離法もあり.メタゲノム時代に向いている? posted at 11:56:00
  • #176ws まとめ(1)樹形探索と樹長推定は分離すべし.(2)トップダウンで効率的な樹形探索しよう.(3)樹形探索三昧.┣┣" たくさん. posted at 11:58:47
  • #176ws **** は阿呆である.(オフレコ) posted at 11:59:50
  • #176ws 距離行列法には未来がある. posted at 12:00:19
  • #176ws 【質問】距離行列の評判の悪さに反論するには?/【回答】頑健性あり! どーだ! posted at 12:02:37
  • #176ws お昼ごはん〜♫•*¨*•.¸¸♪ posted at 12:02:55

  • 伊藤剛「ゲノム情報の探索と配列のアラインメント」
  • #176ws 午後は伊藤剛さんの講義&実習「ゲノム情報の探索と配列のアラインメント」から始まる.暖かい昼下り,正午の気温は18.5度まで上がってきた. posted at 13:03:16
  • #176ws DDBJ と UniProt に接続ちう. posted at 13:11:52
  • #176ws _・) 。oO (睡魔が来たりて笛を吹く) posted at 13:29:28
  • #176ws _・) 。oO (Nessun dorma) posted at 13:30:20
  • #176ws ClustalW と MAFFT によるアラインメント実習. posted at 13:32:35
  • #176ws 作業用パスからすべてのマルチバイト文字を撲滅せよ. posted at 13:52:28
  • #176ws 多重アラインメントの配列本数が多ければ(数千本サイズ) MAFFT の方が ClustalW よりもさくさく早い. posted at 13:56:15
  • #176ws SeaView ow.ly/qx8Pf を用いて配列エディット.ClustalW はアンドゥーできないので要注意.めんどくさい配列は最初から相手にしないというオトナの態度. posted at 14:04:07
  • #176ws ClustalW の系統樹はよろしくない.Plant Cell 誌は投稿規定に ClustalW-tree はダメと書いている. posted at 14:11:20
  • #176ws アラインメント法や系統推定法をいろいろ変更してみてもそんなに大きなちがいはない.データを良くする努力が実は大事だ. posted at 14:36:11
  • #176ws 良質のデータと良質のアラインメントが良質の系統樹をもたらす. posted at 14:38:30
  • #176ws tree-building と alignment の循環論法は否定できない. posted at 14:39:42
  • #176ws _・) 。oO (アラインメントと系統樹の「同時推定」しか循環性の回避策はないだろう) posted at 14:40:35
  • #176ws アートですなあ. posted at 14:41:18
  • #176ws アラインメントの相互比較は客観的には不可能である. posted at 14:53:21
  • #176ws TMRセンセ,ご登場. posted at 14:54:58
  • #176ws ちょいと一休みなう. posted at 14:55:18

  • 田村浩一郎「MEGA5を用いた分子系統解析」
  • #176ws 田村浩一郎さんの講義「MEGA5を用いた分子系統解析」始まりました. posted at 15:03:40
  • #176ws 樹形数はn=53で全宇宙の原子数10^80に達してしまう.ベストの系統樹を選べというのは,まさに全宇宙の原子からたったひとつの原子を見つけ出せというようなもの. posted at 15:11:00
  • #176ws 最適樹形探索って,しょせんは虚しいよね……. posted at 15:12:22
  • #176ws MEGA は分子進化モデルの詳細とか徹底的な樹形探索にはこだわらない(ムダだから).むしろ,もっと使いやすいツールを目指している. posted at 15:13:39
  • #176ws MEGA の開発思想は,GUI操作環境・入力から出力までのストリーム化・データと解析結果の可視化. posted at 15:16:01
  • #176ws MEGA version 6 coming soon! もうすぐ MBE に載る! posted at 15:17:27
  • #176ws 新MEGAでは Timetree 推定ができる.樹形探索アルゴリズムを変えて,SPRとTBR組み込み.multi-core 対応. posted at 15:19:03
  • #176ws アラインメントがすべて! アラインメントで決まる! posted at 15:21:05
  • #176ws アラインメントは単なる「長さ合わせ」ではなく,配列進化の過程の復元にほかならない. posted at 15:22:41
  • #176ws 手作業のアラインメントには性格が出る. posted at 15:23:27
  • #176ws アラインメントのペナルティ値を決める方法はある.アタマを使え. posted at 15:38:55
  • #176ws MEGA のオプション設定をよく読まずに「Yes」ボタンを押してはならぬ. posted at 15:46:27
  • #176ws 【質問】Windows 7 で「.tar」圧縮ファイルを解凍するツールはない? posted at 16:02:09
  • #176ws 大量のNGSデータを大規模土木工事のようにがーっと系統推定するという未来ががが. posted at 16:53:21
  • #176ws MEGA 実習はそろそろ終わりかな. posted at 16:53:47
  • #176ws 生物屋よりもインフォーマティシャンの方が元気かも. posted at 16:54:29
  • #176ws ががが posted at 16:54:55
  • #176ws TMRセンセが質疑に燃えている〜 posted at 17:03:22
  • #176ws お外が暗くなってきた…… posted at 17:03:50
  • #176ws ワークショップ初日だん. posted at 17:07:29
  • #176ws これから懇親会〜♫•*¨*•.¸¸♪ posted at 17:08:40

◆懇親会を終え,斎藤さんと田村さんとともに,午後8時過ぎのつくバスに乗ってつくばセンターへ.まだ初日なんだけど,早くもうう…….

◆本日の総歩数=6291歩. 朝◯|昼◯|夜×. 計測値(前回比)=94.8kg(+0.3kg)/ 30.4%(0.0%)


5 november 2013(火)※きりきり冷え込む晩秋の朝

◆午前5時起床.気温5.7度って今季最低更新か.寒すぎる夜明け前.午前6時,5.2度と冷えまくり.秋刀魚を焼いて温まろう.国道408号沿いのフウノキがみごとに色づいている.今朝の最低気温は午前6時過ぎの5.1度.日に日に秋が深まり,朝型人間にはつらい季節が到来する.秋晴れの観音台は削岩機が絶叫する前の静寂タイム.

◆[欹耳袋]The Linnean Society of London – Willi Hennig (1913—1976): His Life, Legacy and the Future of Phylogenetic Systematics 27 Nov 13.豪華すぎるスピーカーたち.

◆午前の┣┣" 撃ち —— 年末調整書類を耳を揃えて提出./毎年恒例の希望調書も提出.個人面談の日程調整./ついでに大分と宮崎の旅程表をそれぞれ提出.

◆[蒐書日誌]杉浦康平・松岡正剛(編)『ヴィジュアルコミュニケーション』(1976年12月20日刊行,講談社[世界のグラフィックデザイン・1],東京,239 pp.)が着便,巨大なヴィジュアル本.外箱に「BOOK OFF 500円」の値札が貼ってあったけど,見なかったことにしよう(汗).この本を500円で叩き売る新古書店って何?

◆[欹耳袋]2013年度統計数理研究所共同研究集会「データ解析環境Rの整備と利用」.2013年11月29日(金)〜11月30日(土)@統計数理研究所.日程的にムリっぽい./ggg でチヒョルト展か – ギンザ・グラフィック・ギャラリー〈Jan Tschichold ヤン・チヒョルト展〉 http://ow.ly/quHzg 2013年11月01日(金)~11月26日(火).

◆昼休みはぽかぽかと暖かい日差しのもと,気温は18度を越えた.連休明けの徘徊タイムの歩き読みは:菅野瑞治也『実録 ドイツで決闘した日本人』(2013年10月22日刊行,集英社[集英社新書ノンフィクション・0711N],東京,249 pp., ISBN:978-4-08-720711-8 → 版元ページ)読了.ドイツの学生結社の自伝的記録.決闘また決闘.

◆[欹耳袋]日刊工業新聞「14年度予算、科技予算に削減圧力-財務省、費用対効果を疑問視」(2013年11月5日)※「日本の1論文あたりの科学技術関係予算額は10年度が4900万円に達し、米国の4300万円、ドイツの3200万円などより高額」.「論文/経費」とか「IF/経費」という比を計算したところで,大規模プロジェクトの予算削減の口実以外に何かしら実質的に意味があるとは思えない.ロングテールの隅っこの方がむしろ高い値になるんじゃない? 「比は災厄である」という教訓は統計学では常識のはず.一般社会でもそれは成り立つだろう.

◆明日からつくばで分子系統ワークショップが開催される.朝晩の冷え込みが厳しくなってきましたので,参加者のみなさんは凍死しないような服装で.日中は20度くらいまで上がるし,電農館のなかは暖かいですが,朝晩の冷え込みを考えるとコート類はあった方がいいかも.初日の懇親会では,からだの中から暖かくなる「お飲み物」をいろいろ用意いたします.

◆[欹耳袋]エコノミックニュース「TPP交渉での提案決定、「関税撤廃で日本酒を世界に」は現実を知らない絵空事」(2013年11月2日)※防腐剤入り日本酒って何? 生酒じゃなくって火入れすればいいのでは?/案の定,フルボッコにされている:Togetter -「日本酒に防腐剤は入っていない」.

◆明日は農環研にて朝イチで本と酒の箱詰め搬出をしないといけない.忙しい三日間が始まる.明日のために今日はもう寝るのだ.

◆本日の総歩数=10444歩. 朝◯|昼◯|夜△. 計測値(前回比)=94.5kg(−0.5kg)/ 30.4%(+0.2%)


4 november 2013(月)※連休最終日は不安定な天気

◆午前5時半起床.雨.気温14.5度.夜明けとともに夜中からの雨は止み,空がだんだん明るくなってきた.午前9時の気温は15.5度.

◆[自然を名づける]タイムス,えらい! —— 本日の打音:沖縄タイムス「生き物分類が開く新世界」(2013年11月3日)評者:長谷川眞理子.ありがたやありがたや.※まだオンラインでは読めないけど./洛南タイムス「生物オンチでも大丈夫」(2013年10月31日)評者:川田一公.実家の近くの地元紙.

◆[欹耳袋]NHK NewsWeb「非正規雇用契約期間 上限設ける動き」(2013年11月4日)※連合のアンケート調査で「「これまで契約期間に上限はなかったが、新たに上限が設けられた」と回答した人が11.9%いることが分かりました」.早稲田大学をはじめ非常勤講師に対しても同様の “雇用期間上限” を新たに設定するケースがある.ワタクシが非常勤講師をしている都内の私立大学は,この夏にいったん “上限” を設けたが,その “上限” を廃止する旨の連絡がつい先日あった.これは例外的なのか? それとも,本務地のある非常勤講師は「上限なし」で,専業非常勤講師は「上限あり」ということなのか.非常勤講師間の情報交換は日常的にまったくないので,そのあたりの事情はさだかではない.

◆午後になって雲が厚くなり,ときおり小雨のぱらつくうすら寒い天気に変わった.雙峰祭エンディングの歓声が響きわたる筑波大学を通りぬけ,スガヤコーヒーにて珈琲豆の調達.雨を避けるようにさくっと直帰.午後5時の気温は15.1度.夕暮れに吹く北東風が肌寒い.

◆[欹耳袋] STI Updates「科学者 - 特に母親となった - の評価は量より質で」(2013年10月30日)※「職歴寸断に関する明確な判断基準の策定」と「論文の量より質の重視」.

◆夜の┣┣" 撃ちは,大分と宮崎の統計研修カリキュラム案の連絡,確率分布グラフィクスと課題レポート解説の RPubs 公開.Rcmdr→RStudio→RPubs という流れが定着した.

◆本日の総歩数=9081歩. 朝◯|昼◯|夜△. 計測値(前回比)=95.0kg(−0.5kg)/ 30.2%(+0.2%)


3 november 2013(日)※文化の日はつくいち日和に

◆午前5時半に目覚めたものの,必然の二度寝.午前7時半にやっと起床.気温12.1度.曇り空.非文化の日.昨夜遅くセンター広場を歩いていたら,街路の電飾工事が始まっていた.今年からLED電飾になるようで,おおぜいの関係者がパソコンまでもちこんで,設定作業に没頭していた.今年のクリスマスは昨年とは違うきらめきが楽しめそう.では,つくいちへ出撃〜.食欲の秋本番!

◆[欹耳袋]Elliott Sober 2002. Bayesianism – Its Scope and Limits. Proceedings of the British Academy 113: 21-38. [pdf].抜き書きメモ:「「ベイズの定理」は「ベイズ主義」ではない.ベイズの定理における事後確率をもって仮説選択基準とする推論原理がベイズ主義である」(p. 21)|「自分の家の中でベイズ主義を使う分には何も言うことはない.事前確率をデータによって更新しながら,自分の信念を確認し続けるのは個人の自由だ.しかし,公共の場で,相異なる主観的な事前情報をもつ個人どうしの結論がいったん対立してしまうと,それを解決するすべはない.もはや「agree to disagree」と言うしかない」(p. 24)|「尤度をよりどころに推論する尤度主義者の立場は,事後確率をよりどころとするベイズ主義のような野望はもたない穏健な立場を堅持する」(p. 25)|「仮説がデータをサポートする程度は尤度によって数値化できるが,仮説そのものの妥当性(plausibility)はそのようには形式化できないと尤度主義者は考えるからである」(p. 25)|「強いベイズ主義はあらゆる言明を「確率」としてとらえようとする.それは将来性のない野望である」.

◆今日のランチは遠東の食楽懐石〈風土庵〉にて.

◆[欹耳袋]Togetter -「富田倫生さん追悼記念シンポジウム「青空文庫と図書館をつなぐ」 #青空文庫と図書館

◆夕方,観音台へ.連休中日の夕暮れに農環研に実在する人はほとんどいない.しばらくごそごそして撤収.耐震工事は三連休におかまいなく続いている.新政亜麻猫(特別純米)・篠峯(純米吟醸「銀」・雄町・火入れ)・王祿渓(純米吟醸直汲み無濾過本生)・郷乃譽(純米吟醸黒吟生生)は配備終了.風の森はこれから調達する.

◆[蒐書日誌]昨日の厚木往復車中で:内堀弘『石神井書林日録』(2001年10月30日刊行,晶文社,東京,238 pp., ISBN:4794965087)読了.最初から最後まで文字通りの “蒐書日誌”.日本最初のロボット「學天則」の開発者・西村真琴の息子が水戸黄門を演じた俳優・西村晃だったと書かれていてビックリ.

◆今日は曇りがちのはっきりしない空模様だったが,予報されていたような雨にはならなかった.

◆本日の総歩数=4479歩. 朝◯|昼△|夜△. 計測値(前回比)=95.5kg(+0.9kg)/ 30.0%(−0.4%)


2 november 2013(土)※豊穣の秋の収穫祭は厚木で

◆午前5時過ぎ起床.雲の多い夜明け前の薄暗がり.気温9.9度.朝から薄雲が広がって,日が差さない午前中はゆるりと過ごす.午前9時の気温は13.4度.やや肌寒い.

◆[欹耳袋]統計三題 —— Statistical and Mathematical Gifts by NausicaaDistribution.統計学グッズショップ.品数がさらに増えているようだ.確率分布クッションや箱ひげ図Tシャツを買いたいな./Ecology in silico | R and My Divorce From Word | 30 October 2013※markdown 書式から RStudio + knitr 経由で出力するのは画期的./Ecology in silico | Animating the Metropolis Algorithm | 8 September 2013※この Bayesian MCMC 動画は講義に使えそう.

◆[蒐書日誌]やっと出るのか!:イアン・ハッキング[広田すみれ・森元良太訳]『確率の出現』(2013年12月28日刊行予定,慶應義塾大学出版会,東京,ISBN:978-4-7664-2103-3 → 版元ページ).ハッキングといえば何よりもまず統計学哲学者という刷り込みをワタクシは受けている.

◆[欹耳袋]「本当にわかる授業」が可能であるとはワタクシには思えない.教える側はそんな到達不能なゴールを目指してはいけない.今月末に別府温泉をベースキャンプとする大分統計巡業が予定されている.県庁の担当者とカリキュラムの打合せ中,昨年の受講者アンケートをひと通り見せてもらったら,おもしろい感想がひとつあった.そのアンケートの感想欄には「講義の独創性がとても高いために, 普通の教科書に書いてあるどの部分が講義内容と符合するのか, よく分からない点もありました」と書かれていた.そりゃ,そうでしょう.ワタクシは「自分だけの世界」をアナタたちに押し付けているんだからね.講義は「洗脳」なので,いかにして「自分だけの世界」にオーディエンスを引きずり込めるかが肝要.偏向や選択を含めた独自の「講義ワールド」を造っているのはほかならない教師.だから,講義の内容が「正しいか」という問いかけは意味がないだろう.たくさんの「正しさ」があるということ.

◆午後1時,つくば駅.正午の気温は17.3度.曇り空でうすら寒い.これから東京農大の収穫祭に向けて厚木へ出撃だ.都内はときおり小雨がそぼ降るあいにくの空模様.新百合ヶ丘にて乗り換え.本厚木はまだ遠い.今日は玉川学園前を通過する.一升瓶がことのほか重い.

午後4時過ぎ,本厚木着.満員の乗客を載せた路線バスは丘の上の農大キャンパスを目指す.本日の収穫祭はすでに終わっているが,目的地は昆研.研究室ではセンセイや兇悪なOBたちが昼過ぎからのみまくっているらしい.午後6時から実験室に場所を移して,昆研OB会の始まり.といっても,切れ目なく飲み続けるのみ.蜂の子,ザザムシ,バッタという昆虫食が並ぶ.収穫祭でも売ったようだ.

午後8時前に夜の農大をあとにする.新宿経由で秋葉原へ.中央線は新小岩での人身事故により上下線とも運転取りやめになったが.その寸前で秋葉原までたどり着いた.午後11時前につくば帰還.遠方の飲み会ほど帰りが早いとはこれいかに.

◆本日の総歩数=686歩. 朝◯|昼◯|夜×. 計測値(前回比)=94.6kg(+0.3kg)/ 30.4%(+0.2%)


1 november 2013(金)※霜月の幕開きはつつがなく

◆午前4時半起床.米とぎと肉豆腐の煮直し.午前5時の気温は7.7度と冷え込む霜月のはじまり.午前6時前,朝焼けグラデーション.今朝の最低気温は7.2度.月始めのお仕事であるメーリングリストへの月例アナウンスを送信.今朝も雲ひとつない秋晴れの空が広がる観音台.午前8時の気温は11.2度.朝から元気よく響きわたる本館耐震工事の音響…….ひさしぶりにプッチーニの歌劇〈トゥーランドット〉全曲を流す居室.イタリアの “演歌” だなあ.

◆午前の┣┣" 撃ち —— 年末調整関係書類と成績検討会日程調整がやってくると,早々と “年の瀬” を感じてしまう.

◆[蒐書日誌]シャロン・バーチュ・マグレイン[冨永星訳]『異端の統計学 ベイズ』(2013年10月29日刊行,草思社,東京,ISBN:978-4-7942-2001-1 → 版元ページ).翻訳されるべき本はちゃんと翻訳されるものだ.HONZ書評「『異端の統計学 ベイズ』 “信念”を数字に」(2013年10月29日).「統計学の世界で異端となった。それでも異分野での応用が秘かに続いたのは、運命だったか、それとも、ベイズの底力だろうか」.原書:Sharon Bertsch McGrayne『The Theory That Would Not Die: How Bayes' Rule Cracked the Enigma Code, Hunted Down Russian Submarines, and Emerged Triumphant from Two Centuries of Controversy』(2011年4月刊行,Yale University Press, New Haven, xiv+320 pp., ISBN:978-0-300-16969-0 [hbk] → 部分書評目次版元ページ).

「ベイズ統計学」を統計学の講義の中で教えるとものすごくハードルが高く見えてしまうのは,そもそも統計学ではなく,科学哲学的な意味での推論の理論なのだと考えればすぐ納得できる.数学ではなく科学哲学.いわゆる「ベイズ統計学」の中で,数学定理としての「ベイズの定理」が果たしている役割はとても小さいと思う.ベイズの定理が(数式的に)理解できたからといって,ベイズ確証理論の哲学がわかったことにはならない.ずっと前から,本棚の隅に「Bayes or Bust?」「Bayes and Bust」「Bayes not Bust!」の三点セットが並んでいるんだけど,コワくてまだ踏み入っていない.

いま調べてみたら:John Earman『Bayes or Bust? : A Critical Examination of Bayesian Confirmation Theory』(1992年5月刊行,The MIT Press[Bradford Books], ISBN:0-262-05046-3 [hbk] → 版元ページ)の本は,著者自身が自分のサイト〈John Earman Bibliography〉で,本書の pdf を一冊まるごとオンライン公開している.

◆正午の気温は18.7度.風もなくぽかぽかと暖かい徘徊日和.いつものコースをちょうど一時間歩いて8000歩あまり.本日の歩き読み本:菅野瑞治也『実録 ドイツで決闘した日本人』(2013年10月22日刊行,集英社[集英社新書ノンフィクション・0711N],東京,249 pp., ISBN:978-4-08-720711-8 → 版元ページ).良書.

◆[欹耳袋]大学入試関連ニュースふたつ —— 朝日新聞デジタル「大学入試「人物本位の選抜に」 再生会議が提言」(2013年11月1日)※「面接などで丁寧な選抜を実施すれば人手やコストがかかるため、積極的な大学には国が財政支援することも明記」– お金じゃない./朝日新聞デジタル「センター試験「一発勝負」から転換 大学の負担は増大」(2013年11月1日)※「本当の学力」とか「真の人材力」とか,大学入試時点で “計測可能” だとマジで思っているのかな.受験生の「一人一人の人材力」は「教員でない入試選抜の専門家」にやってもらいましょう.ワタクシたちにはできません.

◆昨日の生物統計学の講義に関する質問いくつか:

  • #TodaiStat 昨日の実験計画法の講義に関連するいくつかの質問へのお答え. posted at 10:11:11
  • #TodaiStat 【質問】「ハンドアウトのコピーが汚くて数式が読めなかった」/【回答】すまん.ワタクシの租界R ow.ly/qnJ7y に「実験計画法(1)」のスライドpdfが置いてあるので各自ダウンロードしてくれぇ. posted at 10:15:18
  • #TodaiStat 【質問】「誤差平方和の自由度の求め方がわかりません」/【回答】誤差平方和は各水準ごとの処理平均に関する誤差偏差の集計です.したがって,水準ごとの偏差の単純和はゼロになります.この制約式が各水準ごとに成立するので,水準数に等しい制約を引いてやる必要があります. posted at 10:18:13
  • #TodaiStat 【質問】「正規分布からカイ二乗分布そしてF分布へのつながりがわかりません」/【回答】帰無仮説のもとでは,データは正規分布に従うので,処理と誤差の平方和はそれぞれカイ二乗分布に,さらに平方和/自由度の比であるF値はF分布をするというつながりです. posted at 10:21:30
  • #TodaiStat 【質問】「棄却域を決定するときの “1%” とか “5%” という数値に意味はあるのですか?」/【回答】まったく無意味です.便宜的に設定しただけと考えてください.今ではその代わりに「p値」を示すことがほとんどです. posted at 10:23:32
  • #TodaiStat 【質問】「棄却域を設定するにいたった経緯は?」/【回答】統計学史の問題ですね.仮説検定の枠組みを確立した Neyman & Pearson 1933の論文がルーツあり.統計本ガイドに載せた竹村彰通さんの数理統計学本を参照してください. posted at 10:43:37
  • #TodaiStat 【質問】「線形統計モデルで誤差項が正規分布をするという仮定は正しいのか.水準ごとの分散が等しいと仮定していいのか」/【回答】いずれも事前に調べる必要があります.正規性検定はシャピロ-ウィルク検定,等分散性はバートレット検定を用いれば調べられます. posted at 10:46:10
  • #TodaiStat 【質問】「多重比較で水準間の検定ができるのなら,前もって分散分析する必要はないのでは?」/【回答】水準間の有意差だけ知りたいのであればそれもありです.分散分析は,要因を構成する水準ではなく,データにばらつきを生む要因そのものを対象とする分析です. posted at 10:50:11
  • #TodaiStat ほかにもいくつか質問が寄せられたのですが,字が汚くって読めなかったりする(orz). posted at 10:52:22

—— 以上が10月31日分.一般的に東大生は字が汚いかと言われれば,けっしてそんなことはない.みごとな正規分布をしているにちがいないとワタクシは信じている.ペン習字のお手本のような美字もあれば,線虫がからまったような悪筆もある.

◆[欹耳袋]shorebird 進化心理学中心の書評など「系統樹の森」(2013年10月31日)※ご来場いただきありがとうございました.

◆明日からは三連休.遠出をする用事もなく,淡々と日が過ぎていくにちがいない.

◆本日の総歩数=10608歩. 朝◯|昼◯|夜△. 計測値(前回比)=94.3kg(−0.5kg)/ 30.2%(−0.2%)


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